RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000413409.6

PTPRC-206, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type C, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRC, Length 1,338 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRC-206ENST00000413409 POLR1AO95602 1720 aaPredicted RBP26.25■■□□□ 1.79
PTPRC-206ENST00000413409 FBXO31Q5XUX0 539 aaPredicted RBP26.24■■□□□ 1.79
PTPRC-206ENST00000413409 INO80Q9ULG1 1556 aaPredicted RBP26.24■■□□□ 1.79
PTPRC-206ENST00000413409 GPATCH8Q9UKJ3 1502 aaKnown RBP26.23■■□□□ 1.79
PTPRC-206ENST00000413409 CCDC18Q5T9S5 1454 aa26.19■■□□□ 1.78
PTPRC-206ENST00000413409 CASKIN1Q8WXD9 1431 aa26.19■■□□□ 1.78
PTPRC-206ENST00000413409 KIAA1107Q9UPP5 1409 aa26.19■■□□□ 1.78
PTPRC-206ENST00000413409 TNRQ92752 1358 aa26.19■■□□□ 1.78
PTPRC-206ENST00000413409 DROSHAQ9NRR4 1374 aaKnown RBP eCLIP26.19■■□□□ 1.78
PTPRC-206ENST00000413409 ANKLE2Q86XL3 938 aa26.18■■□□□ 1.78
PTPRC-206ENST00000413409 PPARGC1BQ86YN6 1023 aaKnown RBP26.16■■□□□ 1.78
PTPRC-206ENST00000413409 NPHP4O75161 1426 aaPredicted RBP26.14■■□□□ 1.77
PTPRC-206ENST00000413409 MED14O60244 1454 aa26.13■■□□□ 1.77
PTPRC-206ENST00000413409 LRRC7Q96NW7 1537 aa26.12■■□□□ 1.77
PTPRC-206ENST00000413409 CFDP1Q9UEE9 299 aaPredicted RBP26.12■■□□□ 1.77
PTPRC-206ENST00000413409 STRCP1A6NGW2 1772 aa26.11■■□□□ 1.77
PTPRC-206ENST00000413409 PLEKHH2Q8IVE3 1493 aa26.1■■□□□ 1.77
PTPRC-206ENST00000413409 ADGBQ8N7X0 1667 aa26.1■■□□□ 1.77
PTPRC-206ENST00000413409 THEMISQ8N1K5 641 aaPredicted RBP26.1■■□□□ 1.77
PTPRC-206ENST00000413409 POTEAQ6S8J7 498 aa26.09■■□□□ 1.77
PTPRC-206ENST00000413409 PZPP20742 1482 aa26.08■■□□□ 1.76
PTPRC-206ENST00000413409 ZNF644Q9H582 1327 aaPredicted RBP26.07■■□□□ 1.76
PTPRC-206ENST00000413409 DEPDC5O75140 1603 aa26.06■■□□□ 1.76
PTPRC-206ENST00000413409 DHX29Q7Z478 1369 aaKnown RBP26.05■■□□□ 1.76
PTPRC-206ENST00000413409 MIA2Q96PC5 1412 aa26.05■■□□□ 1.76
PTPRC-206ENST00000413409 APLP2Q06481 763 aa26.05■■□□□ 1.76
PTPRC-206ENST00000413409 RNF17Q9BXT8 1623 aaKnown RBP26.03■■□□□ 1.76
PTPRC-206ENST00000413409 UGGT1Q9NYU2 1555 aa26.03■■□□□ 1.76
PTPRC-206ENST00000413409 KIF3BO15066 747 aa26.02■■□□□ 1.76
PTPRC-206ENST00000413409 IQGAP1P46940 1657 aa26.02■■□□□ 1.76
