Protein–RNA interactions for Protein: P23763

VAMP1, Vesicle-associated membrane protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 118 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VAMP1P23763 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.67■□□□□ 0.9
VAMP1P23763 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
VAMP1P23763 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC20.67■□□□□ 0.9
VAMP1P23763 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
VAMP1P23763 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC20.67■□□□□ 0.9
VAMP1P23763 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC20.67■□□□□ 0.9
VAMP1P23763 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
VAMP1P23763 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
VAMP1P23763 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.66■□□□□ 0.9
VAMP1P23763 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.66■□□□□ 0.9
VAMP1P23763 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC20.66■□□□□ 0.9
VAMP1P23763 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
VAMP1P23763 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
VAMP1P23763 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
VAMP1P23763 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.89
VAMP1P23763 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
VAMP1P23763 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.64■□□□□ 0.89
VAMP1P23763 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
VAMP1P23763 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.89
VAMP1P23763 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
VAMP1P23763 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
VAMP1P23763 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
VAMP1P23763 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC20.63■□□□□ 0.89
VAMP1P23763 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
VAMP1P23763 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
VAMP1P23763 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
VAMP1P23763 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
VAMP1P23763 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
VAMP1P23763 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
VAMP1P23763 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
VAMP1P23763 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
VAMP1P23763 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
VAMP1P23763 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
VAMP1P23763 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
VAMP1P23763 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
VAMP1P23763 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
VAMP1P23763 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
VAMP1P23763 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
VAMP1P23763 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
VAMP1P23763 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
VAMP1P23763 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
VAMP1P23763 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
VAMP1P23763 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
VAMP1P23763 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
VAMP1P23763 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
VAMP1P23763 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
VAMP1P23763 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
VAMP1P23763 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
VAMP1P23763 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
VAMP1P23763 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
VAMP1P23763 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
VAMP1P23763 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.88
VAMP1P23763 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
VAMP1P23763 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
VAMP1P23763 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
VAMP1P23763 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
VAMP1P23763 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
VAMP1P23763 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
VAMP1P23763 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
VAMP1P23763 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
VAMP1P23763 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
VAMP1P23763 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
VAMP1P23763 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
VAMP1P23763 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
VAMP1P23763 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
VAMP1P23763 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
VAMP1P23763 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
VAMP1P23763 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
VAMP1P23763 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
VAMP1P23763 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
VAMP1P23763 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
VAMP1P23763 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
VAMP1P23763 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
VAMP1P23763 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
VAMP1P23763 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
VAMP1P23763 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC20.54■□□□□ 0.88
VAMP1P23763 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
VAMP1P23763 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
VAMP1P23763 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
VAMP1P23763 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
VAMP1P23763 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
VAMP1P23763 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC20.53■□□□□ 0.88
VAMP1P23763 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
VAMP1P23763 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
VAMP1P23763 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
VAMP1P23763 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
VAMP1P23763 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
VAMP1P23763 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
VAMP1P23763 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
VAMP1P23763 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
VAMP1P23763 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
VAMP1P23763 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
VAMP1P23763 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
VAMP1P23763 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
VAMP1P23763 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
VAMP1P23763 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
VAMP1P23763 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
VAMP1P23763 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VAMP1P23763 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VAMP1P23763 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 119 ms