Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

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Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC26.94■■□□□ 1.9
CHD9Q3L8U1 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
CHD9Q3L8U1 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC26.93■■□□□ 1.9
CHD9Q3L8U1 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
CHD9Q3L8U1 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC26.93■■□□□ 1.9
CHD9Q3L8U1 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC26.93■■□□□ 1.9
CHD9Q3L8U1 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.93■■□□□ 1.9
CHD9Q3L8U1 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
CHD9Q3L8U1 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
CHD9Q3L8U1 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
CHD9Q3L8U1 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
CHD9Q3L8U1 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
CHD9Q3L8U1 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
CHD9Q3L8U1 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.91■■□□□ 1.9
CHD9Q3L8U1 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC26.91■■□□□ 1.9
CHD9Q3L8U1 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
CHD9Q3L8U1 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
CHD9Q3L8U1 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC26.9■■□□□ 1.9
CHD9Q3L8U1 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
CHD9Q3L8U1 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.89
CHD9Q3L8U1 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
CHD9Q3L8U1 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC26.89■■□□□ 1.89
CHD9Q3L8U1 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
CHD9Q3L8U1 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC26.87■■□□□ 1.89
CHD9Q3L8U1 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
CHD9Q3L8U1 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
CHD9Q3L8U1 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
CHD9Q3L8U1 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
CHD9Q3L8U1 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
CHD9Q3L8U1 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
CHD9Q3L8U1 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
CHD9Q3L8U1 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC26.84■■□□□ 1.89
CHD9Q3L8U1 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
CHD9Q3L8U1 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
CHD9Q3L8U1 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
CHD9Q3L8U1 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.88
CHD9Q3L8U1 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.88
CHD9Q3L8U1 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
CHD9Q3L8U1 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
CHD9Q3L8U1 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
CHD9Q3L8U1 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
CHD9Q3L8U1 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
CHD9Q3L8U1 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
CHD9Q3L8U1 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
CHD9Q3L8U1 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
CHD9Q3L8U1 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
CHD9Q3L8U1 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
CHD9Q3L8U1 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
CHD9Q3L8U1 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
CHD9Q3L8U1 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
CHD9Q3L8U1 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
CHD9Q3L8U1 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
CHD9Q3L8U1 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC26.8■■□□□ 1.88
CHD9Q3L8U1 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
CHD9Q3L8U1 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
CHD9Q3L8U1 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CHD9Q3L8U1 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
CHD9Q3L8U1 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CHD9Q3L8U1 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC26.79■■□□□ 1.88
CHD9Q3L8U1 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CHD9Q3L8U1 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
CHD9Q3L8U1 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC26.78■■□□□ 1.88
CHD9Q3L8U1 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC26.78■■□□□ 1.88
CHD9Q3L8U1 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC26.78■■□□□ 1.88
CHD9Q3L8U1 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CHD9Q3L8U1 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CHD9Q3L8U1 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CHD9Q3L8U1 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CHD9Q3L8U1 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.88
CHD9Q3L8U1 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CHD9Q3L8U1 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CHD9Q3L8U1 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CHD9Q3L8U1 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC26.75■■□□□ 1.87
CHD9Q3L8U1 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
CHD9Q3L8U1 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
CHD9Q3L8U1 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
CHD9Q3L8U1 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
CHD9Q3L8U1 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC26.74■■□□□ 1.87
CHD9Q3L8U1 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
CHD9Q3L8U1 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
CHD9Q3L8U1 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
CHD9Q3L8U1 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
CHD9Q3L8U1 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
CHD9Q3L8U1 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
CHD9Q3L8U1 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CHD9Q3L8U1 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
CHD9Q3L8U1 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
CHD9Q3L8U1 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC26.72■■□□□ 1.87
CHD9Q3L8U1 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
CHD9Q3L8U1 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
CHD9Q3L8U1 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
CHD9Q3L8U1 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
CHD9Q3L8U1 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
CHD9Q3L8U1 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.86
CHD9Q3L8U1 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
CHD9Q3L8U1 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
CHD9Q3L8U1 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC26.69■■□□□ 1.86
CHD9Q3L8U1 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CHD9Q3L8U1 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CHD9Q3L8U1 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
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