PTPRC-206ENST00000413409 MAP3K1Q13233 1512 aa26.01■■□□□ 1.75
PTPRC-206ENST00000413409 CCNB3Q8WWL7 1395 aa26.01■■□□□ 1.75
PTPRC-206ENST00000413409 NLRP1Q9C000 1473 aa26■■□□□ 1.75
PTPRC-206ENST00000413409 MBD5Q9P267 1494 aa26■■□□□ 1.75
PTPRC-206ENST00000413409 FAM135AQ9P2D6 1515 aa25.99■■□□□ 1.75
PTPRC-206ENST00000413409 KDM5DQ9BY66 1539 aa25.99■■□□□ 1.75
PTPRC-206ENST00000413409 FYCO1Q9BQS8 1478 aa25.99■■□□□ 1.75
PTPRC-206ENST00000413409 RTEL1-TNFRSF6BF6WH68 1400 aa25.98■■□□□ 1.75
PTPRC-206ENST00000413409 WASHC2CQ9Y4E1 1318 aa25.97■■□□□ 1.75
PTPRC-206ENST00000413409 ZEB1P37275 1124 aaPredicted RBP25.97■■□□□ 1.75
PTPRC-206ENST00000413409 SYNMO15061 1565 aa25.96■■□□□ 1.75
PTPRC-206ENST00000413409 TIAM1Q13009 1591 aa25.89■■□□□ 1.74
PTPRC-206ENST00000413409 ZC3H13Q5T200 1668 aaKnown RBP25.89■■□□□ 1.73
PTPRC-206ENST00000413409 XIRP1Q702N8 1843 aaKnown RBP25.87■■□□□ 1.73
PTPRC-206ENST00000413409 FAM135BQ49AJ0 1406 aa25.86■■□□□ 1.73
PTPRC-206ENST00000413409 SETD1AO15047 1707 aaKnown RBP25.85■■□□□ 1.73
PTPRC-206ENST00000413409 MTUS2Q5JR59 1369 aa25.82■■□□□ 1.72
PTPRC-206ENST00000413409 LTKP29376 864 aa25.82■■□□□ 1.72
PTPRC-206ENST00000413409 SCAF11Q99590 1463 aaKnown RBP25.78■■□□□ 1.72
PTPRC-206ENST00000413409 NCOA2Q15596 1464 aa25.77■■□□□ 1.72
PTPRC-206ENST00000413409 ERVK-7P63135 1459 aa25.76■■□□□ 1.71
PTPRC-206ENST00000413409 CCDC141Q6ZP82 1450 aa25.76■■□□□ 1.71
PTPRC-206ENST00000413409 RRBP1Q9P2E9 1410 aaKnown RBP25.75■■□□□ 1.71
PTPRC-206ENST00000413409 ABCC3O15438 1527 aa25.74■■□□□ 1.71
PTPRC-206ENST00000413409 TXNDC2Q86VQ3 553 aa25.74■■□□□ 1.71
PTPRC-206ENST00000413409 UBR1Q8IWV7 1749 aa25.74■■□□□ 1.71
PTPRC-206ENST00000413409 UPF1Q92900 1129 aaKnown RBP eCLIP25.72■■□□□ 1.71
PTPRC-206ENST00000413409 LRRC9Q6ZRR7 1453 aa25.72■■□□□ 1.71
PTPRC-206ENST00000413409 ARHGAP23Q9P227 1491 aa25.72■■□□□ 1.71
PTPRC-206ENST00000413409 TMEM94Q12767 1356 aa25.72■■□□□ 1.71
PTPRC-206ENST00000413409 KANK4Q5T7N3 995 aaPredicted RBP25.71■■□□□ 1.71
PTPRC-206ENST00000413409 ROBO1Q9Y6N7 1651 aa25.71■■□□□ 1.71
PTPRC-206ENST00000413409 SLIT1O75093 1534 aa25.69■■□□□ 1.7
PTPRC-206ENST00000413409 RBM33Q96EV2 1170 aaKnown RBP25.68■■□□□ 1.7
PTPRC-206ENST00000413409 CAMSAP2Q08AD1 1489 aa25.68■■□□□ 1.7
PTPRC-206ENST00000413409 RSPH4AQ5TD94 716 aa25.67■■□□□ 1.7
