Protein–RNA interactions for Protein: Q99250

SCN2A, Sodium channel protein type 2 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,005 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN2AQ99250 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SCN2AQ99250 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SCN2AQ99250 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SCN2AQ99250 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SCN2AQ99250 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SCN2AQ99250 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SCN2AQ99250 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SCN2AQ99250 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SCN2AQ99250 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SCN2AQ99250 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SCN2AQ99250 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SCN2AQ99250 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SCN2AQ99250 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SCN2AQ99250 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SCN2AQ99250 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SCN2AQ99250 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SCN2AQ99250 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SCN2AQ99250 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.31
SCN2AQ99250 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SCN2AQ99250 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SCN2AQ99250 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SCN2AQ99250 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SCN2AQ99250 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
SCN2AQ99250 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SCN2AQ99250 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SCN2AQ99250 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SCN2AQ99250 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SCN2AQ99250 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SCN2AQ99250 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SCN2AQ99250 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SCN2AQ99250 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SCN2AQ99250 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SCN2AQ99250 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SCN2AQ99250 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SCN2AQ99250 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
SCN2AQ99250 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
SCN2AQ99250 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SCN2AQ99250 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN2AQ99250 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN2AQ99250 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN2AQ99250 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN2AQ99250 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN2AQ99250 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN2AQ99250 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN2AQ99250 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN2AQ99250 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN2AQ99250 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN2AQ99250 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN2AQ99250 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN2AQ99250 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN2AQ99250 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN2AQ99250 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN2AQ99250 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN2AQ99250 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN2AQ99250 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN2AQ99250 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN2AQ99250 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN2AQ99250 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN2AQ99250 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN2AQ99250 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SCN2AQ99250 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN2AQ99250 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN2AQ99250 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SCN2AQ99250 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SCN2AQ99250 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SCN2AQ99250 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SCN2AQ99250 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
SCN2AQ99250 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SCN2AQ99250 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SCN2AQ99250 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
SCN2AQ99250 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
SCN2AQ99250 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SCN2AQ99250 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
SCN2AQ99250 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
SCN2AQ99250 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
SCN2AQ99250 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
SCN2AQ99250 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
SCN2AQ99250 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
SCN2AQ99250 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
SCN2AQ99250 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
SCN2AQ99250 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
SCN2AQ99250 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SCN2AQ99250 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SCN2AQ99250 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
SCN2AQ99250 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SCN2AQ99250 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
SCN2AQ99250 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SCN2AQ99250 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SCN2AQ99250 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
SCN2AQ99250 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
SCN2AQ99250 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SCN2AQ99250 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SCN2AQ99250 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SCN2AQ99250 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SCN2AQ99250 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SCN2AQ99250 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SCN2AQ99250 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC23.08■■□□□ 1.28
SCN2AQ99250 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
SCN2AQ99250 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.28
SCN2AQ99250 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 132.4 ms