Protein–RNA interactions for Protein: O95639

CPSF4, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 269 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF4O95639 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CPSF4O95639 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CPSF4O95639 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CPSF4O95639 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CPSF4O95639 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CPSF4O95639 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CPSF4O95639 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CPSF4O95639 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CPSF4O95639 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CPSF4O95639 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CPSF4O95639 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CPSF4O95639 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CPSF4O95639 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CPSF4O95639 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CPSF4O95639 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CPSF4O95639 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CPSF4O95639 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CPSF4O95639 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CPSF4O95639 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CPSF4O95639 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CPSF4O95639 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
CPSF4O95639 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
CPSF4O95639 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
CPSF4O95639 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
CPSF4O95639 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CPSF4O95639 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CPSF4O95639 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CPSF4O95639 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CPSF4O95639 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CPSF4O95639 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CPSF4O95639 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CPSF4O95639 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CPSF4O95639 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CPSF4O95639 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CPSF4O95639 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CPSF4O95639 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CPSF4O95639 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CPSF4O95639 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CPSF4O95639 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CPSF4O95639 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CPSF4O95639 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CPSF4O95639 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CPSF4O95639 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CPSF4O95639 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CPSF4O95639 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CPSF4O95639 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CPSF4O95639 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CPSF4O95639 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CPSF4O95639 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CPSF4O95639 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CPSF4O95639 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CPSF4O95639 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CPSF4O95639 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CPSF4O95639 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CPSF4O95639 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
CPSF4O95639 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CPSF4O95639 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
CPSF4O95639 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CPSF4O95639 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
CPSF4O95639 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CPSF4O95639 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
CPSF4O95639 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CPSF4O95639 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CPSF4O95639 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CPSF4O95639 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CPSF4O95639 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CPSF4O95639 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CPSF4O95639 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CPSF4O95639 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CPSF4O95639 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CPSF4O95639 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CPSF4O95639 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CPSF4O95639 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CPSF4O95639 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CPSF4O95639 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CPSF4O95639 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CPSF4O95639 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CPSF4O95639 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CPSF4O95639 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CPSF4O95639 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CPSF4O95639 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CPSF4O95639 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CPSF4O95639 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CPSF4O95639 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CPSF4O95639 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CPSF4O95639 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CPSF4O95639 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CPSF4O95639 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CPSF4O95639 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CPSF4O95639 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CPSF4O95639 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CPSF4O95639 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CPSF4O95639 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CPSF4O95639 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CPSF4O95639 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CPSF4O95639 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CPSF4O95639 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CPSF4O95639 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CPSF4O95639 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CPSF4O95639 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.3 ms