Protein–RNA interactions for Protein: Q92900

UPF1, Regulator of nonsense transcripts 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,129 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF1Q92900 ANK1-202ENST00000289734 8297 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.193e-8■■■■■ 46.5
UPF1Q92900 MCFD2-204ENST00000409207 1113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.821e-8■■■■■ 46.5
UPF1Q92900 AC051619.6-201ENST00000558039 595 ntTSL 4 BASIC17.7■□□□□ 0.422e-7■■■■■ 46.4
UPF1Q92900 RAB1B-202ENST00000527397 991 ntTSL 3 BASIC20.58■□□□□ 0.891e-17■■■■■ 46.4
UPF1Q92900 TMEM101-201ENST00000206380 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.592e-8■■■■■ 46.4
UPF1Q92900 TMEM101-205ENST00000589334 1830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.272e-8■■■■■ 46.4
UPF1Q92900 DDX6-206ENST00000534980 4538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.09□□□□□ -1.751e-26■■■■■ 46.3
UPF1Q92900 WDR82-201ENST00000296490 4293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.96□□□□□ -0.492e-9■■■■■ 46.3
UPF1Q92900 WDR82-204ENST00000487402 4333 ntTSL 210.01□□□□□ -0.813e-9■■■■■ 46.3
UPF1Q92900 RHBDD2-204ENST00000454791 1831 ntTSL 231.26■■■□□ 2.66e-10■■■■■ 46.2
UPF1Q92900 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC29.17■■■□□ 2.266e-10■■■■■ 46.2
UPF1Q92900 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.546e-10■■■■■ 46.2
UPF1Q92900 RHBDD2-203ENST00000428119 1274 ntTSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.766e-10■■■■■ 46.2
UPF1Q92900 LY6E-214ENST00000522971 857 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.994e-11■■■■■ 46.2
UPF1Q92900 LY6E-204ENST00000519546 971 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.224e-11■■■■■ 46.2
UPF1Q92900 GPT2-201ENST00000340124 3984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.018e-10■■■■■ 46.2
UPF1Q92900 GPT2-205ENST00000569193 3205 ntTSL 1 (best)13.01□□□□□ -0.338e-10■■■■■ 46.2
UPF1Q92900 GPT2-202ENST00000440783 4228 ntTSL 2 BASIC12.77□□□□□ -0.368e-10■■■■■ 46.2
UPF1Q92900 TAF8-210ENST00000494547 2402 ntTSL 5 BASIC10.54□□□□□ -0.722e-7■■■■■ 46.2
UPF1Q92900 MMP11-201ENST00000215743 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.992e-8■■■■■ 46.1
UPF1Q92900 MMP11-204ENST00000437086 2071 ntTSL 220.85■□□□□ 0.932e-8■■■■■ 46.1
UPF1Q92900 MMP11-206ENST00000465385 3823 ntTSL 213.4□□□□□ -0.262e-8■■■■■ 46.1
UPF1Q92900 PTPRU-205ENST00000460170 5337 ntTSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.063e-9■■■■■ 46.1
UPF1Q92900 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.269e-12■■■■■ 46.1
UPF1Q92900 ADD1-207ENST00000446856 3745 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.225e-8■■■■■ 46.1
UPF1Q92900 ADD1-201ENST00000264758 4045 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.165e-8■■■■■ 46.1
UPF1Q92900 ADD1-205ENST00000398125 4079 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.135e-8■■■■■ 46.1
UPF1Q92900 ADD1-206ENST00000398129 3787 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC10.87□□□□□ -0.679e-12■■■■■ 46.1
UPF1Q92900 ADD1-218ENST00000513762 3581 ntTSL 310.72□□□□□ -0.699e-12■■■■■ 46.1
UPF1Q92900 DDIT3-205ENST00000552740 951 ntTSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.371e-20■■■■■ 46.1
UPF1Q92900 HMGCL-203ENST00000374490 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.423e-12■■■■■ 46
