Protein–RNA interactions for Protein: P29074

PTPN4, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4, humanhuman

Predictions only

Length 926 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN4P29074 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
PTPN4P29074 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
PTPN4P29074 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
PTPN4P29074 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
PTPN4P29074 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
PTPN4P29074 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
PTPN4P29074 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
PTPN4P29074 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
PTPN4P29074 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
PTPN4P29074 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
PTPN4P29074 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
PTPN4P29074 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
PTPN4P29074 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
PTPN4P29074 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
PTPN4P29074 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
PTPN4P29074 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
PTPN4P29074 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
PTPN4P29074 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
PTPN4P29074 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
PTPN4P29074 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
PTPN4P29074 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
PTPN4P29074 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
PTPN4P29074 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
PTPN4P29074 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
PTPN4P29074 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
PTPN4P29074 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
PTPN4P29074 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
PTPN4P29074 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.47
PTPN4P29074 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
PTPN4P29074 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
PTPN4P29074 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
PTPN4P29074 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
PTPN4P29074 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
PTPN4P29074 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
PTPN4P29074 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
PTPN4P29074 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
PTPN4P29074 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
PTPN4P29074 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
PTPN4P29074 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
PTPN4P29074 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
PTPN4P29074 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
PTPN4P29074 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
PTPN4P29074 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
PTPN4P29074 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
PTPN4P29074 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
PTPN4P29074 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
PTPN4P29074 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
PTPN4P29074 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
PTPN4P29074 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
PTPN4P29074 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC24.17■■□□□ 1.46
PTPN4P29074 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
PTPN4P29074 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
PTPN4P29074 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
PTPN4P29074 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
PTPN4P29074 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
PTPN4P29074 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
PTPN4P29074 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
PTPN4P29074 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
PTPN4P29074 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
PTPN4P29074 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
PTPN4P29074 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC24.16■■□□□ 1.46
PTPN4P29074 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
PTPN4P29074 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
PTPN4P29074 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
PTPN4P29074 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
PTPN4P29074 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
PTPN4P29074 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
PTPN4P29074 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
PTPN4P29074 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
PTPN4P29074 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
PTPN4P29074 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
PTPN4P29074 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
PTPN4P29074 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
PTPN4P29074 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
PTPN4P29074 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
PTPN4P29074 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
PTPN4P29074 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
PTPN4P29074 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
PTPN4P29074 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
PTPN4P29074 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
PTPN4P29074 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
PTPN4P29074 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
PTPN4P29074 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
PTPN4P29074 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
PTPN4P29074 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
PTPN4P29074 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
PTPN4P29074 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
PTPN4P29074 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
PTPN4P29074 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
PTPN4P29074 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
PTPN4P29074 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
PTPN4P29074 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
PTPN4P29074 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
PTPN4P29074 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
PTPN4P29074 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
PTPN4P29074 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
PTPN4P29074 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
PTPN4P29074 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
PTPN4P29074 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
PTPN4P29074 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.4 ms