Protein–RNA interactions for Protein: Q92900

UPF1, Regulator of nonsense transcripts 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,129 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF1Q92900 SRC-203ENST00000373567 4321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.26□□□□□ -0.455e-13■■■■■ 44.1
UPF1Q92900 SRC-201ENST00000358208 3851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.555e-13■■■■■ 44.1
UPF1Q92900 TLE3-221ENST00000560525 3647 ntTSL 513.73□□□□□ -0.211e-10■■■■■ 44
UPF1Q92900 TLE3-220ENST00000559929 3408 ntTSL 5 BASIC12.88□□□□□ -0.351e-10■■■■■ 44
UPF1Q92900 TLE3-222ENST00000560589 3509 ntTSL 5 BASIC12.06□□□□□ -0.481e-10■■■■■ 44
UPF1Q92900 TLE3-207ENST00000557815 7809 ntTSL 211.95□□□□□ -0.51e-10■■■■■ 44
UPF1Q92900 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC33.44■■■□□ 2.942e-11■■■■■ 44
UPF1Q92900 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC31.55■■■□□ 2.641e-7■■■■■ 44
UPF1Q92900 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.021e-7■■■■■ 44
UPF1Q92900 TOLLIP-210ENST00000530506 1297 ntTSL 528.46■■■□□ 2.152e-6■■■■■ 44
UPF1Q92900 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC41.66■■■■■ 4.264e-10■■■■■ 44
UPF1Q92900 GIPC1-211ENST00000589631 799 ntTSL 328.75■■■□□ 2.194e-10■■■■■ 44
UPF1Q92900 GIPC1-213ENST00000591349 1068 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.414e-10■■■■■ 44
UPF1Q92900 GSR-201ENST00000221130 3119 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.181e-14■■■■■ 44
UPF1Q92900 USP20-204ENST00000472108 1811 ntTSL 219.34■□□□□ 0.692e-7■■■■■ 43.9
UPF1Q92900 USP20-202ENST00000358355 4371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.132e-7■■■■■ 43.9
UPF1Q92900 USP20-201ENST00000315480 4458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.282e-7■■■■■ 43.9
UPF1Q92900 USP20-203ENST00000372429 4315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.362e-7■■■■■ 43.9
UPF1Q92900 AIF1L-204ENST00000372300 3284 ntTSL 1 (best) BASIC12.03□□□□□ -0.483e-14■■■■■ 43.8
UPF1Q92900 AIF1L-201ENST00000247291 3364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.77□□□□□ -0.533e-14■■■■■ 43.8
UPF1Q92900 AIF1L-207ENST00000372309 3515 ntTSL 2 BASIC11.72□□□□□ -0.533e-14■■■■■ 43.8
UPF1Q92900 AIF1L-206ENST00000372302 3340 ntTSL 2 BASIC11.57□□□□□ -0.563e-14■■■■■ 43.8
UPF1Q92900 AIF1L-208ENST00000372314 3398 ntTSL 211.53□□□□□ -0.563e-14■■■■■ 43.8
UPF1Q92900 BST2-201ENST00000252593 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.961e-8■■■■■ 43.8
UPF1Q92900 BRCA2-206ENST00000544455 10984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.97□□□□□ -1.776e-12■■■■■ 43.8
UPF1Q92900 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.155e-13■■■■■ 43.8
UPF1Q92900 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC34.68■■■■□ 3.141e-8■■■■■ 43.7
UPF1Q92900 ACADS-202ENST00000411593 1398 ntTSL 2 BASIC29.39■■■□□ 2.31e-13■■■■■ 43.7
UPF1Q92900 ICAM1-201ENST00000264832 3252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.86□□□□□ -0.674e-8■■■■■ 43.7
UPF1Q92900 PUS10-202ENST00000398658 1227 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.945e-13■■■■■ 43.7
UPF1Q92900 PUS10-204ENST00000421319 571 ntTSL 419.04■□□□□ 0.645e-13■■■■■ 43.7
UPF1Q92900 GNE-202ENST00000396594 5298 ntTSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.15e-13■■■■■ 43.7
