Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC34.68■■■■□ 3.14
NPHP3Q7Z494 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC34.67■■■■□ 3.14
NPHP3Q7Z494 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.67■■■■□ 3.14
NPHP3Q7Z494 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC34.67■■■■□ 3.14
NPHP3Q7Z494 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC34.67■■■■□ 3.14
NPHP3Q7Z494 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.67■■■■□ 3.14
NPHP3Q7Z494 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.66■■■■□ 3.14
NPHP3Q7Z494 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC34.66■■■■□ 3.14
NPHP3Q7Z494 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC34.66■■■■□ 3.14
NPHP3Q7Z494 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC34.65■■■■□ 3.14
NPHP3Q7Z494 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC34.65■■■■□ 3.14
NPHP3Q7Z494 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC34.64■■■■□ 3.14
NPHP3Q7Z494 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.64■■■■□ 3.14
NPHP3Q7Z494 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC34.64■■■■□ 3.14
NPHP3Q7Z494 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC34.64■■■■□ 3.14
NPHP3Q7Z494 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC34.64■■■■□ 3.14
NPHP3Q7Z494 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC34.64■■■■□ 3.14
NPHP3Q7Z494 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC34.63■■■■□ 3.13
NPHP3Q7Z494 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC34.63■■■■□ 3.13
NPHP3Q7Z494 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC34.63■■■■□ 3.13
NPHP3Q7Z494 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC34.63■■■■□ 3.13
NPHP3Q7Z494 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC34.62■■■■□ 3.13
NPHP3Q7Z494 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.62■■■■□ 3.13
NPHP3Q7Z494 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC34.62■■■■□ 3.13
NPHP3Q7Z494 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.62■■■■□ 3.13
NPHP3Q7Z494 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC34.62■■■■□ 3.13
NPHP3Q7Z494 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC34.61■■■■□ 3.13
NPHP3Q7Z494 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC34.61■■■■□ 3.13
NPHP3Q7Z494 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC34.61■■■■□ 3.13
NPHP3Q7Z494 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC34.6■■■■□ 3.13
NPHP3Q7Z494 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.6■■■■□ 3.13
NPHP3Q7Z494 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.6■■■■□ 3.13
NPHP3Q7Z494 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.59■■■■□ 3.13
NPHP3Q7Z494 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC34.59■■■■□ 3.13
NPHP3Q7Z494 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.59■■■■□ 3.13
NPHP3Q7Z494 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC34.59■■■■□ 3.13
NPHP3Q7Z494 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.59■■■■□ 3.13
NPHP3Q7Z494 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC34.58■■■■□ 3.13
NPHP3Q7Z494 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.58■■■■□ 3.13
NPHP3Q7Z494 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC34.57■■■■□ 3.13
NPHP3Q7Z494 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC34.57■■■■□ 3.13
NPHP3Q7Z494 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC34.56■■■■□ 3.12
NPHP3Q7Z494 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.56■■■■□ 3.12
NPHP3Q7Z494 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.56■■■■□ 3.12
NPHP3Q7Z494 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC34.56■■■■□ 3.12
NPHP3Q7Z494 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC34.56■■■■□ 3.12
NPHP3Q7Z494 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC34.55■■■■□ 3.12
NPHP3Q7Z494 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC34.55■■■■□ 3.12
NPHP3Q7Z494 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.55■■■■□ 3.12
NPHP3Q7Z494 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.55■■■■□ 3.12
NPHP3Q7Z494 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.55■■■■□ 3.12
NPHP3Q7Z494 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC34.54■■■■□ 3.12
NPHP3Q7Z494 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC34.54■■■■□ 3.12
NPHP3Q7Z494 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.54■■■■□ 3.12
NPHP3Q7Z494 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.53■■■■□ 3.12
NPHP3Q7Z494 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC34.53■■■■□ 3.12
NPHP3Q7Z494 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.53■■■■□ 3.12
NPHP3Q7Z494 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.53■■■■□ 3.12
NPHP3Q7Z494 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.53■■■■□ 3.12
NPHP3Q7Z494 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC34.53■■■■□ 3.12
NPHP3Q7Z494 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC34.53■■■■□ 3.12
NPHP3Q7Z494 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC34.53■■■■□ 3.12
NPHP3Q7Z494 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.52■■■■□ 3.12
NPHP3Q7Z494 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC34.52■■■■□ 3.12
NPHP3Q7Z494 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.51■■■■□ 3.12
NPHP3Q7Z494 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.51■■■■□ 3.11
NPHP3Q7Z494 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC34.51■■■■□ 3.11
NPHP3Q7Z494 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC34.51■■■■□ 3.11
NPHP3Q7Z494 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.51■■■■□ 3.11
NPHP3Q7Z494 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.51■■■■□ 3.11
NPHP3Q7Z494 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC34.51■■■■□ 3.11
NPHP3Q7Z494 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.51■■■■□ 3.11
NPHP3Q7Z494 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC34.5■■■■□ 3.11
NPHP3Q7Z494 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.5■■■■□ 3.11
NPHP3Q7Z494 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC34.49■■■■□ 3.11
NPHP3Q7Z494 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC34.49■■■■□ 3.11
NPHP3Q7Z494 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC34.49■■■■□ 3.11
NPHP3Q7Z494 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC34.48■■■■□ 3.11
NPHP3Q7Z494 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC34.48■■■■□ 3.11
NPHP3Q7Z494 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.48■■■■□ 3.11
NPHP3Q7Z494 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC34.47■■■■□ 3.11
NPHP3Q7Z494 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC34.47■■■■□ 3.11
NPHP3Q7Z494 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC34.46■■■■□ 3.11
NPHP3Q7Z494 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.45■■■■□ 3.11
NPHP3Q7Z494 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC34.45■■■■□ 3.11
NPHP3Q7Z494 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.44■■■■□ 3.1
NPHP3Q7Z494 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.44■■■■□ 3.1
NPHP3Q7Z494 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC34.44■■■■□ 3.1
NPHP3Q7Z494 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.44■■■■□ 3.1
NPHP3Q7Z494 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.44■■■■□ 3.1
NPHP3Q7Z494 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC34.44■■■■□ 3.1
NPHP3Q7Z494 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.44■■■■□ 3.1
NPHP3Q7Z494 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.43■■■■□ 3.1
NPHP3Q7Z494 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC34.43■■■■□ 3.1
NPHP3Q7Z494 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.43■■■■□ 3.1
NPHP3Q7Z494 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC34.43■■■■□ 3.1
NPHP3Q7Z494 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC34.42■■■■□ 3.1
NPHP3Q7Z494 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.42■■■■□ 3.1
NPHP3Q7Z494 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.42■■■■□ 3.1
NPHP3Q7Z494 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.42■■■■□ 3.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.6 ms