Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.45■■■■■ 4.39
CUX1P39880 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42.44■■■■■ 4.38
CUX1P39880 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC42.44■■■■■ 4.38
CUX1P39880 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC42.43■■■■■ 4.38
CUX1P39880 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.43■■■■■ 4.38
CUX1P39880 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC42.42■■■■■ 4.38
CUX1P39880 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.42■■■■■ 4.38
CUX1P39880 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC42.42■■■■■ 4.38
CUX1P39880 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.42■■■■■ 4.38
CUX1P39880 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.42■■■■■ 4.38
CUX1P39880 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC42.41■■■■■ 4.38
CUX1P39880 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC42.41■■■■■ 4.38
CUX1P39880 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC42.41■■■■■ 4.38
CUX1P39880 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC42.41■■■■■ 4.38
CUX1P39880 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC42.41■■■■■ 4.38
CUX1P39880 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC42.41■■■■■ 4.38
CUX1P39880 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC42.4■■■■■ 4.38
CUX1P39880 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC42.4■■■■■ 4.38
CUX1P39880 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42.39■■■■■ 4.38
CUX1P39880 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.39■■■■■ 4.38
CUX1P39880 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.39■■■■■ 4.38
CUX1P39880 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC42.39■■■■■ 4.38
CUX1P39880 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC42.39■■■■■ 4.38
CUX1P39880 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.38■■■■■ 4.38
CUX1P39880 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42.38■■■■■ 4.37
CUX1P39880 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.38■■■■■ 4.37
CUX1P39880 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42.38■■■■■ 4.37
CUX1P39880 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC42.37■■■■■ 4.37
CUX1P39880 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC42.37■■■■■ 4.37
CUX1P39880 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.36■■■■■ 4.37
CUX1P39880 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC42.36■■■■■ 4.37
CUX1P39880 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC42.36■■■■■ 4.37
CUX1P39880 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC42.36■■■■■ 4.37
CUX1P39880 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC42.35■■■■■ 4.37
CUX1P39880 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC42.35■■■■■ 4.37
CUX1P39880 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.34■■■■■ 4.37
CUX1P39880 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC42.34■■■■■ 4.37
CUX1P39880 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC42.33■■■■■ 4.37
CUX1P39880 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC42.33■■■■■ 4.37
CUX1P39880 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC42.33■■■■■ 4.37
CUX1P39880 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC42.32■■■■■ 4.36
CUX1P39880 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC42.31■■■■■ 4.36
CUX1P39880 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC42.31■■■■■ 4.36
CUX1P39880 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC42.3■■■■■ 4.36
CUX1P39880 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC42.3■■■■■ 4.36
CUX1P39880 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC42.3■■■■■ 4.36
CUX1P39880 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC42.3■■■■■ 4.36
CUX1P39880 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC42.3■■■■■ 4.36
CUX1P39880 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.3■■■■■ 4.36
CUX1P39880 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC42.3■■■■■ 4.36
CUX1P39880 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.3■■■■■ 4.36
CUX1P39880 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC42.3■■■■■ 4.36
CUX1P39880 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC42.3■■■■■ 4.36
CUX1P39880 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC42.3■■■■■ 4.36
CUX1P39880 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC42.3■■■■■ 4.36
CUX1P39880 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC42.29■■■■■ 4.36
CUX1P39880 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.29■■■■■ 4.36
CUX1P39880 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC42.28■■■■■ 4.36
CUX1P39880 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.28■■■■■ 4.36
CUX1P39880 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.28■■■■■ 4.36
CUX1P39880 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.28■■■■■ 4.36
CUX1P39880 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.28■■■■■ 4.36
CUX1P39880 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC42.27■■■■■ 4.36
CUX1P39880 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC42.27■■■■■ 4.36
CUX1P39880 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC42.27■■■■■ 4.36
CUX1P39880 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC42.27■■■■■ 4.36
CUX1P39880 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC42.25■■■■■ 4.35
CUX1P39880 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC42.25■■■■■ 4.35
CUX1P39880 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC42.25■■■■■ 4.35
CUX1P39880 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC42.24■■■■■ 4.35
CUX1P39880 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC42.24■■■■■ 4.35
CUX1P39880 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC42.24■■■■■ 4.35
CUX1P39880 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.24■■■■■ 4.35
CUX1P39880 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC42.22■■■■■ 4.35
CUX1P39880 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC42.22■■■■■ 4.35
CUX1P39880 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC42.22■■■■■ 4.35
CUX1P39880 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC42.22■■■■■ 4.35
CUX1P39880 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC42.21■■■■■ 4.35
CUX1P39880 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC42.21■■■■■ 4.35
CUX1P39880 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC42.2■■■■■ 4.35
CUX1P39880 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC42.2■■■■■ 4.35
CUX1P39880 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC42.19■■■■■ 4.34
CUX1P39880 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC42.18■■■■■ 4.34
CUX1P39880 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC42.18■■■■■ 4.34
CUX1P39880 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.18■■■■■ 4.34
CUX1P39880 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC42.18■■■■■ 4.34
CUX1P39880 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC42.17■■■■■ 4.34
CUX1P39880 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC42.17■■■■■ 4.34
CUX1P39880 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC42.17■■■■■ 4.34
CUX1P39880 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC42.16■■■■■ 4.34
CUX1P39880 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC42.15■■■■■ 4.34
CUX1P39880 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.15■■■■■ 4.34
CUX1P39880 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC42.14■■■■■ 4.34
CUX1P39880 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC42.14■■■■■ 4.34
CUX1P39880 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.13■■■■■ 4.33
CUX1P39880 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC42.13■■■■■ 4.33
CUX1P39880 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC42.13■■■■■ 4.33
CUX1P39880 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42.13■■■■■ 4.33
CUX1P39880 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC42.12■■■■■ 4.33
CUX1P39880 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.12■■■■■ 4.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 90 ms