UPF1Q92900 GNE-205ENST00000539815 3657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.12□□□□□ -0.635e-13■■■■■ 43.7
UPF1Q92900 GNE-206ENST00000543356 2576 ntTSL 1 (best) BASIC10.92□□□□□ -0.665e-13■■■■■ 43.7
UPF1Q92900 PUS10-205ENST00000430495 658 ntTSL 39.1□□□□□ -0.955e-13■■■■■ 43.7
UPF1Q92900 PUS10-201ENST00000316752 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.71□□□□□ -1.025e-13■■■■■ 43.7
UPF1Q92900 PUS10-203ENST00000407787 1820 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC8.05□□□□□ -1.125e-13■■■■■ 43.7
UPF1Q92900 PUS10-206ENST00000602599 6366 ntTSL 1 (best)5.19□□□□□ -1.585e-13■■■■■ 43.7
UPF1Q92900 PTMA-209ENST00000466801 784 ntTSL 515.49■□□□□ 0.072e-42■■■■■ 43.6
UPF1Q92900 PTMA-203ENST00000409321 735 ntTSL 3 BASIC13.64□□□□□ -0.232e-42■■■■■ 43.6
UPF1Q92900 TAF8-204ENST00000456846 1293 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.222e-7■■■■■ 43.6
UPF1Q92900 TAF8-203ENST00000372982 1805 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.072e-7■■■■■ 43.6
UPF1Q92900 TAF8-201ENST00000372977 6680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.94□□□□□ -0.662e-7■■■■■ 43.6
UPF1Q92900 TNPO3-205ENST00000627585 4514 ntTSL 2 BASIC10.23□□□□□ -0.777e-9■■■■■ 43.6
UPF1Q92900 TNPO3-201ENST00000265388 4153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.23□□□□□ -1.097e-9■■■■■ 43.6
UPF1Q92900 TEX261-202ENST00000433258 758 ntTSL 225.96■■□□□ 1.756e-15■■■■■ 43.6
UPF1Q92900 WFS1-201ENST00000226760 3640 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.37e-9■■■■■ 43.5
UPF1Q92900 WFS1-205ENST00000507765 3655 ntTSL 210.48□□□□□ -0.737e-9■■■■■ 43.5
UPF1Q92900 FLNB-203ENST00000419752 2002 ntTSL 5 BASIC12.53□□□□□ -0.41e-7■■■■■ 43.5
UPF1Q92900 FLNB-204ENST00000429972 9430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.94□□□□□ -0.661e-7■■■■■ 43.5
UPF1Q92900 FLNB-201ENST00000295956 9463 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.92□□□□□ -0.661e-7■■■■■ 43.5
UPF1Q92900 FLNB-202ENST00000358537 9391 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC10.17□□□□□ -0.781e-7■■■■■ 43.5
UPF1Q92900 FLNB-210ENST00000481470 6497 ntTSL 1 (best)9.97□□□□□ -0.811e-7■■■■■ 43.5
UPF1Q92900 ENTPD6-214ENST00000463734 639 ntTSL 220.44■□□□□ 0.861e-21■■■■■ 43.5
UPF1Q92900 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC38.86■■■■□ 3.816e-15■■■■■ 43.5
UPF1Q92900 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.442e-8■■■■■ 43.5
UPF1Q92900 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.912e-8■■■■■ 43.5
UPF1Q92900 KLF13-204ENST00000558673 447 ntTSL 311.86□□□□□ -0.518e-8■■■■■ 43.5
UPF1Q92900 APOL6-201ENST00000409652 10121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.23□□□□□ -1.412e-7■■■■■ 43.4
UPF1Q92900 PDXK-203ENST00000343528 1101 ntTSL 1 (best)20.5■□□□□ 0.872e-21■■■■■ 43.4
UPF1Q92900 LRIG2-203ENST00000466161 3366 ntTSL 28.1□□□□□ -1.111e-11■■■■■ 43.4
UPF1Q92900 VPS53-204ENST00000437048 13106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.02□□□□□ -1.296e-9■■■■■ 43.4
UPF1Q92900 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.19■■■□□ 2.91e-11■■■■■ 43.4
UPF1Q92900 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.24■■■□□ 2.591e-11■■■■■ 43.4
UPF1Q92900 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.361e-11■■■■■ 43.4
UPF1Q92900 MLLT1-201ENST00000252674 4507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.663e-10■■■■■ 43.4
