RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000636147.1

CLN3-244, Transcript of CLN3, battenin, human

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene CLN3, Length 3,832 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-244	ENST00000636147	ZMYND15	Q9H091	742 aa		13.79	□□□□□ -0.2
CLN3-244	ENST00000636147	CFAP43	Q8NDM7	1665 aa		13.78	□□□□□ -0.2
CLN3-244	ENST00000636147	SPINK5	Q9NQ38	1064 aa	Predicted RBP	13.78	□□□□□ -0.2
CLN3-244	ENST00000636147	STK26	Q9P289	416 aa		13.78	□□□□□ -0.2
CLN3-244	ENST00000636147	EIF3A	Q14152	1382 aa	Known RBP	13.78	□□□□□ -0.2
CLN3-244	ENST00000636147	SRPK2	P78362	688 aa	Known RBP	13.78	□□□□□ -0.2
CLN3-244	ENST00000636147	TSR2	Q969E8	191 aa	Known RBP	13.78	□□□□□ -0.2
CLN3-244	ENST00000636147	R3HCC1	Q9Y3T6	440 aa	Known RBP	13.78	□□□□□ -0.2
CLN3-244	ENST00000636147	DISP3	Q9P2K9	1392 aa		13.78	□□□□□ -0.2
CLN3-244	ENST00000636147	PER1	O15534	1290 aa	Predicted RBP	13.77	□□□□□ -0.21
CLN3-244	ENST00000636147	ERBIN	Q96RT1	1412 aa		13.77	□□□□□ -0.21
CLN3-244	ENST00000636147	PLEKHH1	Q9ULM0	1364 aa		13.77	□□□□□ -0.21
CLN3-244	ENST00000636147	NASP	P49321	788 aa	Predicted RBP	13.77	□□□□□ -0.21
CLN3-244	ENST00000636147	CASC1	Q6TDU7	716 aa		13.77	□□□□□ -0.21
CLN3-244	ENST00000636147	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CLN3-244	ENST00000636147	RUNDC1	Q96C34	613 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CLN3-244	ENST00000636147	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CLN3-244	ENST00000636147	KDM2B	Q8NHM5	1336 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CLN3-244	ENST00000636147	WWC1	Q8IX03	1113 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CLN3-244	ENST00000636147	SKOR2	Q2VWA4	1001 aa	Predicted RBP	13.76	□□□□□ -0.21
CLN3-244	ENST00000636147	STAG3	Q9UJ98	1225 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CLN3-244	ENST00000636147	TNN	Q9UQP3	1299 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CLN3-244	ENST00000636147	PARD3	Q8TEW0	1356 aa		13.75	□□□□□ -0.21
CLN3-244	ENST00000636147	CARMIL2	Q6F5E8	1435 aa		13.75	□□□□□ -0.21
CLN3-244	ENST00000636147	UGGT2	Q9NYU1	1516 aa		13.75	□□□□□ -0.21
CLN3-244	ENST00000636147	MTHFS	P49914	203 aa		13.75	□□□□□ -0.21
CLN3-244	ENST00000636147	GRIN2B	Q13224	1484 aa		13.75	□□□□□ -0.21
CLN3-244	ENST00000636147	TEX14	Q8IWB6	1497 aa		13.75	□□□□□ -0.21
CLN3-244	ENST00000636147	KIF3B	O15066	747 aa		13.75	□□□□□ -0.21
CLN3-244	ENST00000636147	MCTP1	Q6DN14	999 aa		13.75	□□□□□ -0.21
CLN3-244	ENST00000636147	KIAA1211	Q6ZU35	1233 aa		13.75	□□□□□ -0.21
