Protein–RNA interactions for Protein: Q96BD8

SKA1, Spindle and kinetochore-associated protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA1Q96BD8 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SKA1Q96BD8 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SKA1Q96BD8 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SKA1Q96BD8 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SKA1Q96BD8 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SKA1Q96BD8 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SKA1Q96BD8 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SKA1Q96BD8 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SKA1Q96BD8 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SKA1Q96BD8 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SKA1Q96BD8 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SKA1Q96BD8 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
SKA1Q96BD8 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC24.7■■□□□ 1.55
SKA1Q96BD8 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SKA1Q96BD8 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SKA1Q96BD8 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SKA1Q96BD8 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SKA1Q96BD8 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SKA1Q96BD8 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SKA1Q96BD8 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
SKA1Q96BD8 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
SKA1Q96BD8 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SKA1Q96BD8 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SKA1Q96BD8 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SKA1Q96BD8 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SKA1Q96BD8 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SKA1Q96BD8 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SKA1Q96BD8 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
SKA1Q96BD8 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
SKA1Q96BD8 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SKA1Q96BD8 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SKA1Q96BD8 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
SKA1Q96BD8 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SKA1Q96BD8 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
SKA1Q96BD8 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
SKA1Q96BD8 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
SKA1Q96BD8 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SKA1Q96BD8 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC24.66■■□□□ 1.54
SKA1Q96BD8 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
SKA1Q96BD8 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
SKA1Q96BD8 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
SKA1Q96BD8 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
SKA1Q96BD8 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
SKA1Q96BD8 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC24.64■■□□□ 1.54
SKA1Q96BD8 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
SKA1Q96BD8 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
SKA1Q96BD8 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.53
SKA1Q96BD8 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
SKA1Q96BD8 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
SKA1Q96BD8 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
SKA1Q96BD8 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
SKA1Q96BD8 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.53
SKA1Q96BD8 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.53
SKA1Q96BD8 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
SKA1Q96BD8 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
SKA1Q96BD8 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.53
SKA1Q96BD8 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
SKA1Q96BD8 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
SKA1Q96BD8 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SKA1Q96BD8 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SKA1Q96BD8 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
SKA1Q96BD8 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
SKA1Q96BD8 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
SKA1Q96BD8 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
SKA1Q96BD8 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
SKA1Q96BD8 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SKA1Q96BD8 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SKA1Q96BD8 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
SKA1Q96BD8 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
SKA1Q96BD8 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SKA1Q96BD8 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SKA1Q96BD8 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SKA1Q96BD8 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SKA1Q96BD8 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SKA1Q96BD8 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SKA1Q96BD8 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SKA1Q96BD8 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SKA1Q96BD8 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SKA1Q96BD8 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SKA1Q96BD8 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SKA1Q96BD8 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SKA1Q96BD8 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SKA1Q96BD8 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SKA1Q96BD8 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
SKA1Q96BD8 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SKA1Q96BD8 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SKA1Q96BD8 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SKA1Q96BD8 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SKA1Q96BD8 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SKA1Q96BD8 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
SKA1Q96BD8 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SKA1Q96BD8 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
SKA1Q96BD8 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
SKA1Q96BD8 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SKA1Q96BD8 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SKA1Q96BD8 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SKA1Q96BD8 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SKA1Q96BD8 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SKA1Q96BD8 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SKA1Q96BD8 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 85.3 ms