Protein–RNA interactions for Protein: Q53GD3

SLC44A4, Choline transporter-like protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 710 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SLC44A4Q53GD3 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SLC44A4Q53GD3 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SLC44A4Q53GD3 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC25.35■■□□□ 1.65
SLC44A4Q53GD3 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
SLC44A4Q53GD3 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SLC44A4Q53GD3 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
SLC44A4Q53GD3 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
SLC44A4Q53GD3 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SLC44A4Q53GD3 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SLC44A4Q53GD3 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
SLC44A4Q53GD3 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
SLC44A4Q53GD3 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SLC44A4Q53GD3 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
SLC44A4Q53GD3 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SLC44A4Q53GD3 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
SLC44A4Q53GD3 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
SLC44A4Q53GD3 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
SLC44A4Q53GD3 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC25.33■■□□□ 1.65
SLC44A4Q53GD3 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SLC44A4Q53GD3 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SLC44A4Q53GD3 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SLC44A4Q53GD3 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
SLC44A4Q53GD3 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SLC44A4Q53GD3 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SLC44A4Q53GD3 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
SLC44A4Q53GD3 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SLC44A4Q53GD3 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SLC44A4Q53GD3 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SLC44A4Q53GD3 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SLC44A4Q53GD3 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SLC44A4Q53GD3 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SLC44A4Q53GD3 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SLC44A4Q53GD3 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SLC44A4Q53GD3 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SLC44A4Q53GD3 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SLC44A4Q53GD3 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SLC44A4Q53GD3 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SLC44A4Q53GD3 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SLC44A4Q53GD3 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
SLC44A4Q53GD3 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SLC44A4Q53GD3 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SLC44A4Q53GD3 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SLC44A4Q53GD3 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SLC44A4Q53GD3 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SLC44A4Q53GD3 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SLC44A4Q53GD3 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SLC44A4Q53GD3 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SLC44A4Q53GD3 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SLC44A4Q53GD3 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SLC44A4Q53GD3 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SLC44A4Q53GD3 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SLC44A4Q53GD3 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SLC44A4Q53GD3 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SLC44A4Q53GD3 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SLC44A4Q53GD3 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SLC44A4Q53GD3 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
SLC44A4Q53GD3 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SLC44A4Q53GD3 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
SLC44A4Q53GD3 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SLC44A4Q53GD3 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
SLC44A4Q53GD3 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
SLC44A4Q53GD3 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
SLC44A4Q53GD3 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
SLC44A4Q53GD3 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SLC44A4Q53GD3 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
SLC44A4Q53GD3 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SLC44A4Q53GD3 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
SLC44A4Q53GD3 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SLC44A4Q53GD3 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SLC44A4Q53GD3 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SLC44A4Q53GD3 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SLC44A4Q53GD3 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SLC44A4Q53GD3 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SLC44A4Q53GD3 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SLC44A4Q53GD3 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SLC44A4Q53GD3 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SLC44A4Q53GD3 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SLC44A4Q53GD3 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SLC44A4Q53GD3 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SLC44A4Q53GD3 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
SLC44A4Q53GD3 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SLC44A4Q53GD3 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SLC44A4Q53GD3 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SLC44A4Q53GD3 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SLC44A4Q53GD3 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SLC44A4Q53GD3 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SLC44A4Q53GD3 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SLC44A4Q53GD3 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SLC44A4Q53GD3 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SLC44A4Q53GD3 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SLC44A4Q53GD3 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
SLC44A4Q53GD3 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SLC44A4Q53GD3 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SLC44A4Q53GD3 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SLC44A4Q53GD3 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SLC44A4Q53GD3 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SLC44A4Q53GD3 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SLC44A4Q53GD3 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SLC44A4Q53GD3 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
SLC44A4Q53GD3 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12 ms