Protein–RNA interactions for Protein: Q96PV0

SYNGAP1, Ras/Rap GTPase-activating protein SynGAP, humanhuman

Predictions only

Length 1,343 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNGAP1Q96PV0 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
SYNGAP1Q96PV0 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC27.9■■■□□ 2.06
SYNGAP1Q96PV0 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
SYNGAP1Q96PV0 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
SYNGAP1Q96PV0 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
SYNGAP1Q96PV0 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC27.9■■■□□ 2.06
SYNGAP1Q96PV0 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
SYNGAP1Q96PV0 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.05
SYNGAP1Q96PV0 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.05
SYNGAP1Q96PV0 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.05
SYNGAP1Q96PV0 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
SYNGAP1Q96PV0 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC27.88■■■□□ 2.05
SYNGAP1Q96PV0 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
SYNGAP1Q96PV0 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
SYNGAP1Q96PV0 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
SYNGAP1Q96PV0 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
SYNGAP1Q96PV0 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
SYNGAP1Q96PV0 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
SYNGAP1Q96PV0 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
SYNGAP1Q96PV0 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
SYNGAP1Q96PV0 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
SYNGAP1Q96PV0 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
SYNGAP1Q96PV0 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
SYNGAP1Q96PV0 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
SYNGAP1Q96PV0 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
SYNGAP1Q96PV0 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
SYNGAP1Q96PV0 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
SYNGAP1Q96PV0 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
SYNGAP1Q96PV0 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
SYNGAP1Q96PV0 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
SYNGAP1Q96PV0 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
SYNGAP1Q96PV0 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC27.84■■■□□ 2.05
SYNGAP1Q96PV0 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
SYNGAP1Q96PV0 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
SYNGAP1Q96PV0 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
SYNGAP1Q96PV0 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC27.82■■■□□ 2.04
SYNGAP1Q96PV0 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
SYNGAP1Q96PV0 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
SYNGAP1Q96PV0 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
SYNGAP1Q96PV0 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
SYNGAP1Q96PV0 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
SYNGAP1Q96PV0 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
SYNGAP1Q96PV0 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
SYNGAP1Q96PV0 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
SYNGAP1Q96PV0 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
SYNGAP1Q96PV0 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.8■■■□□ 2.04
SYNGAP1Q96PV0 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.8■■■□□ 2.04
SYNGAP1Q96PV0 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
SYNGAP1Q96PV0 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC27.8■■■□□ 2.04
SYNGAP1Q96PV0 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
SYNGAP1Q96PV0 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC27.8■■■□□ 2.04
SYNGAP1Q96PV0 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.8■■■□□ 2.04
SYNGAP1Q96PV0 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
SYNGAP1Q96PV0 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
SYNGAP1Q96PV0 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
SYNGAP1Q96PV0 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
SYNGAP1Q96PV0 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
SYNGAP1Q96PV0 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
SYNGAP1Q96PV0 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
SYNGAP1Q96PV0 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC27.78■■■□□ 2.04
SYNGAP1Q96PV0 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC27.77■■■□□ 2.04
SYNGAP1Q96PV0 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
SYNGAP1Q96PV0 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
SYNGAP1Q96PV0 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
SYNGAP1Q96PV0 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
SYNGAP1Q96PV0 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
SYNGAP1Q96PV0 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
SYNGAP1Q96PV0 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC27.75■■■□□ 2.03
SYNGAP1Q96PV0 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
SYNGAP1Q96PV0 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC27.75■■■□□ 2.03
SYNGAP1Q96PV0 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
SYNGAP1Q96PV0 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
SYNGAP1Q96PV0 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC27.74■■■□□ 2.03
SYNGAP1Q96PV0 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC27.74■■■□□ 2.03
SYNGAP1Q96PV0 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC27.74■■■□□ 2.03
SYNGAP1Q96PV0 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC27.74■■■□□ 2.03
SYNGAP1Q96PV0 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.74■■■□□ 2.03
SYNGAP1Q96PV0 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
SYNGAP1Q96PV0 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
SYNGAP1Q96PV0 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC27.73■■■□□ 2.03
SYNGAP1Q96PV0 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
SYNGAP1Q96PV0 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
SYNGAP1Q96PV0 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
SYNGAP1Q96PV0 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC27.72■■■□□ 2.03
SYNGAP1Q96PV0 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
SYNGAP1Q96PV0 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
SYNGAP1Q96PV0 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
SYNGAP1Q96PV0 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
SYNGAP1Q96PV0 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
SYNGAP1Q96PV0 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC27.71■■■□□ 2.03
SYNGAP1Q96PV0 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
SYNGAP1Q96PV0 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
SYNGAP1Q96PV0 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
SYNGAP1Q96PV0 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
SYNGAP1Q96PV0 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
SYNGAP1Q96PV0 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
SYNGAP1Q96PV0 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.7■■■□□ 2.03
SYNGAP1Q96PV0 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
SYNGAP1Q96PV0 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
SYNGAP1Q96PV0 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32 ms