Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC27.79■■■□□ 2.04
CCDC39Q9UFE4 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
CCDC39Q9UFE4 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC27.79■■■□□ 2.04
CCDC39Q9UFE4 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
CCDC39Q9UFE4 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
CCDC39Q9UFE4 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
CCDC39Q9UFE4 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
CCDC39Q9UFE4 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
CCDC39Q9UFE4 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
CCDC39Q9UFE4 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
CCDC39Q9UFE4 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
CCDC39Q9UFE4 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
CCDC39Q9UFE4 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
CCDC39Q9UFE4 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC27.76■■■□□ 2.03
CCDC39Q9UFE4 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC27.76■■■□□ 2.03
CCDC39Q9UFE4 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
CCDC39Q9UFE4 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
CCDC39Q9UFE4 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
CCDC39Q9UFE4 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
CCDC39Q9UFE4 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
CCDC39Q9UFE4 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.74■■■□□ 2.03
CCDC39Q9UFE4 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
CCDC39Q9UFE4 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC27.74■■■□□ 2.03
CCDC39Q9UFE4 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
CCDC39Q9UFE4 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
CCDC39Q9UFE4 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC27.74■■■□□ 2.03
CCDC39Q9UFE4 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
CCDC39Q9UFE4 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
CCDC39Q9UFE4 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
CCDC39Q9UFE4 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
CCDC39Q9UFE4 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
CCDC39Q9UFE4 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
CCDC39Q9UFE4 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
CCDC39Q9UFE4 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC27.73■■■□□ 2.03
CCDC39Q9UFE4 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
CCDC39Q9UFE4 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
CCDC39Q9UFE4 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
CCDC39Q9UFE4 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
CCDC39Q9UFE4 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
CCDC39Q9UFE4 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
CCDC39Q9UFE4 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
CCDC39Q9UFE4 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
CCDC39Q9UFE4 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC27.71■■■□□ 2.03
CCDC39Q9UFE4 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC27.71■■■□□ 2.03
CCDC39Q9UFE4 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
CCDC39Q9UFE4 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
CCDC39Q9UFE4 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
CCDC39Q9UFE4 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
CCDC39Q9UFE4 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
CCDC39Q9UFE4 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
CCDC39Q9UFE4 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
CCDC39Q9UFE4 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
CCDC39Q9UFE4 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
CCDC39Q9UFE4 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
CCDC39Q9UFE4 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.68■■■□□ 2.02
CCDC39Q9UFE4 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
CCDC39Q9UFE4 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
CCDC39Q9UFE4 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC27.67■■■□□ 2.02
CCDC39Q9UFE4 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
CCDC39Q9UFE4 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
CCDC39Q9UFE4 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
CCDC39Q9UFE4 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC27.66■■■□□ 2.02
CCDC39Q9UFE4 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
CCDC39Q9UFE4 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC27.66■■■□□ 2.02
CCDC39Q9UFE4 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC27.65■■■□□ 2.02
CCDC39Q9UFE4 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
CCDC39Q9UFE4 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC27.65■■■□□ 2.02
CCDC39Q9UFE4 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
CCDC39Q9UFE4 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
CCDC39Q9UFE4 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
CCDC39Q9UFE4 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.02
CCDC39Q9UFE4 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.02
CCDC39Q9UFE4 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
CCDC39Q9UFE4 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.02
CCDC39Q9UFE4 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
CCDC39Q9UFE4 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
CCDC39Q9UFE4 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC27.63■■■□□ 2.01
CCDC39Q9UFE4 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
CCDC39Q9UFE4 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
CCDC39Q9UFE4 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.63■■■□□ 2.01
CCDC39Q9UFE4 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
CCDC39Q9UFE4 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
CCDC39Q9UFE4 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
CCDC39Q9UFE4 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
CCDC39Q9UFE4 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
CCDC39Q9UFE4 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
CCDC39Q9UFE4 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
CCDC39Q9UFE4 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
CCDC39Q9UFE4 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
CCDC39Q9UFE4 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
CCDC39Q9UFE4 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CCDC39Q9UFE4 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CCDC39Q9UFE4 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CCDC39Q9UFE4 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CCDC39Q9UFE4 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CCDC39Q9UFE4 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
CCDC39Q9UFE4 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
CCDC39Q9UFE4 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
CCDC39Q9UFE4 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC27.59■■■□□ 2.01
CCDC39Q9UFE4 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.8 ms