UPF1Q92900 TMED1-202ENST00000586835 713 ntTSL 218.76■□□□□ 0.594e-20■■■■■ 43.3
UPF1Q92900 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.42■■■□□ 2.624e-9■■■■■ 43.3
UPF1Q92900 ATP6V0B-213ENST00000532642 1685 ntTSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.94e-9■■■■■ 43.3
UPF1Q92900 ATP6V0B-208ENST00000473485 1664 ntTSL 225.64■■□□□ 1.694e-9■■■■■ 43.3
UPF1Q92900 ATP6V0B-201ENST00000236067 944 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.394e-9■■■■■ 43.3
UPF1Q92900 ATP6V0B-211ENST00000498664 825 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.394e-9■■■■■ 43.3
UPF1Q92900 ATP6V0B-203ENST00000468183 2432 ntTSL 1 (best)22.16■■□□□ 1.144e-9■■■■■ 43.3
UPF1Q92900 ATP11A-217ENST00000614170 3542 nt10.48□□□□□ -0.732e-9■■■■■ 43.3
UPF1Q92900 LZTR1-211ENST00000479606 3442 ntTSL 215.53■□□□□ 0.082e-7■■■■■ 43.2
UPF1Q92900 SPC24-207ENST00000592967 833 ntTSL 322.39■■□□□ 1.175e-20■■■■■ 43.2
UPF1Q92900 SPC24-205ENST00000591396 832 ntTSL 520.25■□□□□ 0.835e-20■■■■■ 43.2
UPF1Q92900 G6PC-201ENST00000253801 3096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.28□□□□□ -1.243e-18■■■■■ 43.2
UPF1Q92900 TAX1BP3-201ENST00000225525 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.651e-6■■■■■ 43.2
UPF1Q92900 TAX1BP3-202ENST00000611779 1302 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.641e-6■■■■■ 43.2
UPF1Q92900 P2RX5-TAX1BP3-201ENST00000550383 5905 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.04■□□□□ -01e-6■■■■■ 43.2
UPF1Q92900 SLC27A4-202ENST00000372870 1557 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.092e-6■■■■■ 43.1
UPF1Q92900 SLC27A4-201ENST00000300456 3028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.22e-6■■■■■ 43.1
UPF1Q92900 NDE1-206ENST00000572967 484 ntTSL 316.97■□□□□ 0.314e-8■■■■■ 43.1
UPF1Q92900 NDE1-208ENST00000573694 411 ntTSL 313.26□□□□□ -0.294e-8■■■■■ 43.1
UPF1Q92900 TMEM120B-206ENST00000540377 962 ntTSL 3 BASIC22.87■■□□□ 1.254e-8■■■■■ 43.1
UPF1Q92900 PFDN1-205ENST00000512925 900 ntTSL 216.42■□□□□ 0.221e-7■■■■■ 43.1
UPF1Q92900 DHRS3-204ENST00000616661 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.284e-8■■■■■ 43.1
UPF1Q92900 BRAP-202ENST00000419234 4026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.351e-7■■■■■ 43.1
UPF1Q92900 FGFR4-202ENST00000393637 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.533e-7■■■■■ 43.1
UPF1Q92900 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.955e-11■■■■■ 43
UPF1Q92900 FBXW5-204ENST00000459905 2339 ntTSL 227.06■■□□□ 1.925e-11■■■■■ 43
UPF1Q92900 FBXW5-206ENST00000483559 2392 ntTSL 227.01■■□□□ 1.915e-11■■■■■ 43
UPF1Q92900 FBXW5-207ENST00000487794 1932 ntTSL 1 (best)23.3■■□□□ 1.325e-11■■■■■ 43
UPF1Q92900 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.012e-8■■■■■ 43
UPF1Q92900 RAB3IL1-201ENST00000301773 2125 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.292e-8■■■■■ 43
UPF1Q92900 SCARB1-209ENST00000545305 851 ntTSL 216.91■□□□□ 0.31e-12■■■■■ 43
UPF1Q92900 DAB2IP-205ENST00000408936 6784 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.23e-7■■■■■ 43
UPF1Q92900 DAB2IP-203ENST00000373782 5193 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best)15.42■□□□□ 0.063e-7■■■■■ 43
UPF1Q92900 DAB2IP-201ENST00000259371 5469 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -03e-7■■■■■ 43
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