RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000631023.2

CLN3-240, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 5 BASIC

Gene CLN3, Length 1,586 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-240	ENST00000631023	DENND4B	O75064	1496 aa	Predicted RBP	32.63	■■■□□ 2.81
CLN3-240	ENST00000631023	MAP3K1	Q13233	1512 aa		32.62	■■■□□ 2.81
CLN3-240	ENST00000631023	ADGRL1	O94910	1474 aa		32.61	■■■□□ 2.81
CLN3-240	ENST00000631023	APLP2	Q06481	763 aa		32.61	■■■□□ 2.81
CLN3-240	ENST00000631023	RICTOR	Q6R327	1708 aa		32.59	■■■□□ 2.81
CLN3-240	ENST00000631023	CCNB3	Q8WWL7	1395 aa		32.58	■■■□□ 2.81
CLN3-240	ENST00000631023	SUPT6H	Q7KZ85	1726 aa	Known RBP	32.57	■■■□□ 2.81
CLN3-240	ENST00000631023	SCAPER	Q9BY12	1400 aa		32.57	■■■□□ 2.8
CLN3-240	ENST00000631023	GPATCH8	Q9UKJ3	1502 aa	Known RBP	32.55	■■■□□ 2.8
CLN3-240	ENST00000631023	FRMPD1	Q5SYB0	1578 aa		32.55	■■■□□ 2.8
CLN3-240	ENST00000631023	LRRC9	Q6ZRR7	1453 aa		32.54	■■■□□ 2.8
CLN3-240	ENST00000631023	CFDP1	Q9UEE9	299 aa	Predicted RBP	32.5	■■■□□ 2.79
CLN3-240	ENST00000631023	ITSN2	Q9NZM3	1697 aa		32.5	■■■□□ 2.79
CLN3-240	ENST00000631023	POGZ	Q7Z3K3	1410 aa		32.48	■■■□□ 2.79
CLN3-240	ENST00000631023	NCOA2	Q15596	1464 aa		32.48	■■■□□ 2.79
CLN3-240	ENST00000631023	ZNF777	Q9ULD5	760 aa	Predicted RBP	32.47	■■■□□ 2.79
CLN3-240	ENST00000631023	KANK4	Q5T7N3	995 aa	Predicted RBP	32.45	■■■□□ 2.79
CLN3-240	ENST00000631023	ZMYM4	Q5VZL5	1548 aa		32.44	■■■□□ 2.78
CLN3-240	ENST00000631023	ABCC1	P33527	1531 aa		32.43	■■■□□ 2.78
CLN3-240	ENST00000631023	ZNF518A	Q6AHZ1	1483 aa		32.43	■■■□□ 2.78
CLN3-240	ENST00000631023	SAMD9L	Q8IVG5	1584 aa		32.41	■■■□□ 2.78
CLN3-240	ENST00000631023	MAGI2	Q86UL8	1455 aa		32.41	■■■□□ 2.78
CLN3-240	ENST00000631023	PLEKHH2	Q8IVE3	1493 aa		32.38	■■■□□ 2.77
CLN3-240	ENST00000631023	AFAP1	Q8N556	730 aa		32.37	■■■□□ 2.77
CLN3-240	ENST00000631023	ARHGEF40	Q8TER5	1519 aa		32.35	■■■□□ 2.77
CLN3-240	ENST00000631023	ARHGEF12	Q9NZN5	1544 aa		32.35	■■■□□ 2.77
CLN3-240	ENST00000631023	ZFYVE16	Q7Z3T8	1539 aa		32.35	■■■□□ 2.77
CLN3-240	ENST00000631023	KDM5C	P41229	1560 aa		32.34	■■■□□ 2.77
CLN3-240	ENST00000631023	KIAA1107	Q9UPP5	1409 aa		32.34	■■■□□ 2.77
CLN3-240	ENST00000631023	TRAPPC8	Q9Y2L5	1435 aa		32.32	■■■□□ 2.76
