Protein–RNA interactions for Protein: P35548

MSX2, Homeobox protein MSX-2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 267 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX2P35548 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
MSX2P35548 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
MSX2P35548 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
MSX2P35548 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
MSX2P35548 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
MSX2P35548 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
MSX2P35548 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
MSX2P35548 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
MSX2P35548 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
MSX2P35548 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
MSX2P35548 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
MSX2P35548 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
MSX2P35548 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
MSX2P35548 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
MSX2P35548 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
MSX2P35548 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
MSX2P35548 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
MSX2P35548 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
MSX2P35548 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
MSX2P35548 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
MSX2P35548 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
MSX2P35548 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
MSX2P35548 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
MSX2P35548 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
MSX2P35548 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
MSX2P35548 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
MSX2P35548 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
MSX2P35548 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
MSX2P35548 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
MSX2P35548 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
MSX2P35548 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
MSX2P35548 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC23.11■■□□□ 1.29
MSX2P35548 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
MSX2P35548 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
MSX2P35548 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
MSX2P35548 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
MSX2P35548 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
MSX2P35548 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
MSX2P35548 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
MSX2P35548 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
MSX2P35548 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
MSX2P35548 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
MSX2P35548 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
MSX2P35548 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
MSX2P35548 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
MSX2P35548 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
MSX2P35548 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
MSX2P35548 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
MSX2P35548 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
MSX2P35548 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
MSX2P35548 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
MSX2P35548 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
MSX2P35548 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
MSX2P35548 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
MSX2P35548 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
MSX2P35548 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
MSX2P35548 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
MSX2P35548 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
MSX2P35548 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
MSX2P35548 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
MSX2P35548 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
MSX2P35548 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
MSX2P35548 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
MSX2P35548 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
MSX2P35548 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
MSX2P35548 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC23.06■■□□□ 1.28
MSX2P35548 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
MSX2P35548 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
MSX2P35548 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
MSX2P35548 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
MSX2P35548 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
MSX2P35548 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
MSX2P35548 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
MSX2P35548 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
MSX2P35548 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
MSX2P35548 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
MSX2P35548 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
MSX2P35548 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
MSX2P35548 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
MSX2P35548 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
MSX2P35548 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
MSX2P35548 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
MSX2P35548 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
MSX2P35548 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
MSX2P35548 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
MSX2P35548 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
MSX2P35548 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
MSX2P35548 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
MSX2P35548 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
MSX2P35548 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
MSX2P35548 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC23.03■■□□□ 1.28
MSX2P35548 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
MSX2P35548 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
MSX2P35548 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
MSX2P35548 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
MSX2P35548 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
MSX2P35548 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
MSX2P35548 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
MSX2P35548 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
MSX2P35548 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 68.4 ms