Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC30.18■■■□□ 2.42
BRPF3Q9ULD4 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC30.18■■■□□ 2.42
BRPF3Q9ULD4 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
BRPF3Q9ULD4 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
BRPF3Q9ULD4 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
BRPF3Q9ULD4 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.18■■■□□ 2.42
BRPF3Q9ULD4 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
BRPF3Q9ULD4 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.17■■■□□ 2.42
BRPF3Q9ULD4 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
BRPF3Q9ULD4 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC30.17■■■□□ 2.42
BRPF3Q9ULD4 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
BRPF3Q9ULD4 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
BRPF3Q9ULD4 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC30.16■■■□□ 2.42
BRPF3Q9ULD4 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC30.16■■■□□ 2.42
BRPF3Q9ULD4 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
BRPF3Q9ULD4 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC30.15■■■□□ 2.42
BRPF3Q9ULD4 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC30.15■■■□□ 2.42
BRPF3Q9ULD4 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
BRPF3Q9ULD4 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
BRPF3Q9ULD4 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC30.15■■■□□ 2.42
BRPF3Q9ULD4 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC30.15■■■□□ 2.42
BRPF3Q9ULD4 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
BRPF3Q9ULD4 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC30.15■■■□□ 2.42
BRPF3Q9ULD4 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC30.14■■■□□ 2.42
BRPF3Q9ULD4 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.42
BRPF3Q9ULD4 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC30.14■■■□□ 2.42
BRPF3Q9ULD4 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC30.14■■■□□ 2.42
BRPF3Q9ULD4 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC30.14■■■□□ 2.41
BRPF3Q9ULD4 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.41
BRPF3Q9ULD4 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.41
BRPF3Q9ULD4 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.41
BRPF3Q9ULD4 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC30.13■■■□□ 2.41
BRPF3Q9ULD4 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
BRPF3Q9ULD4 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC30.13■■■□□ 2.41
BRPF3Q9ULD4 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
BRPF3Q9ULD4 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC30.13■■■□□ 2.41
BRPF3Q9ULD4 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
BRPF3Q9ULD4 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
BRPF3Q9ULD4 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
BRPF3Q9ULD4 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
BRPF3Q9ULD4 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC30.12■■■□□ 2.41
BRPF3Q9ULD4 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.12■■■□□ 2.41
BRPF3Q9ULD4 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
BRPF3Q9ULD4 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.11■■■□□ 2.41
BRPF3Q9ULD4 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC30.11■■■□□ 2.41
BRPF3Q9ULD4 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
BRPF3Q9ULD4 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC30.11■■■□□ 2.41
BRPF3Q9ULD4 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC30.11■■■□□ 2.41
BRPF3Q9ULD4 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC30.11■■■□□ 2.41
BRPF3Q9ULD4 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
BRPF3Q9ULD4 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC30.11■■■□□ 2.41
BRPF3Q9ULD4 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
BRPF3Q9ULD4 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
BRPF3Q9ULD4 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
BRPF3Q9ULD4 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC30.1■■■□□ 2.41
BRPF3Q9ULD4 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.1■■■□□ 2.41
BRPF3Q9ULD4 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC30.1■■■□□ 2.41
BRPF3Q9ULD4 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
BRPF3Q9ULD4 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
BRPF3Q9ULD4 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
BRPF3Q9ULD4 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
BRPF3Q9ULD4 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.09■■■□□ 2.41
BRPF3Q9ULD4 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.09■■■□□ 2.41
BRPF3Q9ULD4 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
BRPF3Q9ULD4 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC30.08■■■□□ 2.41
BRPF3Q9ULD4 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
BRPF3Q9ULD4 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC30.08■■■□□ 2.41
BRPF3Q9ULD4 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
BRPF3Q9ULD4 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
BRPF3Q9ULD4 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
BRPF3Q9ULD4 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC30.08■■■□□ 2.41
BRPF3Q9ULD4 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
BRPF3Q9ULD4 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
BRPF3Q9ULD4 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC30.07■■■□□ 2.4
BRPF3Q9ULD4 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
BRPF3Q9ULD4 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC30.06■■■□□ 2.4
BRPF3Q9ULD4 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
BRPF3Q9ULD4 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
BRPF3Q9ULD4 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC30.05■■■□□ 2.4
BRPF3Q9ULD4 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC30.05■■■□□ 2.4
BRPF3Q9ULD4 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
BRPF3Q9ULD4 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
BRPF3Q9ULD4 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.05■■■□□ 2.4
BRPF3Q9ULD4 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
BRPF3Q9ULD4 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.04■■■□□ 2.4
BRPF3Q9ULD4 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC30.04■■■□□ 2.4
BRPF3Q9ULD4 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.04■■■□□ 2.4
BRPF3Q9ULD4 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC30.04■■■□□ 2.4
BRPF3Q9ULD4 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC30.04■■■□□ 2.4
BRPF3Q9ULD4 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.04■■■□□ 2.4
BRPF3Q9ULD4 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
BRPF3Q9ULD4 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
BRPF3Q9ULD4 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC30.03■■■□□ 2.4
BRPF3Q9ULD4 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC30.03■■■□□ 2.4
BRPF3Q9ULD4 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC30.03■■■□□ 2.4
BRPF3Q9ULD4 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
BRPF3Q9ULD4 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC30.02■■■□□ 2.4
BRPF3Q9ULD4 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC30.01■■■□□ 2.4
BRPF3Q9ULD4 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.01■■■□□ 2.39
BRPF3Q9ULD4 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC30.01■■■□□ 2.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.4 ms