Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL6A3P12111 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
COL6A3P12111 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
COL6A3P12111 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC26.08■■□□□ 1.77
COL6A3P12111 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
COL6A3P12111 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
COL6A3P12111 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
COL6A3P12111 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
COL6A3P12111 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
COL6A3P12111 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC26.06■■□□□ 1.76
COL6A3P12111 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
COL6A3P12111 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
COL6A3P12111 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
COL6A3P12111 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
COL6A3P12111 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
COL6A3P12111 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
COL6A3P12111 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
COL6A3P12111 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
COL6A3P12111 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
COL6A3P12111 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
COL6A3P12111 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
COL6A3P12111 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
COL6A3P12111 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC26.05■■□□□ 1.76
COL6A3P12111 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
COL6A3P12111 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.03■■□□□ 1.76
COL6A3P12111 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
COL6A3P12111 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
COL6A3P12111 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
COL6A3P12111 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
COL6A3P12111 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
COL6A3P12111 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
COL6A3P12111 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
COL6A3P12111 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
COL6A3P12111 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
COL6A3P12111 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
COL6A3P12111 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
COL6A3P12111 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
COL6A3P12111 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
COL6A3P12111 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
COL6A3P12111 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
COL6A3P12111 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC26.01■■□□□ 1.75
COL6A3P12111 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC26.01■■□□□ 1.75
COL6A3P12111 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
COL6A3P12111 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
COL6A3P12111 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
COL6A3P12111 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC25.99■■□□□ 1.75
COL6A3P12111 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC25.99■■□□□ 1.75
COL6A3P12111 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
COL6A3P12111 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
COL6A3P12111 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC25.99■■□□□ 1.75
COL6A3P12111 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
COL6A3P12111 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
COL6A3P12111 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
COL6A3P12111 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
COL6A3P12111 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC25.99■■□□□ 1.75
COL6A3P12111 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
COL6A3P12111 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
COL6A3P12111 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
COL6A3P12111 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
COL6A3P12111 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
COL6A3P12111 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
COL6A3P12111 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
COL6A3P12111 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
COL6A3P12111 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
COL6A3P12111 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC25.96■■□□□ 1.75
COL6A3P12111 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
COL6A3P12111 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
COL6A3P12111 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
COL6A3P12111 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
COL6A3P12111 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
COL6A3P12111 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.75
COL6A3P12111 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
COL6A3P12111 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
COL6A3P12111 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
COL6A3P12111 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
COL6A3P12111 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC25.94■■□□□ 1.74
COL6A3P12111 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
COL6A3P12111 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
COL6A3P12111 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
COL6A3P12111 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
COL6A3P12111 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC25.93■■□□□ 1.74
COL6A3P12111 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL6A3P12111 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL6A3P12111 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL6A3P12111 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC25.92■■□□□ 1.74
COL6A3P12111 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL6A3P12111 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC25.92■■□□□ 1.74
COL6A3P12111 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL6A3P12111 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
COL6A3P12111 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
COL6A3P12111 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
COL6A3P12111 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
COL6A3P12111 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL6A3P12111 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL6A3P12111 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL6A3P12111 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL6A3P12111 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL6A3P12111 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.74
COL6A3P12111 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.74
COL6A3P12111 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.5 ms