UPF1Q92900 HMGCL-204ENST00000436439 1354 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.143e-12■■■■■ 46
UPF1Q92900 HMGCL-202ENST00000374487 2151 ntTSL 215.3■□□□□ 0.043e-12■■■■■ 46
UPF1Q92900 HMGCL-201ENST00000235958 1101 ntTSL 513.25□□□□□ -0.293e-12■■■■■ 46
UPF1Q92900 ZNF512B-201ENST00000369888 5919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.323e-7■■■■■ 46
UPF1Q92900 CDT1-201ENST00000301019 3240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.088e-13■■■■■ 46
UPF1Q92900 DDIT3-203ENST00000547526 644 ntTSL 317.27■□□□□ 0.362e-20■■■■■ 45.9
UPF1Q92900 PTPRU-206ENST00000465525 1650 ntTSL 222.04■■□□□ 1.121e-7■■■■■ 45.9
UPF1Q92900 CD276-201ENST00000318424 2738 ntTSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.617e-7■■■■■ 45.9
UPF1Q92900 CD276-207ENST00000559465 1620 ntTSL 1 (best)18.6■□□□□ 0.577e-7■■■■■ 45.9
UPF1Q92900 CD276-206ENST00000559073 1844 ntTSL 1 (best)18.44■□□□□ 0.547e-7■■■■■ 45.9
UPF1Q92900 CD276-202ENST00000318443 3469 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC12.94□□□□□ -0.347e-7■■■■■ 45.9
UPF1Q92900 FOXRED2-204ENST00000397224 4967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.081e-7■■■■■ 45.8
UPF1Q92900 SREBF2-209ENST00000612482 5365 ntTSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.627e-16■■■■■ 45.7
UPF1Q92900 SREBF2-201ENST00000361204 5240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.387e-16■■■■■ 45.7
UPF1Q92900 SREBF2-202ENST00000424354 5699 ntTSL 1 (best)14.61□□□□□ -0.077e-16■■■■■ 45.7
UPF1Q92900 SREBF2-208ENST00000491541 4043 ntTSL 1 (best)9.64□□□□□ -0.877e-16■■■■■ 45.7
UPF1Q92900 AC007283.1-201ENST00000434645 445 ntTSL 5 BASIC13.81□□□□□ -0.29e-13■■■■■ 45.7
UPF1Q92900 PPP2R1A-202ENST00000391791 979 ntTSL 224.21■■□□□ 1.477e-13■■■■■ 45.7
UPF1Q92900 PPP2R1A-201ENST00000322088 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.127e-13■■■■■ 45.7
UPF1Q92900 PPP2R1A-205ENST00000462990 2730 ntTSL 2 BASIC13.39□□□□□ -0.277e-13■■■■■ 45.7
UPF1Q92900 TMUB2-209ENST00000587989 1969 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC20.73■□□□□ 0.915e-8■■■■■ 45.6
UPF1Q92900 TMUB2-205ENST00000587172 1598 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.485e-8■■■■■ 45.6
UPF1Q92900 TMUB2-207ENST00000587630 1191 ntTSL 317.6■□□□□ 0.415e-8■■■■■ 45.6
UPF1Q92900 TMUB2-202ENST00000357984 1921 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.35e-8■■■■■ 45.6
UPF1Q92900 TMUB2-206ENST00000587326 1839 ntTSL 1 (best)16.56■□□□□ 0.245e-8■■■■■ 45.6
UPF1Q92900 TMUB2-204ENST00000538716 1953 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.215e-8■■■■■ 45.6
UPF1Q92900 TMUB2-214ENST00000590235 1569 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.185e-8■■■■■ 45.6
UPF1Q92900 TMUB2-212ENST00000589785 1918 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.175e-8■■■■■ 45.6
UPF1Q92900 TMUB2-211ENST00000589184 1837 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.165e-8■■■■■ 45.6
UPF1Q92900 TMUB2-201ENST00000319511 2418 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.065e-8■■■■■ 45.6
UPF1Q92900 TMUB2-215ENST00000592825 2151 ntTSL 3 BASIC13.22□□□□□ -0.295e-8■■■■■ 45.6
UPF1Q92900 TOR4A-201ENST00000357503 4148 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.282e-9■■■■■ 45.6
UPF1Q92900 FKBP9-201ENST00000242209 3462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.371e-11■■■■■ 45.6
