Protein–RNA interactions for Protein: Q92900

UPF1, Regulator of nonsense transcripts 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,129 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF1Q92900 SHISA5-210ENST00000444115 2081 ntTSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.692e-12■■■■■ 45.3
UPF1Q92900 SHISA5-206ENST00000426002 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.522e-12■■■■■ 45.3
UPF1Q92900 SHISA5-209ENST00000443308 1933 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.522e-12■■■■■ 45.3
UPF1Q92900 SHISA5-213ENST00000466424 673 ntTSL 215.17■□□□□ 0.022e-12■■■■■ 45.3
UPF1Q92900 RAI1-205ENST00000582514 878 ntTSL 230.67■■■□□ 2.51e-10■■■■■ 45.3
UPF1Q92900 ACVR1B-201ENST00000257963 4563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.916e-7■■■■■ 45.3
UPF1Q92900 C19orf48-204ENST00000595794 941 ntTSL 1 (best)16.83■□□□□ 0.283e-23■■■■■ 45.2
UPF1Q92900 KDM4B-201ENST00000159111 5593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.324e-9■■■■■ 45.2
UPF1Q92900 KDM4B-211ENST00000611640 5703 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.214e-9■■■■■ 45.2
UPF1Q92900 CTSD-211ENST00000637387 1597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.853e-13■■■■■ 45.1
UPF1Q92900 IL15RA-203ENST00000379974 1022 ntTSL 1 (best)36.97■■■■□ 3.517e-11■■■■■ 45.1
UPF1Q92900 IL15RA-212ENST00000447291 906 ntTSL 318.66■□□□□ 0.587e-11■■■■■ 45.1
UPF1Q92900 PRMT2-201ENST00000291705 1011 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.69e-11■■■■■ 44.9
UPF1Q92900 PRMT2-212ENST00000482508 1478 ntTSL 1 (best)19.84■□□□□ 0.779e-11■■■■■ 44.9
UPF1Q92900 SRC-207ENST00000477066 3300 ntTSL 211.99□□□□□ -0.491e-15■■■■■ 44.9
UPF1Q92900 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC34.43■■■■□ 3.13e-12■■■■■ 44.9
UPF1Q92900 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC34.16■■■■□ 3.063e-12■■■■■ 44.9
UPF1Q92900 PEMT-212ENST00000580147 708 ntTSL 333.85■■■■□ 3.013e-12■■■■■ 44.9
UPF1Q92900 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC33.64■■■□□ 2.983e-12■■■■■ 44.9
UPF1Q92900 PEMT-210ENST00000484838 803 ntTSL 222.91■■□□□ 1.263e-12■■■■■ 44.9
UPF1Q92900 PEMT-203ENST00000395782 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.073e-12■■■■■ 44.9
UPF1Q92900 ADAP1-206ENST00000453175 742 ntTSL 521.58■■□□□ 1.053e-12■■■■■ 44.9
UPF1Q92900 PEMT-211ENST00000490392 673 ntTSL 321.48■■□□□ 1.033e-12■■■■■ 44.9
UPF1Q92900 PEMT-209ENST00000477595 430 ntTSL 320.02■□□□□ 0.83e-12■■■■■ 44.9
UPF1Q92900 PEMT-204ENST00000395783 1008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.783e-12■■■■■ 44.9
UPF1Q92900 PEMT-213ENST00000582268 383 ntTSL 216.53■□□□□ 0.243e-12■■■■■ 44.9
UPF1Q92900 TNFRSF12A-204ENST00000573001 648 ntTSL 3 BASIC19.99■□□□□ 0.791e-13■■■■■ 44.9
UPF1Q92900 CTDSP1-201ENST00000273062 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.112e-7■■■■■ 44.9
UPF1Q92900 PTPRU-202ENST00000373779 5579 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.333e-9■■■■■ 44.8
UPF1Q92900 PTPRU-204ENST00000428026 5550 ntTSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.053e-9■■■■■ 44.8
UPF1Q92900 PTGDR2-201ENST00000332539 2895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.141e-6■■■■■ 44.8
