Protein–RNA interactions for Protein: Q96DZ5

CLIP3, CAP-Gly domain-containing linker protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 547 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP3Q96DZ5 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CLIP3Q96DZ5 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CLIP3Q96DZ5 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CLIP3Q96DZ5 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CLIP3Q96DZ5 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CLIP3Q96DZ5 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CLIP3Q96DZ5 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CLIP3Q96DZ5 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CLIP3Q96DZ5 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CLIP3Q96DZ5 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
CLIP3Q96DZ5 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
CLIP3Q96DZ5 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CLIP3Q96DZ5 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
CLIP3Q96DZ5 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CLIP3Q96DZ5 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CLIP3Q96DZ5 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CLIP3Q96DZ5 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CLIP3Q96DZ5 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CLIP3Q96DZ5 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CLIP3Q96DZ5 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CLIP3Q96DZ5 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
CLIP3Q96DZ5 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CLIP3Q96DZ5 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CLIP3Q96DZ5 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CLIP3Q96DZ5 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CLIP3Q96DZ5 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CLIP3Q96DZ5 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CLIP3Q96DZ5 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CLIP3Q96DZ5 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CLIP3Q96DZ5 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CLIP3Q96DZ5 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CLIP3Q96DZ5 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CLIP3Q96DZ5 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
CLIP3Q96DZ5 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CLIP3Q96DZ5 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CLIP3Q96DZ5 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CLIP3Q96DZ5 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CLIP3Q96DZ5 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CLIP3Q96DZ5 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CLIP3Q96DZ5 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CLIP3Q96DZ5 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CLIP3Q96DZ5 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CLIP3Q96DZ5 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CLIP3Q96DZ5 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CLIP3Q96DZ5 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CLIP3Q96DZ5 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CLIP3Q96DZ5 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CLIP3Q96DZ5 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CLIP3Q96DZ5 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CLIP3Q96DZ5 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
CLIP3Q96DZ5 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CLIP3Q96DZ5 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CLIP3Q96DZ5 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CLIP3Q96DZ5 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
CLIP3Q96DZ5 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CLIP3Q96DZ5 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CLIP3Q96DZ5 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CLIP3Q96DZ5 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CLIP3Q96DZ5 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CLIP3Q96DZ5 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CLIP3Q96DZ5 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CLIP3Q96DZ5 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CLIP3Q96DZ5 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CLIP3Q96DZ5 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CLIP3Q96DZ5 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CLIP3Q96DZ5 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
CLIP3Q96DZ5 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CLIP3Q96DZ5 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
CLIP3Q96DZ5 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CLIP3Q96DZ5 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CLIP3Q96DZ5 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
CLIP3Q96DZ5 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CLIP3Q96DZ5 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
CLIP3Q96DZ5 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CLIP3Q96DZ5 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CLIP3Q96DZ5 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CLIP3Q96DZ5 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CLIP3Q96DZ5 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CLIP3Q96DZ5 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CLIP3Q96DZ5 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CLIP3Q96DZ5 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CLIP3Q96DZ5 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CLIP3Q96DZ5 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CLIP3Q96DZ5 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CLIP3Q96DZ5 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CLIP3Q96DZ5 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CLIP3Q96DZ5 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
CLIP3Q96DZ5 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
CLIP3Q96DZ5 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CLIP3Q96DZ5 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CLIP3Q96DZ5 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CLIP3Q96DZ5 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CLIP3Q96DZ5 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CLIP3Q96DZ5 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CLIP3Q96DZ5 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CLIP3Q96DZ5 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CLIP3Q96DZ5 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CLIP3Q96DZ5 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CLIP3Q96DZ5 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CLIP3Q96DZ5 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.7 ms