Protein–RNA interactions for Protein: P02549

SPTA1, Spectrin alpha chain, erythrocytic 1, humanhuman

Predictions only

Length 2,419 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SPTA1P02549 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SPTA1P02549 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SPTA1P02549 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SPTA1P02549 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
SPTA1P02549 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SPTA1P02549 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SPTA1P02549 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SPTA1P02549 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SPTA1P02549 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SPTA1P02549 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SPTA1P02549 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
SPTA1P02549 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
SPTA1P02549 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SPTA1P02549 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SPTA1P02549 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SPTA1P02549 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SPTA1P02549 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SPTA1P02549 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SPTA1P02549 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SPTA1P02549 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SPTA1P02549 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SPTA1P02549 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
SPTA1P02549 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SPTA1P02549 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SPTA1P02549 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
SPTA1P02549 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SPTA1P02549 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SPTA1P02549 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SPTA1P02549 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SPTA1P02549 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SPTA1P02549 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SPTA1P02549 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.16
SPTA1P02549 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
SPTA1P02549 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SPTA1P02549 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SPTA1P02549 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SPTA1P02549 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SPTA1P02549 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SPTA1P02549 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
SPTA1P02549 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SPTA1P02549 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SPTA1P02549 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SPTA1P02549 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SPTA1P02549 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SPTA1P02549 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SPTA1P02549 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SPTA1P02549 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SPTA1P02549 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SPTA1P02549 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SPTA1P02549 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SPTA1P02549 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SPTA1P02549 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SPTA1P02549 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
SPTA1P02549 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SPTA1P02549 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SPTA1P02549 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SPTA1P02549 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SPTA1P02549 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SPTA1P02549 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
SPTA1P02549 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SPTA1P02549 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SPTA1P02549 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SPTA1P02549 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SPTA1P02549 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SPTA1P02549 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SPTA1P02549 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SPTA1P02549 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SPTA1P02549 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SPTA1P02549 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SPTA1P02549 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SPTA1P02549 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SPTA1P02549 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SPTA1P02549 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SPTA1P02549 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SPTA1P02549 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SPTA1P02549 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SPTA1P02549 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
SPTA1P02549 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SPTA1P02549 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SPTA1P02549 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
SPTA1P02549 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SPTA1P02549 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SPTA1P02549 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SPTA1P02549 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SPTA1P02549 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SPTA1P02549 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SPTA1P02549 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SPTA1P02549 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SPTA1P02549 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SPTA1P02549 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SPTA1P02549 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SPTA1P02549 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SPTA1P02549 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SPTA1P02549 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SPTA1P02549 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SPTA1P02549 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SPTA1P02549 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SPTA1P02549 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SPTA1P02549 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SPTA1P02549 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 68.7 ms