CLN3-244	ENST00000636147	RRP9	O43818	475 aa	Known RBP	13.74	□□□□□ -0.21
CLN3-244	ENST00000636147	CFAP70	Q5T0N1	1121 aa		13.74	□□□□□ -0.21
CLN3-244	ENST00000636147	PCDHB15	Q9Y5E8	787 aa		13.74	□□□□□ -0.21
CLN3-244	ENST00000636147	DDX19B	Q9UMR2	479 aa		13.74	□□□□□ -0.21
CLN3-244	ENST00000636147	C9orf84	Q5VXU9	1444 aa		13.74	□□□□□ -0.21
CLN3-244	ENST00000636147	TBC1D32	Q96NH3	1257 aa		13.73	□□□□□ -0.21
CLN3-244	ENST00000636147	PTMS	P20962	102 aa		13.73	□□□□□ -0.21
CLN3-244	ENST00000636147	EXOSC9	Q06265	439 aa	Known RBP	13.72	□□□□□ -0.21
CLN3-244	ENST00000636147	CAVIN1	Q6NZI2	390 aa	Known RBP	13.72	□□□□□ -0.21
CLN3-244	ENST00000636147	MPND	Q8N594	471 aa		13.72	□□□□□ -0.21
CLN3-244	ENST00000636147	RNF214	Q8ND24	703 aa		13.72	□□□□□ -0.21
CLN3-244	ENST00000636147	AMER1	Q5JTC6	1135 aa	Predicted RBP	13.72	□□□□□ -0.21
CLN3-244	ENST00000636147	RARS	P54136	660 aa	Known RBP	13.71	□□□□□ -0.21
CLN3-244	ENST00000636147	RSPH4A	Q5TD94	716 aa		13.71	□□□□□ -0.21
CLN3-244	ENST00000636147	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	13.71	□□□□□ -0.21
CLN3-244	ENST00000636147	SLC12A5	Q9H2X9	1139 aa		13.71	□□□□□ -0.21
CLN3-244	ENST00000636147	C1orf115	Q9H7X2	142 aa		13.71	□□□□□ -0.21
CLN3-244	ENST00000636147	KDM6B	O15054	1643 aa		13.71	□□□□□ -0.21
CLN3-244	ENST00000636147	HECW1	Q76N89	1606 aa		13.71	□□□□□ -0.22
CLN3-244	ENST00000636147	CLCN1	P35523	988 aa		13.7	□□□□□ -0.22
CLN3-244	ENST00000636147	TRO	Q12816	1431 aa	Predicted RBP	13.7	□□□□□ -0.22
CLN3-244	ENST00000636147	GGT6	Q6P531	493 aa		13.7	□□□□□ -0.22
CLN3-244	ENST00000636147	NGEF	Q8N5V2	710 aa		13.7	□□□□□ -0.22
CLN3-244	ENST00000636147	CHMP4B	Q9H444	224 aa	Known RBP	13.69	□□□□□ -0.22
CLN3-244	ENST00000636147	DMRT2	Q9Y5R5	561 aa		13.69	□□□□□ -0.22
CLN3-244	ENST00000636147	MVP	Q14764	893 aa	Known RBP	13.69	□□□□□ -0.22
CLN3-244	ENST00000636147	TESK2	Q96S53	571 aa		13.69	□□□□□ -0.22
CLN3-244	ENST00000636147	NKTR	P30414	1462 aa	Known RBP	13.69	□□□□□ -0.22
CLN3-244	ENST00000636147	RLBP1	P12271	317 aa		13.68	□□□□□ -0.22
CLN3-244	ENST00000636147	RIPK4	P57078	832 aa		13.68	□□□□□ -0.22
CLN3-244	ENST00000636147	EFCAB2	Q5VUJ9	269 aa		13.68	□□□□□ -0.22
CLN3-244	ENST00000636147	KIAA2012	Q0VF49	1180 aa		13.68	□□□□□ -0.22
CLN3-244	ENST00000636147	PDZRN4	Q6ZMN7	1036 aa	Predicted RBP	13.68	□□□□□ -0.22
CLN3-244	ENST00000636147	TNPO1	Q92973	898 aa	Known RBP	13.68	□□□□□ -0.22
CLN3-244	ENST00000636147	CAMSAP2	Q08AD1	1489 aa		13.67	□□□□□ -0.22
CLN3-244	ENST00000636147	TMEM132E	Q6IEE7	984 aa		13.67	□□□□□ -0.22
CLN3-244	ENST00000636147	NOB1	Q9ULX3	412 aa	Known RBP	13.67	□□□□□ -0.22
