Protein–RNA interactions for Protein: Q92900

UPF1, Regulator of nonsense transcripts 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,129 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF1Q92900 CD99-201ENST00000381177 756 ntTSL 211.4□□□□□ -0.584e-35■■■■■ 47.7
UPF1Q92900 ADD2-204ENST00000407644 3741 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC9.03□□□□□ -0.962e-7■■■■■ 47.7
UPF1Q92900 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.232e-12■■■■■ 47.6
UPF1Q92900 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.082e-12■■■■■ 47.6
UPF1Q92900 CD99-205ENST00000381192 1245 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.812e-12■■■■■ 47.6
UPF1Q92900 ACTR1A-207ENST00000636707 1046 ntTSL 519.04■□□□□ 0.648e-10■■■■■ 47.6
UPF1Q92900 ACTR1A-201ENST00000369905 2829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.548e-10■■■■■ 47.6
UPF1Q92900 ACTR1A-205ENST00000487599 2726 ntTSL 5 BASIC11.08□□□□□ -0.648e-10■■■■■ 47.6
UPF1Q92900 ACTR1A-202ENST00000470322 3519 ntTSL 29.35□□□□□ -0.918e-10■■■■■ 47.6
UPF1Q92900 COQ8A-206ENST00000479852 1938 ntTSL 1 (best)24.08■■□□□ 1.443e-13■■■■■ 47.6
UPF1Q92900 COQ8A-207ENST00000485462 2141 ntTSL 1 (best)19.21■□□□□ 0.673e-13■■■■■ 47.6
UPF1Q92900 COQ8A-201ENST00000366777 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.583e-13■■■■■ 47.6
UPF1Q92900 COQ8A-202ENST00000366778 2743 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.153e-13■■■■■ 47.6
UPF1Q92900 COQ8A-205ENST00000478406 3612 ntTSL 215.67■□□□□ 0.13e-13■■■■■ 47.6
UPF1Q92900 COQ8A-203ENST00000366779 5523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.06□□□□□ -0.163e-13■■■■■ 47.6
UPF1Q92900 EIF3B-210ENST00000468611 1868 ntTSL 219.07■□□□□ 0.643e-14■■■■■ 47.6
UPF1Q92900 EIF3B-202ENST00000397011 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.593e-14■■■■■ 47.6
UPF1Q92900 EIF3B-201ENST00000360876 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.383e-14■■■■■ 47.6
UPF1Q92900 EIF3B-207ENST00000465670 2766 ntTSL 213.94□□□□□ -0.183e-14■■■■■ 47.6
UPF1Q92900 EIF3B-211ENST00000475415 3745 ntTSL 210.12□□□□□ -0.793e-14■■■■■ 47.6
UPF1Q92900 SERPINH1-215ENST00000533603 2299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.258e-23■■■■■ 47.5
UPF1Q92900 SERPINH1-201ENST00000358171 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.788e-23■■■■■ 47.5
UPF1Q92900 SERPINH1-208ENST00000526638 719 ntTSL 216.45■□□□□ 0.228e-23■■■■■ 47.5
UPF1Q92900 SERPINH1-205ENST00000525876 2283 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.098e-23■■■■■ 47.5
UPF1Q92900 SERPINH1-202ENST00000524558 3391 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.03□□□□□ -0.488e-23■■■■■ 47.5
UPF1Q92900 SMC4-203ENST00000462668 4235 ntTSL 25.07□□□□□ -1.63e-11■■■■■ 47.5
UPF1Q92900 TMEM129-203ENST00000460722 1100 ntTSL 1 (best)20.16■□□□□ 0.824e-11■■■■■ 47.4
UPF1Q92900 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.264e-17■■■■■ 47.4
UPF1Q92900 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC36.53■■■■□ 3.441e-13■■■■■ 47.4
UPF1Q92900 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.64■■■■□ 3.31e-13■■■■■ 47.4
UPF1Q92900 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.11e-13■■■■■ 47.4
UPF1Q92900 MAD2L2-206ENST00000376672 1002 ntTSL 3 BASIC18.94■□□□□ 0.621e-13■■■■■ 47.4
UPF1Q92900 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.321e-9■■■■■ 47.4
UPF1Q92900 DOK1-205ENST00000464613 1807 ntTSL 220.04■□□□□ 0.81e-9■■■■■ 47.4
