Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
SYNE3Q6ZMZ3 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
SYNE3Q6ZMZ3 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
SYNE3Q6ZMZ3 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
SYNE3Q6ZMZ3 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
SYNE3Q6ZMZ3 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
SYNE3Q6ZMZ3 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
SYNE3Q6ZMZ3 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
SYNE3Q6ZMZ3 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
SYNE3Q6ZMZ3 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
SYNE3Q6ZMZ3 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
SYNE3Q6ZMZ3 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
SYNE3Q6ZMZ3 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
SYNE3Q6ZMZ3 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
SYNE3Q6ZMZ3 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
SYNE3Q6ZMZ3 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
SYNE3Q6ZMZ3 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
SYNE3Q6ZMZ3 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
SYNE3Q6ZMZ3 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
SYNE3Q6ZMZ3 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
SYNE3Q6ZMZ3 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
SYNE3Q6ZMZ3 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
SYNE3Q6ZMZ3 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
SYNE3Q6ZMZ3 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
SYNE3Q6ZMZ3 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
SYNE3Q6ZMZ3 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
SYNE3Q6ZMZ3 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
SYNE3Q6ZMZ3 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
SYNE3Q6ZMZ3 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
SYNE3Q6ZMZ3 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
SYNE3Q6ZMZ3 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
SYNE3Q6ZMZ3 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
SYNE3Q6ZMZ3 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
SYNE3Q6ZMZ3 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
SYNE3Q6ZMZ3 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
SYNE3Q6ZMZ3 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
SYNE3Q6ZMZ3 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
SYNE3Q6ZMZ3 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC28.34■■■□□ 2.13
SYNE3Q6ZMZ3 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
SYNE3Q6ZMZ3 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
SYNE3Q6ZMZ3 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.33■■■□□ 2.13
SYNE3Q6ZMZ3 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
SYNE3Q6ZMZ3 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
SYNE3Q6ZMZ3 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.33■■■□□ 2.13
SYNE3Q6ZMZ3 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.12
SYNE3Q6ZMZ3 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
SYNE3Q6ZMZ3 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
SYNE3Q6ZMZ3 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
SYNE3Q6ZMZ3 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
SYNE3Q6ZMZ3 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
SYNE3Q6ZMZ3 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
SYNE3Q6ZMZ3 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
SYNE3Q6ZMZ3 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
SYNE3Q6ZMZ3 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC28.31■■■□□ 2.12
SYNE3Q6ZMZ3 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
SYNE3Q6ZMZ3 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
SYNE3Q6ZMZ3 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
SYNE3Q6ZMZ3 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
SYNE3Q6ZMZ3 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
SYNE3Q6ZMZ3 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
SYNE3Q6ZMZ3 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
SYNE3Q6ZMZ3 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
SYNE3Q6ZMZ3 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
SYNE3Q6ZMZ3 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
SYNE3Q6ZMZ3 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
SYNE3Q6ZMZ3 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC28.28■■■□□ 2.12
SYNE3Q6ZMZ3 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
SYNE3Q6ZMZ3 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
SYNE3Q6ZMZ3 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
SYNE3Q6ZMZ3 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
SYNE3Q6ZMZ3 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
SYNE3Q6ZMZ3 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
SYNE3Q6ZMZ3 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
SYNE3Q6ZMZ3 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
SYNE3Q6ZMZ3 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
SYNE3Q6ZMZ3 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
SYNE3Q6ZMZ3 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.12
SYNE3Q6ZMZ3 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.12
SYNE3Q6ZMZ3 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
SYNE3Q6ZMZ3 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
SYNE3Q6ZMZ3 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
SYNE3Q6ZMZ3 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
SYNE3Q6ZMZ3 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
SYNE3Q6ZMZ3 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
SYNE3Q6ZMZ3 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
SYNE3Q6ZMZ3 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
SYNE3Q6ZMZ3 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
SYNE3Q6ZMZ3 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
SYNE3Q6ZMZ3 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC28.24■■■□□ 2.11
SYNE3Q6ZMZ3 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
SYNE3Q6ZMZ3 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
SYNE3Q6ZMZ3 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
SYNE3Q6ZMZ3 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
SYNE3Q6ZMZ3 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
SYNE3Q6ZMZ3 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
SYNE3Q6ZMZ3 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 69.5 ms