Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
COL4A4P53420 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
COL4A4P53420 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
COL4A4P53420 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
COL4A4P53420 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC26.94■■□□□ 1.9
COL4A4P53420 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC26.94■■□□□ 1.9
COL4A4P53420 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC26.94■■□□□ 1.9
COL4A4P53420 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC26.94■■□□□ 1.9
COL4A4P53420 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
COL4A4P53420 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
COL4A4P53420 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
COL4A4P53420 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
COL4A4P53420 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
COL4A4P53420 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
COL4A4P53420 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
COL4A4P53420 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
COL4A4P53420 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC26.92■■□□□ 1.9
COL4A4P53420 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
COL4A4P53420 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
COL4A4P53420 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC26.91■■□□□ 1.9
COL4A4P53420 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
COL4A4P53420 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
COL4A4P53420 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC26.9■■□□□ 1.9
COL4A4P53420 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
COL4A4P53420 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
COL4A4P53420 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.9
COL4A4P53420 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.89
COL4A4P53420 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.89
COL4A4P53420 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
COL4A4P53420 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
COL4A4P53420 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
COL4A4P53420 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
COL4A4P53420 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC26.88■■□□□ 1.89
COL4A4P53420 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
COL4A4P53420 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
COL4A4P53420 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
COL4A4P53420 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
COL4A4P53420 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
COL4A4P53420 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC26.87■■□□□ 1.89
COL4A4P53420 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
COL4A4P53420 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
COL4A4P53420 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC26.86■■□□□ 1.89
COL4A4P53420 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC26.86■■□□□ 1.89
COL4A4P53420 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
COL4A4P53420 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC26.86■■□□□ 1.89
COL4A4P53420 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
COL4A4P53420 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL4A4P53420 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL4A4P53420 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL4A4P53420 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL4A4P53420 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL4A4P53420 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
COL4A4P53420 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
COL4A4P53420 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC26.84■■□□□ 1.89
COL4A4P53420 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC26.84■■□□□ 1.89
COL4A4P53420 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
COL4A4P53420 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC26.83■■□□□ 1.89
COL4A4P53420 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
COL4A4P53420 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
COL4A4P53420 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC26.83■■□□□ 1.89
COL4A4P53420 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
COL4A4P53420 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.88
COL4A4P53420 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.88
COL4A4P53420 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
COL4A4P53420 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
COL4A4P53420 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
COL4A4P53420 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
COL4A4P53420 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
COL4A4P53420 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
COL4A4P53420 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
COL4A4P53420 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC26.81■■□□□ 1.88
COL4A4P53420 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
COL4A4P53420 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
COL4A4P53420 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
COL4A4P53420 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
COL4A4P53420 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
COL4A4P53420 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
COL4A4P53420 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
COL4A4P53420 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
COL4A4P53420 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC26.79■■□□□ 1.88
COL4A4P53420 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC26.79■■□□□ 1.88
COL4A4P53420 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC26.79■■□□□ 1.88
COL4A4P53420 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
COL4A4P53420 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
COL4A4P53420 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
COL4A4P53420 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
COL4A4P53420 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC26.79■■□□□ 1.88
COL4A4P53420 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
COL4A4P53420 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
COL4A4P53420 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
COL4A4P53420 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC26.78■■□□□ 1.88
COL4A4P53420 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
COL4A4P53420 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC26.78■■□□□ 1.88
COL4A4P53420 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC26.78■■□□□ 1.88
COL4A4P53420 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
COL4A4P53420 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
COL4A4P53420 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
COL4A4P53420 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
COL4A4P53420 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
COL4A4P53420 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63.4 ms