CLN3-240	ENST00000631023	SYCP2	Q9BX26	1530 aa		32.32	■■■□□ 2.76
CLN3-240	ENST00000631023	HNRNPM	P52272	730 aa	Known RBP eCLIP	32.31	■■■□□ 2.76
CLN3-240	ENST00000631023	MYT1L	Q9UL68	1186 aa		32.31	■■■□□ 2.76
CLN3-240	ENST00000631023	AEBP2	Q6ZN18	517 aa	Predicted RBP	32.28	■■■□□ 2.76
CLN3-240	ENST00000631023	YEATS2	Q9ULM3	1422 aa		32.28	■■■□□ 2.76
CLN3-240	ENST00000631023	HECW2	Q9P2P5	1572 aa		32.27	■■■□□ 2.76
CLN3-240	ENST00000631023	ZNF644	Q9H582	1327 aa	Predicted RBP	32.27	■■■□□ 2.76
CLN3-240	ENST00000631023	KDM4F	A0A1W2PPD8	638 aa		32.27	■■■□□ 2.76
CLN3-240	ENST00000631023	MLH3	Q9UHC1	1453 aa		32.25	■■■□□ 2.75
CLN3-240	ENST00000631023	ARID4B	Q4LE39	1312 aa	Predicted RBP	32.23	■■■□□ 2.75
CLN3-240	ENST00000631023	MYOM3	Q5VTT5	1437 aa		32.23	■■■□□ 2.75
CLN3-240	ENST00000631023	ATP10A	O60312	1499 aa		32.22	■■■□□ 2.75
CLN3-240	ENST00000631023	CAMSAP2	Q08AD1	1489 aa		32.2	■■■□□ 2.75
CLN3-240	ENST00000631023	MIA2	Q96PC5	1412 aa		32.2	■■■□□ 2.74
CLN3-240	ENST00000631023	SPAG9	O60271	1321 aa	Known RBP	32.19	■■■□□ 2.74
CLN3-240	ENST00000631023	KIDINS220	Q9ULH0	1771 aa		32.18	■■■□□ 2.74
CLN3-240	ENST00000631023	RSPH4A	Q5TD94	716 aa		32.17	■■■□□ 2.74
CLN3-240	ENST00000631023	MBD5	Q9P267	1494 aa		32.17	■■■□□ 2.74
CLN3-240	ENST00000631023	C9orf84	Q5VXU9	1444 aa		32.16	■■■□□ 2.74
CLN3-240	ENST00000631023	DIP2C	Q9Y2E4	1556 aa		32.14	■■■□□ 2.74
CLN3-240	ENST00000631023	ABCA6	Q8N139	1617 aa		32.13	■■■□□ 2.73
CLN3-240	ENST00000631023	BCORL1	Q5H9F3	1711 aa		32.12	■■■□□ 2.73
CLN3-240	ENST00000631023	ATP7A	Q04656	1500 aa		32.1	■■■□□ 2.73
CLN3-240	ENST00000631023	CCDC141	Q6ZP82	1450 aa		32.1	■■■□□ 2.73
CLN3-240	ENST00000631023	SIGLEC1	Q9BZZ2	1709 aa		32.09	■■■□□ 2.73
CLN3-240	ENST00000631023	ARHGEF5	Q12774	1597 aa		32.08	■■■□□ 2.73
CLN3-240	ENST00000631023	INO80	Q9ULG1	1556 aa	Predicted RBP	32.08	■■■□□ 2.73
CLN3-240	ENST00000631023	RERE	Q9P2R6	1566 aa		32.07	■■■□□ 2.72
CLN3-240	ENST00000631023	ADAMTSL3	P82987	1691 aa		32.07	■■■□□ 2.72
CLN3-240	ENST00000631023	PTPN23	Q9H3S7	1636 aa		32.05	■■■□□ 2.72
CLN3-240	ENST00000631023	TSPY4	P0CV99	314 aa		32.04	■■■□□ 2.72
CLN3-240	ENST00000631023	TSPY10	P0CW01	314 aa		32.04	■■■□□ 2.72
CLN3-240	ENST00000631023	RTEL1-TNFRSF6B	F6WH68	1400 aa		32.04	■■■□□ 2.72
CLN3-240	ENST00000631023	FGD6	Q6ZV73	1430 aa		32.04	■■■□□ 2.72