PTPRC-206ENST00000413409 CFAP65Q6ZU64 1925 aaKnown RBP25.65■■□□□ 1.7
PTPRC-206ENST00000413409 EHBP1L1Q8N3D4 1523 aa25.64■■□□□ 1.7
PTPRC-206ENST00000413409 SRCAPQ6ZRS2 3230 aa25.64■■□□□ 1.69
PTPRC-206ENST00000413409 MROH1Q8NDA8 1641 aa25.62■■□□□ 1.69
PTPRC-206ENST00000413409 KCNA6P17658 529 aa25.61■■□□□ 1.69
PTPRC-206ENST00000413409 EID1Q9Y6B2 187 aa25.61■■□□□ 1.69
PTPRC-206ENST00000413409 TSPY4P0CV99 314 aa25.6■■□□□ 1.69
PTPRC-206ENST00000413409 TSPY10P0CW01 314 aa25.6■■□□□ 1.69
PTPRC-206ENST00000413409 PROSER2Q86WR7 435 aaPredicted RBP25.6■■□□□ 1.69
PTPRC-206ENST00000413409 JCADQ9P266 1359 aa25.59■■□□□ 1.69
PTPRC-206ENST00000413409 ARHGEF5Q12774 1597 aa25.58■■□□□ 1.69
PTPRC-206ENST00000413409 CCER1Q8TC90 406 aaPredicted RBP25.57■■□□□ 1.68
PTPRC-206ENST00000413409 TRIM52Q96A61 297 aa25.57■■□□□ 1.68
PTPRC-206ENST00000413409 TMEM2Q9UHN6 1383 aa25.56■■□□□ 1.68
PTPRC-206ENST00000413409 CEP152O94986 1710 aa25.56■■□□□ 1.68
PTPRC-206ENST00000413409 SLC26A8Q96RN1 970 aa25.55■■□□□ 1.68
PTPRC-206ENST00000413409 SLAIN2Q9P270 581 aa25.55■■□□□ 1.68
PTPRC-206ENST00000413409 LRP6O75581 1613 aa25.54■■□□□ 1.68
PTPRC-206ENST00000413409 PHLPP1O60346 1717 aa25.54■■□□□ 1.68
PTPRC-206ENST00000413409 PRDM15P57071 1507 aaPredicted RBP25.52■■□□□ 1.68
PTPRC-206ENST00000413409 TET3O43151 1660 aa25.51■■□□□ 1.67
PTPRC-206ENST00000413409 PIK3C2BO00750 1634 aa25.5■■□□□ 1.67
PTPRC-206ENST00000413409 EIF2AK4Q9P2K8 1649 aaKnown RBP25.5■■□□□ 1.67
PTPRC-206ENST00000413409 ARHGAP31Q2M1Z3 1444 aa25.48■■□□□ 1.67
PTPRC-206ENST00000413409 COL16A1Q07092 1604 aaPredicted RBP25.48■■□□□ 1.67
PTPRC-206ENST00000413409 ZNF772Q68DY9 489 aaPredicted RBP25.48■■□□□ 1.67
PTPRC-206ENST00000413409 MAST1Q9Y2H9 1570 aa25.47■■□□□ 1.67
PTPRC-206ENST00000413409 MSH6P52701 1360 aa25.47■■□□□ 1.67
PTPRC-206ENST00000413409 NKTRP30414 1462 aaKnown RBP25.44■■□□□ 1.66
PTPRC-206ENST00000413409 SPATA31A6Q5VVP1 1343 aa25.44■■□□□ 1.66
PTPRC-206ENST00000413409 NWD1Q149M9 1564 aa25.43■■□□□ 1.66
PTPRC-206ENST00000413409 IDI1Q13907 227 aa25.43■■□□□ 1.66
PTPRC-206ENST00000413409 MEX3CQ5U5Q3 659 aaKnown RBP25.43■■□□□ 1.66
PTPRC-206ENST00000413409 STAG3Q9UJ98 1225 aa25.43■■□□□ 1.66
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 47 ms