UPF1Q92900 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC31.02■■■□□ 2.562e-10■■■■■ 44.8
UPF1Q92900 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.38■■■□□ 2.617e-8■■■■■ 44.7
UPF1Q92900 DUSP3-203ENST00000590753 1019 ntTSL 513.24□□□□□ -0.293e-9■■■■■ 44.7
UPF1Q92900 DUSP3-204ENST00000590935 3666 ntTSL 510.53□□□□□ -0.723e-9■■■■■ 44.7
UPF1Q92900 DUSP3-201ENST00000226004 4110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.38□□□□□ -0.913e-9■■■■■ 44.7
UPF1Q92900 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC37.66■■■■□ 3.622e-15■■■■■ 44.7
UPF1Q92900 NKIRAS2-213ENST00000587028 535 ntTSL 434.62■■■■□ 3.132e-15■■■■■ 44.7
UPF1Q92900 NKIRAS2-214ENST00000587337 563 ntTSL 427.95■■■□□ 2.062e-15■■■■■ 44.7
UPF1Q92900 NKIRAS2-212ENST00000585955 564 ntTSL 416.3■□□□□ 0.22e-15■■■■■ 44.7
UPF1Q92900 AQP3-205ENST00000494313 1505 ntTSL 220.07■□□□□ 0.85e-8■■■■■ 44.6
UPF1Q92900 AQP3-201ENST00000297991 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.695e-8■■■■■ 44.6
UPF1Q92900 AQP3-204ENST00000493581 2911 ntTSL 212.49□□□□□ -0.415e-8■■■■■ 44.6
UPF1Q92900 TIMM50-214ENST00000600878 773 ntTSL 315.71■□□□□ 0.119e-10■■■■■ 44.6
UPF1Q92900 ABHD4-204ENST00000489928 507 ntTSL 319.55■□□□□ 0.728e-8■■■■■ 44.6
UPF1Q92900 LZTR1-207ENST00000452988 878 ntTSL 316.16■□□□□ 0.188e-7■■■■■ 44.6
UPF1Q92900 RXRA-202ENST00000481739 1846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.595e-9■■■■■ 44.6
UPF1Q92900 EXOC7-213ENST00000467929 2260 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.712e-29■■■■■ 44.6
UPF1Q92900 EXOC7-212ENST00000467586 2393 ntTSL 218.19■□□□□ 0.52e-29■■■■■ 44.6
UPF1Q92900 EXOC7-203ENST00000357231 1924 ntTSL 1 (best)15.41■□□□□ 0.062e-29■■■■■ 44.6
UPF1Q92900 EXOC7-205ENST00000405575 2208 ntTSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.022e-29■■■■■ 44.6
UPF1Q92900 PTPRF-201ENST00000359947 7727 ntTSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.11e-7■■■■■ 44.5
UPF1Q92900 PTPRF-206ENST00000429895 6312 ntTSL 1 (best)15.3■□□□□ 0.041e-7■■■■■ 44.5
UPF1Q92900 PTPRF-215ENST00000496447 5887 ntTSL 1 (best)13.19□□□□□ -0.31e-7■■■■■ 44.5
UPF1Q92900 PTPRF-203ENST00000372407 4600 ntTSL 211.89□□□□□ -0.511e-7■■■■■ 44.5
UPF1Q92900 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.911e-7■■■■■ 44.5
UPF1Q92900 NR5A1-202ENST00000373588 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.691e-7■■■■■ 44.5
UPF1Q92900 MAZ-209ENST00000565777 1313 ntTSL 222.26■■□□□ 1.157e-37■■■■■ 44.5
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UPF1Q92900 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC40.25■■■■■ 4.032e-7■■■■■ 44.5
UPF1Q92900 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC40.25■■■■■ 4.032e-7■■■■■ 44.5
UPF1Q92900 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC29.3■■■□□ 2.282e-7■■■■■ 44.5
UPF1Q92900 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.362e-7■■■■■ 44.5
UPF1Q92900 DGCR2-202ENST00000389262 4814 ntTSL 1 (best)14.32□□□□□ -0.122e-11■■■■■ 44.5
UPF1Q92900 DGCR2-206ENST00000545799 4484 ntTSL 5 BASIC14.09□□□□□ -0.152e-11■■■■■ 44.5
UPF1Q92900 DGCR2-201ENST00000263196 4480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.09□□□□□ -0.152e-11■■■■■ 44.5
UPF1Q92900 DGCR2-205ENST00000537045 4361 ntTSL 2 BASIC13.69□□□□□ -0.222e-11■■■■■ 44.5
