Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

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Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.14■■□□□ 1.93
CHD9Q3L8U1 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC27.14■■□□□ 1.93
CHD9Q3L8U1 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
CHD9Q3L8U1 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
CHD9Q3L8U1 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
CHD9Q3L8U1 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
CHD9Q3L8U1 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
CHD9Q3L8U1 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC27.13■■□□□ 1.93
CHD9Q3L8U1 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC27.12■■□□□ 1.93
CHD9Q3L8U1 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
CHD9Q3L8U1 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC27.11■■□□□ 1.93
CHD9Q3L8U1 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
CHD9Q3L8U1 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
CHD9Q3L8U1 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC27.11■■□□□ 1.93
CHD9Q3L8U1 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC27.11■■□□□ 1.93
CHD9Q3L8U1 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
CHD9Q3L8U1 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
CHD9Q3L8U1 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
CHD9Q3L8U1 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
CHD9Q3L8U1 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
CHD9Q3L8U1 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
CHD9Q3L8U1 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
CHD9Q3L8U1 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
CHD9Q3L8U1 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
CHD9Q3L8U1 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
CHD9Q3L8U1 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC27.08■■□□□ 1.93
CHD9Q3L8U1 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
CHD9Q3L8U1 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.92
CHD9Q3L8U1 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC27.08■■□□□ 1.92
CHD9Q3L8U1 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.92
CHD9Q3L8U1 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
CHD9Q3L8U1 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC27.07■■□□□ 1.92
CHD9Q3L8U1 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
CHD9Q3L8U1 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
CHD9Q3L8U1 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.06■■□□□ 1.92
CHD9Q3L8U1 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
CHD9Q3L8U1 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC27.06■■□□□ 1.92
CHD9Q3L8U1 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
CHD9Q3L8U1 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
CHD9Q3L8U1 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
CHD9Q3L8U1 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC27.05■■□□□ 1.92
CHD9Q3L8U1 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
CHD9Q3L8U1 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
CHD9Q3L8U1 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CHD9Q3L8U1 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC27.04■■□□□ 1.92
CHD9Q3L8U1 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC27.04■■□□□ 1.92
CHD9Q3L8U1 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CHD9Q3L8U1 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.03■■□□□ 1.92
CHD9Q3L8U1 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
CHD9Q3L8U1 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
CHD9Q3L8U1 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
CHD9Q3L8U1 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
CHD9Q3L8U1 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
CHD9Q3L8U1 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CHD9Q3L8U1 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CHD9Q3L8U1 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC27.02■■□□□ 1.92
CHD9Q3L8U1 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
CHD9Q3L8U1 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC27■■□□□ 1.91
CHD9Q3L8U1 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
CHD9Q3L8U1 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
CHD9Q3L8U1 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CHD9Q3L8U1 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CHD9Q3L8U1 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
CHD9Q3L8U1 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC27■■□□□ 1.91
CHD9Q3L8U1 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC26.99■■□□□ 1.91
CHD9Q3L8U1 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
CHD9Q3L8U1 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC26.99■■□□□ 1.91
CHD9Q3L8U1 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
CHD9Q3L8U1 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC26.99■■□□□ 1.91
CHD9Q3L8U1 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
CHD9Q3L8U1 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC26.99■■□□□ 1.91
CHD9Q3L8U1 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
CHD9Q3L8U1 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
CHD9Q3L8U1 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
CHD9Q3L8U1 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
CHD9Q3L8U1 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.97■■□□□ 1.91
CHD9Q3L8U1 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
CHD9Q3L8U1 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
CHD9Q3L8U1 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
CHD9Q3L8U1 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
CHD9Q3L8U1 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.97■■□□□ 1.91
CHD9Q3L8U1 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.97■■□□□ 1.91
CHD9Q3L8U1 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC26.97■■□□□ 1.91
CHD9Q3L8U1 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
CHD9Q3L8U1 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
CHD9Q3L8U1 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
CHD9Q3L8U1 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
CHD9Q3L8U1 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC26.96■■□□□ 1.91
CHD9Q3L8U1 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC26.96■■□□□ 1.91
CHD9Q3L8U1 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
CHD9Q3L8U1 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
CHD9Q3L8U1 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC26.95■■□□□ 1.9
CHD9Q3L8U1 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
CHD9Q3L8U1 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
CHD9Q3L8U1 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC26.95■■□□□ 1.9
CHD9Q3L8U1 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
CHD9Q3L8U1 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
CHD9Q3L8U1 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
CHD9Q3L8U1 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
CHD9Q3L8U1 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC26.94■■□□□ 1.9
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