UPF1Q92900 DOK1-201ENST00000233668 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.721e-9■■■■■ 47.4
UPF1Q92900 DOK1-202ENST00000340004 1722 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.651e-9■■■■■ 47.4
UPF1Q92900 FITM2-201ENST00000396825 4597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.246e-7■■■■■ 47.3
UPF1Q92900 ENTPD6-203ENST00000376652 2750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.897e-14■■■■■ 47.3
UPF1Q92900 ENTPD6-209ENST00000433259 2654 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.667e-14■■■■■ 47.3
UPF1Q92900 ENTPD6-218ENST00000490187 1918 ntTSL 218.72■□□□□ 0.597e-14■■■■■ 47.3
UPF1Q92900 ENTPD6-201ENST00000354989 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.527e-14■■■■■ 47.3
UPF1Q92900 ENTPD6-202ENST00000360031 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.517e-14■■■■■ 47.3
UPF1Q92900 ENTPD6-217ENST00000485936 2588 ntTSL 215.96■□□□□ 0.157e-14■■■■■ 47.3
UPF1Q92900 ENTPD6-204ENST00000376666 2100 ntTSL 514.95□□□□□ -0.027e-14■■■■■ 47.3
UPF1Q92900 IGFBP4-201ENST00000269593 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.641e-9■■■■■ 47.3
UPF1Q92900 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.8■■■□□ 2.843e-13■■■■■ 47.2
UPF1Q92900 MYDGF-204ENST00000599761 463 ntTSL 318.59■□□□□ 0.573e-13■■■■■ 47.2
UPF1Q92900 TAOK2-201ENST00000279394 4246 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.32e-8■■■■■ 47.2
UPF1Q92900 SIX5-202ENST00000560160 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 224.53■■□□□ 1.529e-7■■■■■ 47.2
UPF1Q92900 SIX5-204ENST00000622857 1401 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.839e-7■■■■■ 47.2
UPF1Q92900 SIX5-201ENST00000317578 3318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.89e-7■■■■■ 47.2
UPF1Q92900 CEBPZOS-202ENST00000397064 568 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC13.13□□□□□ -0.315e-9■■■■■ 47.2
UPF1Q92900 CEBPZOS-201ENST00000392061 695 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.43□□□□□ -0.425e-9■■■■■ 47.2
UPF1Q92900 CEBPZOS-204ENST00000402297 3158 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC9.02□□□□□ -0.975e-9■■■■■ 47.2
UPF1Q92900 TPI1-204ENST00000474253 427 ntTSL 1 (best)16.55■□□□□ 0.242e-32■■■■■ 47.1
UPF1Q92900 CEMIP-201ENST00000220244 7226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.22e-7■■■■■ 47.1
UPF1Q92900 CEMIP-202ENST00000356249 7297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.262e-7■■■■■ 47.1
UPF1Q92900 CEMIP-203ENST00000394685 7357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.32e-7■■■■■ 47.1
UPF1Q92900 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC33.81■■■■□ 34e-14■■■■■ 47.1
UPF1Q92900 ORC5-201ENST00000297431 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 13e-11■■■■■ 47.1
UPF1Q92900 ORC5-202ENST00000422497 2043 ntTSL 219.23■□□□□ 0.673e-11■■■■■ 47.1
UPF1Q92900 MCFD2-217ENST00000493804 807 ntTSL 223.12■■□□□ 1.299e-9■■■■■ 47.1
UPF1Q92900 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.731e-7■■■■■ 47
UPF1Q92900 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.31e-7■■■■■ 47
UPF1Q92900 PNMA8A-201ENST00000313683 3689 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.388e-11■■■■■ 47
UPF1Q92900 PNMA8A-202ENST00000438932 3335 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.86□□□□□ -0.678e-11■■■■■ 47
UPF1Q92900 ADD2-203ENST00000403045 3745 ntTSL 210.28□□□□□ -0.762e-7■■■■■ 47