UPF1Q92900 FKBP9-214ENST00000538336 3621 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.161e-11■■■■■ 45.6
UPF1Q92900 FKBP9-212ENST00000490776 2699 ntTSL 2 BASIC11.3□□□□□ -0.61e-11■■■■■ 45.6
UPF1Q92900 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.693e-12■■■■■ 45.4
UPF1Q92900 ZDHHC20-209ENST00000542645 5315 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.69e-10■■■■■ 45.4
UPF1Q92900 ZDHHC20-202ENST00000382466 5338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.569e-10■■■■■ 45.4
UPF1Q92900 ZDHHC20-210ENST00000626464 3343 ntTSL 55.91□□□□□ -1.469e-10■■■■■ 45.4
UPF1Q92900 PLCG1-215ENST00000608689 969 ntTSL 520.62■□□□□ 0.892e-7■■■■■ 45.4
UPF1Q92900 PLCG1-214ENST00000607954 1005 ntTSL 518.81■□□□□ 0.62e-7■■■■■ 45.4
UPF1Q92900 PLCG1-201ENST00000244007 5285 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.482e-7■■■■■ 45.4
UPF1Q92900 PLCG1-202ENST00000373271 7395 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.412e-7■■■■■ 45.4
UPF1Q92900 PLCG1-219ENST00000612731 544 ntTSL 317.57■□□□□ 0.42e-7■■■■■ 45.4
UPF1Q92900 PLCG1-217ENST00000609257 956 ntTSL 517.06■□□□□ 0.322e-7■■■■■ 45.4
UPF1Q92900 PLCG1-216ENST00000608885 865 ntTSL 511.99□□□□□ -0.492e-7■■■■■ 45.4
UPF1Q92900 PLCG1-213ENST00000599785 880 ntTSL 510.41□□□□□ -0.742e-7■■■■■ 45.4
UPF1Q92900 PLCG1-218ENST00000609821 570 ntTSL 59.85□□□□□ -0.832e-7■■■■■ 45.4
UPF1Q92900 PCSK9-201ENST00000302118 3637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.4□□□□□ -0.422e-14■■■■■ 45.4
UPF1Q92900 PCSK9-202ENST00000490692 3891 ntTSL 211.12□□□□□ -0.632e-14■■■■■ 45.4
UPF1Q92900 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC28.02■■■□□ 2.084e-13■■■■■ 45.4
UPF1Q92900 RBBP9-201ENST00000337227 3861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.85□□□□□ -0.671e-12■■■■■ 45.4
UPF1Q92900 CDK10-218ENST00000565470 724 ntTSL 326.42■■□□□ 1.827e-11■■■■■ 45.3
UPF1Q92900 CDK10-212ENST00000510811 1376 ntTSL 225.69■■□□□ 1.77e-11■■■■■ 45.3
UPF1Q92900 CDK10-208ENST00000505473 1424 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.627e-11■■■■■ 45.3
UPF1Q92900 PRKAR1B-207ENST00000430040 1006 ntTSL 323.37■■□□□ 1.337e-11■■■■■ 45.3
UPF1Q92900 PRKAR1B-205ENST00000414568 752 ntTSL 522.36■■□□□ 1.177e-11■■■■■ 45.3
UPF1Q92900 CDK10-209ENST00000505733 1703 ntTSL 222.01■■□□□ 1.117e-11■■■■■ 45.3
UPF1Q92900 CDK10-202ENST00000353379 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.057e-11■■■■■ 45.3
UPF1Q92900 PGAM5-202ENST00000454808 1084 ntTSL 3 BASIC17.59■□□□□ 0.417e-11■■■■■ 45.3
UPF1Q92900 CDK10-204ENST00000472018 2532 ntTSL 216.52■□□□□ 0.247e-11■■■■■ 45.3
UPF1Q92900 CDK10-201ENST00000331006 3344 ntTSL 2 BASIC10.85□□□□□ -0.677e-11■■■■■ 45.3
UPF1Q92900 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.082e-12■■■■■ 45.3
UPF1Q92900 SHISA5-212ENST00000465449 1739 ntTSL 224.35■■□□□ 1.492e-12■■■■■ 45.3
UPF1Q92900 SHISA5-219ENST00000612611 1677 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.112e-12■■■■■ 45.3
UPF1Q92900 SHISA5-216ENST00000494854 1908 ntTSL 1 (best)20.53■□□□□ 0.882e-12■■■■■ 45.3
UPF1Q92900 SHISA5-204ENST00000417962 2306 ntTSL 220.26■□□□□ 0.832e-12■■■■■ 45.3
UPF1Q92900 SHISA5-220ENST00000619810 2385 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.792e-12■■■■■ 45.3
UPF1Q92900 SHISA5-208ENST00000442747 2250 ntTSL 2 BASIC19.43■□□□□ 0.72e-12■■■■■ 45.3
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