Protein–RNA interactions for Protein: P29074

PTPN4, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4, humanhuman

Predictions only

Length 926 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN4P29074 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
PTPN4P29074 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
PTPN4P29074 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
PTPN4P29074 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
PTPN4P29074 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
PTPN4P29074 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
PTPN4P29074 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
PTPN4P29074 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
PTPN4P29074 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC25.01■■□□□ 1.59
PTPN4P29074 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC25.01■■□□□ 1.59
PTPN4P29074 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
PTPN4P29074 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
PTPN4P29074 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
PTPN4P29074 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
PTPN4P29074 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
PTPN4P29074 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
PTPN4P29074 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
PTPN4P29074 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
PTPN4P29074 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
PTPN4P29074 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
PTPN4P29074 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
PTPN4P29074 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
PTPN4P29074 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
PTPN4P29074 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
PTPN4P29074 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
PTPN4P29074 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
PTPN4P29074 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
PTPN4P29074 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
PTPN4P29074 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
PTPN4P29074 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
PTPN4P29074 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
PTPN4P29074 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
PTPN4P29074 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
PTPN4P29074 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
PTPN4P29074 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
PTPN4P29074 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
PTPN4P29074 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
PTPN4P29074 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC24.96■■□□□ 1.59
PTPN4P29074 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
PTPN4P29074 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.59
PTPN4P29074 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
PTPN4P29074 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
PTPN4P29074 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
PTPN4P29074 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.95■■□□□ 1.58
PTPN4P29074 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
PTPN4P29074 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
PTPN4P29074 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
PTPN4P29074 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
PTPN4P29074 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
PTPN4P29074 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
PTPN4P29074 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
PTPN4P29074 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
PTPN4P29074 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
PTPN4P29074 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
PTPN4P29074 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
PTPN4P29074 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
PTPN4P29074 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
PTPN4P29074 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
PTPN4P29074 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
PTPN4P29074 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
PTPN4P29074 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
PTPN4P29074 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
PTPN4P29074 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
PTPN4P29074 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
PTPN4P29074 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
PTPN4P29074 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
PTPN4P29074 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
PTPN4P29074 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
PTPN4P29074 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.91■■□□□ 1.58
PTPN4P29074 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
PTPN4P29074 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
PTPN4P29074 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
PTPN4P29074 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
PTPN4P29074 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
PTPN4P29074 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
PTPN4P29074 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC24.89■■□□□ 1.57
PTPN4P29074 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.57
PTPN4P29074 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC24.89■■□□□ 1.57
PTPN4P29074 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
PTPN4P29074 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
PTPN4P29074 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
PTPN4P29074 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
PTPN4P29074 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
PTPN4P29074 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
PTPN4P29074 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
PTPN4P29074 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
PTPN4P29074 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
PTPN4P29074 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
PTPN4P29074 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC24.87■■□□□ 1.57
PTPN4P29074 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
PTPN4P29074 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC24.86■■□□□ 1.57
PTPN4P29074 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
PTPN4P29074 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
PTPN4P29074 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
PTPN4P29074 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC24.85■■□□□ 1.57
PTPN4P29074 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
PTPN4P29074 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
PTPN4P29074 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
PTPN4P29074 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
PTPN4P29074 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 90.6 ms