Protein–RNA interactions for Protein: Q99626

CDX2, Homeobox protein CDX-2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 313 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CDX2Q99626 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
CDX2Q99626 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
CDX2Q99626 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
CDX2Q99626 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
CDX2Q99626 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
CDX2Q99626 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
CDX2Q99626 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
CDX2Q99626 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC27.24■■□□□ 1.95
CDX2Q99626 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC27.24■■□□□ 1.95
CDX2Q99626 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC27.23■■□□□ 1.95
CDX2Q99626 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
CDX2Q99626 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC27.23■■□□□ 1.95
CDX2Q99626 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
CDX2Q99626 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC27.22■■□□□ 1.95
CDX2Q99626 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
CDX2Q99626 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
CDX2Q99626 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
CDX2Q99626 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.21■■□□□ 1.95
CDX2Q99626 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
CDX2Q99626 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
CDX2Q99626 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
CDX2Q99626 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
CDX2Q99626 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.94
CDX2Q99626 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC27.2■■□□□ 1.94
CDX2Q99626 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.94
CDX2Q99626 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
CDX2Q99626 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
CDX2Q99626 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
CDX2Q99626 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
CDX2Q99626 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
CDX2Q99626 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
CDX2Q99626 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
CDX2Q99626 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
CDX2Q99626 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
CDX2Q99626 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
CDX2Q99626 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
CDX2Q99626 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
CDX2Q99626 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
CDX2Q99626 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
CDX2Q99626 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
CDX2Q99626 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC27.15■■□□□ 1.94
CDX2Q99626 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
CDX2Q99626 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
CDX2Q99626 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
CDX2Q99626 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.15■■□□□ 1.94
CDX2Q99626 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
CDX2Q99626 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC27.14■■□□□ 1.94
CDX2Q99626 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
CDX2Q99626 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
CDX2Q99626 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC27.13■■□□□ 1.93
CDX2Q99626 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
CDX2Q99626 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
CDX2Q99626 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
CDX2Q99626 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC27.12■■□□□ 1.93
CDX2Q99626 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
CDX2Q99626 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
CDX2Q99626 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
CDX2Q99626 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
CDX2Q99626 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
CDX2Q99626 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
CDX2Q99626 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
CDX2Q99626 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
CDX2Q99626 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
CDX2Q99626 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
CDX2Q99626 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
CDX2Q99626 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC27.1■■□□□ 1.93
CDX2Q99626 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC27.1■■□□□ 1.93
CDX2Q99626 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
CDX2Q99626 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
CDX2Q99626 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
CDX2Q99626 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
CDX2Q99626 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC27.08■■□□□ 1.93
CDX2Q99626 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
CDX2Q99626 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
CDX2Q99626 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
CDX2Q99626 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
CDX2Q99626 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
CDX2Q99626 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC27.08■■□□□ 1.93
CDX2Q99626 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
CDX2Q99626 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC27.06■■□□□ 1.92
CDX2Q99626 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
CDX2Q99626 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
CDX2Q99626 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
CDX2Q99626 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
CDX2Q99626 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
CDX2Q99626 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
CDX2Q99626 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
CDX2Q99626 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
CDX2Q99626 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CDX2Q99626 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
CDX2Q99626 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC27.04■■□□□ 1.92
CDX2Q99626 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC27.04■■□□□ 1.92
CDX2Q99626 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CDX2Q99626 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CDX2Q99626 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CDX2Q99626 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
CDX2Q99626 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC27.03■■□□□ 1.92
CDX2Q99626 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC27.03■■□□□ 1.92
CDX2Q99626 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CDX2Q99626 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.3 ms