Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
HOXD4P09016 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC21.71■■□□□ 1.07
HOXD4P09016 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
HOXD4P09016 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
HOXD4P09016 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
HOXD4P09016 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC21.7■■□□□ 1.06
HOXD4P09016 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC21.7■■□□□ 1.06
HOXD4P09016 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
HOXD4P09016 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
HOXD4P09016 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
HOXD4P09016 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
HOXD4P09016 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
HOXD4P09016 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXD4P09016 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXD4P09016 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXD4P09016 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXD4P09016 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXD4P09016 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXD4P09016 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXD4P09016 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXD4P09016 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXD4P09016 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXD4P09016 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXD4P09016 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXD4P09016 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXD4P09016 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXD4P09016 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXD4P09016 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXD4P09016 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXD4P09016 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXD4P09016 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXD4P09016 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXD4P09016 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXD4P09016 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXD4P09016 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXD4P09016 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXD4P09016 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXD4P09016 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXD4P09016 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXD4P09016 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXD4P09016 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXD4P09016 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXD4P09016 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXD4P09016 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXD4P09016 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXD4P09016 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXD4P09016 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXD4P09016 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXD4P09016 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXD4P09016 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXD4P09016 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXD4P09016 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXD4P09016 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXD4P09016 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
HOXD4P09016 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
HOXD4P09016 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
HOXD4P09016 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.5 ms