UPF1Q92900 ADD2-201ENST00000264436 9267 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC9.9□□□□□ -0.832e-7■■■■■ 47
UPF1Q92900 MAML1-201ENST00000292599 5723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.724e-12■■■■■ 47
UPF1Q92900 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.211e-10■■■■■ 46.9
UPF1Q92900 ERGIC1-211ENST00000523215 3621 ntTSL 1 (best)10.97□□□□□ -0.651e-10■■■■■ 46.9
UPF1Q92900 DNAJB2-210ENST00000472019 1419 ntTSL 331.92■■■□□ 2.72e-9■■■■■ 46.9
UPF1Q92900 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.46■■■□□ 2.472e-9■■■■■ 46.9
UPF1Q92900 DNAJB2-201ENST00000336576 3176 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.822e-9■■■■■ 46.9
UPF1Q92900 DNAJB2-213ENST00000477917 4487 ntTSL 217.59■□□□□ 0.412e-9■■■■■ 46.9
UPF1Q92900 IL1RN-202ENST00000354115 1747 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.662e-7■■■■■ 46.9
UPF1Q92900 IL1RN-203ENST00000361779 1922 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.392e-7■■■■■ 46.9
UPF1Q92900 IL1RN-201ENST00000259206 1810 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.212e-7■■■■■ 46.9
UPF1Q92900 IL1RN-204ENST00000409052 1903 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.082e-7■■■■■ 46.9
UPF1Q92900 TMUB1-206ENST00000488752 584 ntTSL 230.89■■■□□ 2.543e-15■■■■■ 46.9
UPF1Q92900 TMUB1-205ENST00000482202 899 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.62■■■□□ 2.333e-15■■■■■ 46.9
UPF1Q92900 TMUB1-204ENST00000476627 882 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.97■■□□□ 1.593e-15■■■■■ 46.9
UPF1Q92900 TMUB1-207ENST00000492838 550 ntTSL 515.03■□□□□ -03e-15■■■■■ 46.9
UPF1Q92900 USP5-204ENST00000537267 2522 ntTSL 515.73■□□□□ 0.112e-10■■■■■ 46.8
UPF1Q92900 USP5-201ENST00000229268 3181 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.012e-10■■■■■ 46.8
UPF1Q92900 USP5-202ENST00000389231 3083 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.522e-10■■■■■ 46.8
UPF1Q92900 FCF1-201ENST00000341162 4341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.48□□□□□ -1.218e-12■■■■■ 46.8
UPF1Q92900 FAM234A-202ENST00000301679 1936 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.156e-9■■■■■ 46.8
UPF1Q92900 FAM234A-203ENST00000399932 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.276e-9■■■■■ 46.8
UPF1Q92900 AC004754.1-201ENST00000600536 2242 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.176e-9■■■■■ 46.8
UPF1Q92900 FAM234A-201ENST00000301678 2901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.276e-9■■■■■ 46.8
UPF1Q92900 SORD-206ENST00000559562 864 ntTSL 519.43■□□□□ 0.76e-11■■■■■ 46.8
UPF1Q92900 SUN2-203ENST00000406622 2725 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.414e-7■■■■■ 46.8
UPF1Q92900 SORD-205ENST00000559230 1502 ntTSL 1 (best)16.96■□□□□ 0.316e-11■■■■■ 46.8
UPF1Q92900 SORD-203ENST00000558580 1395 ntTSL 5 BASIC14.33□□□□□ -0.126e-11■■■■■ 46.8
UPF1Q92900 DUSP6-201ENST00000279488 4400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.41□□□□□ -0.422e-12■■■■■ 46.8
UPF1Q92900 THOC5-206ENST00000418021 738 ntTSL 315.02■□□□□ -03e-15■■■■■ 46.7
UPF1Q92900 CTSD-203ENST00000429746 690 ntTSL 324.51■■□□□ 1.515e-13■■■■■ 46.7
UPF1Q92900 DMTN-209ENST00000517600 1569 ntTSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.945e-9■■■■■ 46.6
UPF1Q92900 ANK1-205ENST00000347528 8237 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.183e-8■■■■■ 46.5
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