Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y5I3

PCDHA1, Protocadherin alpha-1, humanhuman

Predictions only

Length 950 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCDHA1Q9Y5I3 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
PCDHA1Q9Y5I3 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
PCDHA1Q9Y5I3 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
PCDHA1Q9Y5I3 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
PCDHA1Q9Y5I3 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
PCDHA1Q9Y5I3 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
PCDHA1Q9Y5I3 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
PCDHA1Q9Y5I3 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
PCDHA1Q9Y5I3 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
PCDHA1Q9Y5I3 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
PCDHA1Q9Y5I3 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
PCDHA1Q9Y5I3 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
PCDHA1Q9Y5I3 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
PCDHA1Q9Y5I3 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
PCDHA1Q9Y5I3 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
PCDHA1Q9Y5I3 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.06■■■□□ 2.08
PCDHA1Q9Y5I3 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
PCDHA1Q9Y5I3 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
PCDHA1Q9Y5I3 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
PCDHA1Q9Y5I3 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
PCDHA1Q9Y5I3 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
PCDHA1Q9Y5I3 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
PCDHA1Q9Y5I3 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
PCDHA1Q9Y5I3 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
PCDHA1Q9Y5I3 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
PCDHA1Q9Y5I3 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
PCDHA1Q9Y5I3 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
PCDHA1Q9Y5I3 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
PCDHA1Q9Y5I3 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
PCDHA1Q9Y5I3 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC28.05■■■□□ 2.08
PCDHA1Q9Y5I3 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
PCDHA1Q9Y5I3 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.05■■■□□ 2.08
PCDHA1Q9Y5I3 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
PCDHA1Q9Y5I3 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
PCDHA1Q9Y5I3 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
PCDHA1Q9Y5I3 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
PCDHA1Q9Y5I3 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
PCDHA1Q9Y5I3 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
PCDHA1Q9Y5I3 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
PCDHA1Q9Y5I3 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
PCDHA1Q9Y5I3 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
PCDHA1Q9Y5I3 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
PCDHA1Q9Y5I3 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
PCDHA1Q9Y5I3 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
PCDHA1Q9Y5I3 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
PCDHA1Q9Y5I3 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
PCDHA1Q9Y5I3 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
PCDHA1Q9Y5I3 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
PCDHA1Q9Y5I3 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
PCDHA1Q9Y5I3 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.08
PCDHA1Q9Y5I3 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
PCDHA1Q9Y5I3 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.01■■■□□ 2.07
PCDHA1Q9Y5I3 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
PCDHA1Q9Y5I3 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
PCDHA1Q9Y5I3 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
PCDHA1Q9Y5I3 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
PCDHA1Q9Y5I3 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
PCDHA1Q9Y5I3 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
PCDHA1Q9Y5I3 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
PCDHA1Q9Y5I3 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
PCDHA1Q9Y5I3 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
PCDHA1Q9Y5I3 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
PCDHA1Q9Y5I3 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
PCDHA1Q9Y5I3 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
PCDHA1Q9Y5I3 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
PCDHA1Q9Y5I3 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
PCDHA1Q9Y5I3 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC27.98■■■□□ 2.07
PCDHA1Q9Y5I3 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC27.98■■■□□ 2.07
PCDHA1Q9Y5I3 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
PCDHA1Q9Y5I3 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
PCDHA1Q9Y5I3 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
PCDHA1Q9Y5I3 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
PCDHA1Q9Y5I3 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
PCDHA1Q9Y5I3 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
PCDHA1Q9Y5I3 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
PCDHA1Q9Y5I3 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC27.96■■■□□ 2.07
PCDHA1Q9Y5I3 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
PCDHA1Q9Y5I3 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC27.96■■■□□ 2.07
PCDHA1Q9Y5I3 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC27.95■■■□□ 2.07
PCDHA1Q9Y5I3 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
PCDHA1Q9Y5I3 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
PCDHA1Q9Y5I3 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
PCDHA1Q9Y5I3 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
PCDHA1Q9Y5I3 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
PCDHA1Q9Y5I3 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
PCDHA1Q9Y5I3 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
PCDHA1Q9Y5I3 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
PCDHA1Q9Y5I3 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
PCDHA1Q9Y5I3 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC27.94■■■□□ 2.06
PCDHA1Q9Y5I3 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.94■■■□□ 2.06
PCDHA1Q9Y5I3 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
PCDHA1Q9Y5I3 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
PCDHA1Q9Y5I3 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
PCDHA1Q9Y5I3 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
PCDHA1Q9Y5I3 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
PCDHA1Q9Y5I3 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
PCDHA1Q9Y5I3 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
PCDHA1Q9Y5I3 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
PCDHA1Q9Y5I3 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
PCDHA1Q9Y5I3 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC27.92■■■□□ 2.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.4 ms