CLN3-244	ENST00000636147	RALGAPB	Q86X10	1494 aa		13.67	□□□□□ -0.22
CLN3-244	ENST00000636147	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		13.66	□□□□□ -0.22
CLN3-244	ENST00000636147	TPM2	P07951	284 aa		13.66	□□□□□ -0.22
CLN3-244	ENST00000636147	SPAG9	O60271	1321 aa	Known RBP	13.66	□□□□□ -0.22
CLN3-244	ENST00000636147	SOX12	O15370	315 aa		13.66	□□□□□ -0.22
CLN3-244	ENST00000636147	PRPF40A	O75400	957 aa	Known RBP	13.65	□□□□□ -0.22
CLN3-244	ENST00000636147	KANK1	Q14678	1352 aa		13.65	□□□□□ -0.22
CLN3-244	ENST00000636147	PZP	P20742	1482 aa		13.65	□□□□□ -0.22
CLN3-244	ENST00000636147	GGNBP2	Q9H3C7	697 aa		13.65	□□□□□ -0.22
CLN3-244	ENST00000636147	TCOF1	Q13428	1488 aa	Known RBP	13.65	□□□□□ -0.22
CLN3-244	ENST00000636147	KDM5B	Q9UGL1	1544 aa		13.65	□□□□□ -0.22
CLN3-244	ENST00000636147	ST18	O60284	1047 aa		13.65	□□□□□ -0.22
CLN3-244	ENST00000636147		A0A0U1RQG5	324 aa	Predicted RBP	13.64	□□□□□ -0.23
CLN3-244	ENST00000636147	CCDC173	Q0VFZ6	552 aa		13.64	□□□□□ -0.23
CLN3-244	ENST00000636147	AAMP	Q13685	434 aa		13.64	□□□□□ -0.23
CLN3-244	ENST00000636147	PLEKHH2	Q8IVE3	1493 aa		13.63	□□□□□ -0.23
CLN3-244	ENST00000636147	SSFA2	P28290	1259 aa		13.63	□□□□□ -0.23
CLN3-244	ENST00000636147	SUGP2	Q8IX01	1082 aa	Known RBP eCLIP	13.63	□□□□□ -0.23
CLN3-244	ENST00000636147	MAGI3	Q5TCQ9	1506 aa		13.63	□□□□□ -0.23
CLN3-244	ENST00000636147	DENND4B	O75064	1496 aa	Predicted RBP	13.63	□□□□□ -0.23
CLN3-244	ENST00000636147	TMEM57	Q8N5G2	664 aa		13.63	□□□□□ -0.23
CLN3-244	ENST00000636147	ATF7IP	Q6VMQ6	1270 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CLN3-244	ENST00000636147	ZSCAN30	Q86W11	494 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CLN3-244	ENST00000636147	PODXL2	Q9NZ53	605 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CLN3-244	ENST00000636147	XPC	Q01831	940 aa	Predicted RBP	13.62	□□□□□ -0.23
CLN3-244	ENST00000636147	CHAF1A	Q13111	956 aa	Predicted RBP	13.62	□□□□□ -0.23
CLN3-244	ENST00000636147	SLC4A10	Q6U841	1118 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CLN3-244	ENST00000636147		K7ELQ4	463 aa	Predicted RBP	13.61	□□□□□ -0.23
CLN3-244	ENST00000636147	SSH1	Q8WYL5	1049 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CLN3-244	ENST00000636147	PLB1	Q6P1J6	1458 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CLN3-244	ENST00000636147	CUL7	Q14999	1698 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CLN3-244	ENST00000636147	TRIM6-TRIM34	B2RNG4	842 aa		13.61	□□□□□ -0.23

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