UPF1Q92900 HMGXB3-201ENST00000502717 4974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.35e-8■■■■■ 44.4
UPF1Q92900 HMGXB3-202ENST00000503427 5275 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.235e-8■■■■■ 44.4
UPF1Q92900 CLN6-219ENST00000637329 1204 ntTSL 520.47■□□□□ 0.875e-10■■■■■ 44.4
UPF1Q92900 DDIT3-201ENST00000346473 906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.193e-16■■■■■ 44.4
UPF1Q92900 DDIT3-202ENST00000547303 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.113e-16■■■■■ 44.4
UPF1Q92900 DDIT3-204ENST00000551116 1067 ntTSL 1 (best) BASIC12.2□□□□□ -0.463e-16■■■■■ 44.4
UPF1Q92900 DDIT3-206ENST00000623876 1151 nt9.2□□□□□ -0.943e-16■■■■■ 44.4
UPF1Q92900 EIF4G1-233ENST00000475721 1271 ntTSL 228.57■■■□□ 2.162e-13■■■■■ 44.4
UPF1Q92900 EIF4G1-212ENST00000424196 5653 ntTSL 2 BASIC14.32□□□□□ -0.122e-13■■■■■ 44.4
UPF1Q92900 EIF4G1-218ENST00000434061 5026 ntTSL 2 BASIC14.04□□□□□ -0.162e-13■■■■■ 44.4
UPF1Q92900 EIF4G1-219ENST00000435046 4668 ntTSL 5 BASIC13.73□□□□□ -0.212e-13■■■■■ 44.4
UPF1Q92900 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.346e-10■■■■■ 44.3
UPF1Q92900 ARHGAP1-204ENST00000526423 1377 ntTSL 1 (best)15.03■□□□□ -02e-7■■■■■ 44.2
UPF1Q92900 CPLX2-201ENST00000359546 5023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.254e-7■■■■■ 44.1
UPF1Q92900 DAP-202ENST00000432074 1048 ntTSL 2 BASIC26.56■■□□□ 1.842e-21■■■■■ 44.1
UPF1Q92900 TEX19-201ENST00000333437 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.982e-11■■■■■ 44.1
UPF1Q92900 DCAF5-201ENST00000341516 5953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.122e-11■■■■■ 44.1
UPF1Q92900 TNS1-220ENST00000611415 6509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.75□□□□□ -0.532e-11■■■■■ 44.1
UPF1Q92900 TNS1-221ENST00000615025 6488 ntTSL 5 BASIC10.98□□□□□ -0.652e-11■■■■■ 44.1
UPF1Q92900 DCAF5-205ENST00000554215 4803 ntTSL 1 (best) BASIC8.1□□□□□ -1.112e-11■■■■■ 44.1
UPF1Q92900 PAICS-207ENST00000512576 6480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.28□□□□□ -0.764e-19■■■■■ 44.1
UPF1Q92900 PAICS-208ENST00000514888 3340 ntTSL 1 (best) BASIC8.41□□□□□ -1.064e-19■■■■■ 44.1
UPF1Q92900 PAICS-202ENST00000399688 3297 ntTSL 1 (best) BASIC8.33□□□□□ -1.084e-19■■■■■ 44.1
UPF1Q92900 PAICS-201ENST00000264221 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.63□□□□□ -1.194e-19■■■■■ 44.1
UPF1Q92900 SESN2-201ENST00000253063 3453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.231e-14■■■■■ 44.1
UPF1Q92900 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.79■■■□□ 2.521e-6■■■■■ 44.1
UPF1Q92900 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.941e-6■■■■■ 44.1
UPF1Q92900 NFKBIB-202ENST00000392079 991 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.31e-6■■■■■ 44.1
UPF1Q92900 NFKBIB-203ENST00000509705 2200 ntTSL 220.76■□□□□ 0.911e-6■■■■■ 44.1
UPF1Q92900 DDX19A-204ENST00000562140 3121 ntTSL 510.27□□□□□ -0.766e-9■■■■■ 44.1
UPF1Q92900 SRC-202ENST00000373558 4304 ntTSL 5 BASIC14.18□□□□□ -0.145e-13■■■■■ 44.1
UPF1Q92900 SRC-204ENST00000373578 4630 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.98□□□□□ -0.335e-13■■■■■ 44.1
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