Protein–RNA interactions for Protein: Q9BSE4

HERPUD2, Homocysteine-responsive endoplasmic reticulum-resident ubiquitin-like domain member 2 protein, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HERPUD2Q9BSE4 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
HERPUD2Q9BSE4 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
HERPUD2Q9BSE4 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
HERPUD2Q9BSE4 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
HERPUD2Q9BSE4 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
HERPUD2Q9BSE4 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
HERPUD2Q9BSE4 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
HERPUD2Q9BSE4 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
HERPUD2Q9BSE4 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
HERPUD2Q9BSE4 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
HERPUD2Q9BSE4 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
HERPUD2Q9BSE4 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
HERPUD2Q9BSE4 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
HERPUD2Q9BSE4 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
HERPUD2Q9BSE4 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
HERPUD2Q9BSE4 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
HERPUD2Q9BSE4 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
HERPUD2Q9BSE4 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
HERPUD2Q9BSE4 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
HERPUD2Q9BSE4 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
HERPUD2Q9BSE4 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
HERPUD2Q9BSE4 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
HERPUD2Q9BSE4 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
HERPUD2Q9BSE4 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
HERPUD2Q9BSE4 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
HERPUD2Q9BSE4 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
HERPUD2Q9BSE4 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
HERPUD2Q9BSE4 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
HERPUD2Q9BSE4 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
HERPUD2Q9BSE4 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
HERPUD2Q9BSE4 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
HERPUD2Q9BSE4 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
HERPUD2Q9BSE4 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
HERPUD2Q9BSE4 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
HERPUD2Q9BSE4 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
HERPUD2Q9BSE4 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC25.11■■□□□ 1.61
HERPUD2Q9BSE4 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
HERPUD2Q9BSE4 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
HERPUD2Q9BSE4 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
HERPUD2Q9BSE4 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
HERPUD2Q9BSE4 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
HERPUD2Q9BSE4 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
HERPUD2Q9BSE4 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
HERPUD2Q9BSE4 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
HERPUD2Q9BSE4 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
HERPUD2Q9BSE4 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
HERPUD2Q9BSE4 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
HERPUD2Q9BSE4 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
HERPUD2Q9BSE4 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
HERPUD2Q9BSE4 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.6
HERPUD2Q9BSE4 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
HERPUD2Q9BSE4 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
HERPUD2Q9BSE4 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.07■■□□□ 1.6
HERPUD2Q9BSE4 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
HERPUD2Q9BSE4 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
HERPUD2Q9BSE4 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
HERPUD2Q9BSE4 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
HERPUD2Q9BSE4 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
HERPUD2Q9BSE4 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
HERPUD2Q9BSE4 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
HERPUD2Q9BSE4 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
HERPUD2Q9BSE4 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
HERPUD2Q9BSE4 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
HERPUD2Q9BSE4 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
HERPUD2Q9BSE4 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
HERPUD2Q9BSE4 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
HERPUD2Q9BSE4 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
HERPUD2Q9BSE4 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
HERPUD2Q9BSE4 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
HERPUD2Q9BSE4 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
HERPUD2Q9BSE4 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
HERPUD2Q9BSE4 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
HERPUD2Q9BSE4 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
HERPUD2Q9BSE4 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
HERPUD2Q9BSE4 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
HERPUD2Q9BSE4 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
HERPUD2Q9BSE4 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
HERPUD2Q9BSE4 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
HERPUD2Q9BSE4 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
HERPUD2Q9BSE4 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
HERPUD2Q9BSE4 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
HERPUD2Q9BSE4 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
HERPUD2Q9BSE4 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
HERPUD2Q9BSE4 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
HERPUD2Q9BSE4 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
HERPUD2Q9BSE4 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
HERPUD2Q9BSE4 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
HERPUD2Q9BSE4 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
HERPUD2Q9BSE4 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
HERPUD2Q9BSE4 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
HERPUD2Q9BSE4 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
HERPUD2Q9BSE4 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
HERPUD2Q9BSE4 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
HERPUD2Q9BSE4 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
HERPUD2Q9BSE4 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
HERPUD2Q9BSE4 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
HERPUD2Q9BSE4 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
HERPUD2Q9BSE4 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC25■■□□□ 1.59
HERPUD2Q9BSE4 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
HERPUD2Q9BSE4 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.7 ms