Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC42.84■■■■■ 4.45
CUX1P39880 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC42.84■■■■■ 4.45
CUX1P39880 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC42.84■■■■■ 4.45
CUX1P39880 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC42.83■■■■■ 4.45
CUX1P39880 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC42.83■■■■■ 4.45
CUX1P39880 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC42.83■■■■■ 4.45
CUX1P39880 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.83■■■■■ 4.45
CUX1P39880 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42.83■■■■■ 4.45
CUX1P39880 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC42.83■■■■■ 4.45
CUX1P39880 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC42.82■■■■■ 4.45
CUX1P39880 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.81■■■■■ 4.44
CUX1P39880 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.8■■■■■ 4.44
CUX1P39880 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC42.79■■■■■ 4.44
CUX1P39880 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.78■■■■■ 4.44
CUX1P39880 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.78■■■■■ 4.44
CUX1P39880 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC42.78■■■■■ 4.44
CUX1P39880 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC42.78■■■■■ 4.44
CUX1P39880 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC42.77■■■■■ 4.44
CUX1P39880 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC42.76■■■■■ 4.44
CUX1P39880 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC42.76■■■■■ 4.44
CUX1P39880 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC42.76■■■■■ 4.44
CUX1P39880 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC42.76■■■■■ 4.44
CUX1P39880 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC42.75■■■■■ 4.43
CUX1P39880 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.74■■■■■ 4.43
CUX1P39880 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC42.74■■■■■ 4.43
CUX1P39880 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.74■■■■■ 4.43
CUX1P39880 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC42.73■■■■■ 4.43
CUX1P39880 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC42.73■■■■■ 4.43
CUX1P39880 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.72■■■■■ 4.43
CUX1P39880 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.72■■■■■ 4.43
CUX1P39880 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC42.72■■■■■ 4.43
CUX1P39880 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC42.71■■■■■ 4.43
CUX1P39880 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC42.71■■■■■ 4.43
CUX1P39880 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC42.71■■■■■ 4.43
CUX1P39880 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC42.71■■■■■ 4.43
CUX1P39880 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC42.69■■■■■ 4.42
CUX1P39880 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.68■■■■■ 4.42
CUX1P39880 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC42.68■■■■■ 4.42
CUX1P39880 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC42.68■■■■■ 4.42
CUX1P39880 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC42.68■■■■■ 4.42
CUX1P39880 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC42.68■■■■■ 4.42
CUX1P39880 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC42.67■■■■■ 4.42
CUX1P39880 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.66■■■■■ 4.42
CUX1P39880 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC42.66■■■■■ 4.42
CUX1P39880 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC42.66■■■■■ 4.42
CUX1P39880 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC42.66■■■■■ 4.42
CUX1P39880 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC42.66■■■■■ 4.42
CUX1P39880 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC42.66■■■■■ 4.42
CUX1P39880 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC42.66■■■■■ 4.42
CUX1P39880 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC42.65■■■■■ 4.42
CUX1P39880 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC42.64■■■■■ 4.42
CUX1P39880 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC42.64■■■■■ 4.42
CUX1P39880 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC42.64■■■■■ 4.42
CUX1P39880 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC42.63■■■■■ 4.42
CUX1P39880 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC42.63■■■■■ 4.41
CUX1P39880 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC42.62■■■■■ 4.41
CUX1P39880 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.62■■■■■ 4.41
CUX1P39880 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC42.62■■■■■ 4.41
CUX1P39880 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC42.62■■■■■ 4.41
CUX1P39880 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.61■■■■■ 4.41
CUX1P39880 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.61■■■■■ 4.41
CUX1P39880 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC42.61■■■■■ 4.41
CUX1P39880 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC42.6■■■■■ 4.41
CUX1P39880 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC42.6■■■■■ 4.41
CUX1P39880 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.59■■■■■ 4.41
CUX1P39880 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.59■■■■■ 4.41
CUX1P39880 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC42.59■■■■■ 4.41
CUX1P39880 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.59■■■■■ 4.41
CUX1P39880 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC42.58■■■■■ 4.41
CUX1P39880 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC42.58■■■■■ 4.41
CUX1P39880 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC42.58■■■■■ 4.41
CUX1P39880 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC42.57■■■■■ 4.41
CUX1P39880 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC42.57■■■■■ 4.41
CUX1P39880 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC42.57■■■■■ 4.41
CUX1P39880 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC42.57■■■■■ 4.41
CUX1P39880 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.57■■■■■ 4.41
CUX1P39880 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC42.56■■■■■ 4.4
CUX1P39880 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC42.55■■■■■ 4.4
CUX1P39880 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC42.55■■■■■ 4.4
CUX1P39880 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC42.54■■■■■ 4.4
CUX1P39880 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42.54■■■■■ 4.4
CUX1P39880 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC42.54■■■■■ 4.4
CUX1P39880 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC42.54■■■■■ 4.4
CUX1P39880 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC42.53■■■■■ 4.4
CUX1P39880 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC42.52■■■■■ 4.4
CUX1P39880 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.51■■■■■ 4.4
CUX1P39880 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC42.51■■■■■ 4.4
CUX1P39880 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC42.51■■■■■ 4.39
CUX1P39880 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC42.5■■■■■ 4.39
CUX1P39880 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC42.5■■■■■ 4.39
CUX1P39880 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC42.5■■■■■ 4.39
CUX1P39880 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.49■■■■■ 4.39
CUX1P39880 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC42.49■■■■■ 4.39
CUX1P39880 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.49■■■■■ 4.39
CUX1P39880 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.47■■■■■ 4.39
CUX1P39880 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.46■■■■■ 4.39
CUX1P39880 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC42.46■■■■■ 4.39
CUX1P39880 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC42.46■■■■■ 4.39
CUX1P39880 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC42.45■■■■■ 4.39
CUX1P39880 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC42.45■■■■■ 4.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 124.9 ms