RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000428026.6

PTPRU-204, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type U, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRU, Length 5,550 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRU-204ENST00000428026 DCAF8L2P0C7V8 631 aa25.45■■□□□ 1.66
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PTPRU-204ENST00000428026 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP23.66■■□□□ 1.38
PTPRU-204ENST00000428026 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa23.58■■□□□ 1.36
PTPRU-204ENST00000428026 EHMT2Q96KQ7 1210 aa23.2■■□□□ 1.31
PTPRU-204ENST00000428026 PELP1Q8IZL8 1130 aaKnown RBP23.11■■□□□ 1.29
PTPRU-204ENST00000428026 PCGF6Q9BYE7 350 aa22.69■■□□□ 1.22
PTPRU-204ENST00000428026 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP22.5■■□□□ 1.19
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PTPRU-204ENST00000428026 CENPBP07199 599 aaPredicted RBP22.36■■□□□ 1.17
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PTPRU-204ENST00000428026 YTHDC1Q96MU7 727 aaKnown RBP22.05■■□□□ 1.12
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PTPRU-204ENST00000428026 FBLN2P98095 1184 aa20.8■□□□□ 0.92
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PTPRU-204ENST00000428026 ZNF316A6NFI3 1004 aaPredicted RBP20.73■□□□□ 0.91
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PTPRU-204ENST00000428026 FKBP8Q14318 412 aa20.05■□□□□ 0.8
PTPRU-204ENST00000428026 ZNF777Q9ULD5 760 aaPredicted RBP20.02■□□□□ 0.8
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PTPRU-204ENST00000428026 ZBTB47Q9UFB7 747 aaPredicted RBP19.97■□□□□ 0.79
PTPRU-204ENST00000428026 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP19.97■□□□□ 0.79
PTPRU-204ENST00000428026 SCAF1Q9H7N4 1312 aaKnown RBP19.93■□□□□ 0.78
PTPRU-204ENST00000428026 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP19.91■□□□□ 0.78
PTPRU-204ENST00000428026 NBR1Q14596 966 aa19.89■□□□□ 0.77
PTPRU-204ENST00000428026 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP19.88■□□□□ 0.77
PTPRU-204ENST00000428026 PLPPR3Q6T4P5 718 aa19.82■□□□□ 0.76
PTPRU-204ENST00000428026 ERCC6Q03468 1493 aa19.8■□□□□ 0.76
PTPRU-204ENST00000428026 HNRNPUQ00839 825 aaKnown RBP eCLIP19.79■□□□□ 0.76
PTPRU-204ENST00000428026 SLC24A1O60721 1099 aa19.77■□□□□ 0.76
PTPRU-204ENST00000428026 ESF1Q9H501 851 aaKnown RBP19.76■□□□□ 0.75
PTPRU-204ENST00000428026 DDX10Q13206 875 aaKnown RBP19.74■□□□□ 0.75
PTPRU-204ENST00000428026 ARXQ96QS3 562 aa19.73■□□□□ 0.75
PTPRU-204ENST00000428026 CECR2Q9BXF3 1484 aa19.73■□□□□ 0.75
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PTPRU-204ENST00000428026 ANP32BQ92688 251 aaKnown RBP19.71■□□□□ 0.75
PTPRU-204ENST00000428026 GLIPR1L2Q4G1C9 344 aa19.7■□□□□ 0.74
PTPRU-204ENST00000428026 SALL2Q9Y467 1007 aaPredicted RBP19.68■□□□□ 0.74
PTPRU-204ENST00000428026 HSP90AA1P07900 732 aaKnown RBP19.67■□□□□ 0.74
PTPRU-204ENST00000428026 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa19.66■□□□□ 0.74
PTPRU-204ENST00000428026 IRX6P78412 446 aaPredicted RBP19.65■□□□□ 0.74
PTPRU-204ENST00000428026 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP19.64■□□□□ 0.73
PTPRU-204ENST00000428026 MIER1Q8N108 512 aa19.62■□□□□ 0.73
PTPRU-204ENST00000428026 CCDC136Q96JN2 1154 aa19.62■□□□□ 0.73
PTPRU-204ENST00000428026 KCNH8Q96L42 1107 aa19.6■□□□□ 0.73
PTPRU-204ENST00000428026 NEFMP07197 916 aa19.6■□□□□ 0.73
PTPRU-204ENST00000428026 CHGAP10645 457 aaKnown RBP19.59■□□□□ 0.73
PTPRU-204ENST00000428026 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP19.59■□□□□ 0.73
PTPRU-204ENST00000428026 STAG3Q9UJ98 1225 aa19.57■□□□□ 0.72
PTPRU-204ENST00000428026 CHIC2Q9UKJ5 165 aa19.57■□□□□ 0.72
PTPRU-204ENST00000428026 UPF2Q9HAU5 1272 aaKnown RBP19.57■□□□□ 0.72
PTPRU-204ENST00000428026 TONSLQ96HA7 1378 aa19.54■□□□□ 0.72
PTPRU-204ENST00000428026 GRWD1Q9BQ67 446 aaKnown RBP eCLIP19.53■□□□□ 0.72
PTPRU-204ENST00000428026 MTUS2Q5JR59 1369 aa19.48■□□□□ 0.71
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