CLN3-240	ENST00000631023	ADGB	Q8N7X0	1667 aa		31.99	■■■□□ 2.71
CLN3-240	ENST00000631023	MLEC	Q14165	292 aa		31.98	■■■□□ 2.71
CLN3-240	ENST00000631023	AGL	P35573	1532 aa		31.97	■■■□□ 2.71
CLN3-240	ENST00000631023	MADD	Q8WXG6	1647 aa		31.96	■■■□□ 2.71
CLN3-240	ENST00000631023	TCOF1	Q13428	1488 aa	Known RBP	31.95	■■■□□ 2.71
CLN3-240	ENST00000631023	PPARGC1B	Q86YN6	1023 aa	Known RBP	31.94	■■■□□ 2.7
CLN3-240	ENST00000631023	A2M	P01023	1474 aa		31.94	■■■□□ 2.7
CLN3-240	ENST00000631023	FER1L4	A9Z1Z3	1794 aa		31.92	■■■□□ 2.7
CLN3-240	ENST00000631023	MAST1	Q9Y2H9	1570 aa		31.91	■■■□□ 2.7
CLN3-240	ENST00000631023	RIMS1	Q86UR5	1692 aa	Known RBP	31.9	■■■□□ 2.7
CLN3-240	ENST00000631023	PLXNC1	O60486	1568 aa		31.88	■■■□□ 2.69
CLN3-240	ENST00000631023	PTPRM	P28827	1452 aa		31.87	■■■□□ 2.69
CLN3-240	ENST00000631023	DNMT1	P26358	1616 aa	Known RBP	31.87	■■■□□ 2.69
CLN3-240	ENST00000631023	FAM50A	Q14320	339 aa	Known RBP	31.86	■■■□□ 2.69
CLN3-240	ENST00000631023	CROCC2	H7BZ55	1655 aa		31.86	■■■□□ 2.69
CLN3-240	ENST00000631023	ABCC5	O15440	1437 aa		31.85	■■■□□ 2.69
CLN3-240	ENST00000631023	DHX29	Q7Z478	1369 aa	Known RBP	31.84	■■■□□ 2.69
CLN3-240	ENST00000631023	DAPK1	P53355	1430 aa		31.83	■■■□□ 2.69
CLN3-240	ENST00000631023	SHANK2	Q9UPX8	1470 aa		31.82	■■■□□ 2.68
CLN3-240	ENST00000631023	ESF1	Q9H501	851 aa	Known RBP	31.81	■■■□□ 2.68
CLN3-240	ENST00000631023	GGT6	Q6P531	493 aa		31.74	■■■□□ 2.67
CLN3-240	ENST00000631023	KIF3B	O15066	747 aa		31.73	■■■□□ 2.67
CLN3-240	ENST00000631023	CNTLN	Q9NXG0	1405 aa		31.71	■■■□□ 2.67
CLN3-240	ENST00000631023	PPP6R1	Q9UPN7	881 aa		31.71	■■■□□ 2.67
CLN3-240	ENST00000631023	PLPPR3	Q6T4P5	718 aa		31.7	■■■□□ 2.67
CLN3-240	ENST00000631023	CHIC2	Q9UKJ5	165 aa		31.7	■■■□□ 2.67
CLN3-240	ENST00000631023	DUOX2	Q9NRD8	1548 aa		31.7	■■■□□ 2.66
CLN3-240	ENST00000631023	ANKRD30A	Q9BXX3	1397 aa		31.69	■■■□□ 2.66
CLN3-240	ENST00000631023	RRP7BP	Q9NSQ0	103 aa		31.68	■■■□□ 2.66
CLN3-240	ENST00000631023	DROSHA	Q9NRR4	1374 aa	Known RBP eCLIP	31.68	■■■□□ 2.66
CLN3-240	ENST00000631023	KIF15	Q9NS87	1388 aa		31.68	■■■□□ 2.66
CLN3-240	ENST00000631023	EIF2AK4	Q9P2K8	1649 aa	Known RBP	31.66	■■■□□ 2.66
CLN3-240	ENST00000631023	SETD1B	Q9UPS6	1966 aa	Known RBP	31.65	■■■□□ 2.66
CLN3-240	ENST00000631023	MROH2A	A6NES4	1674 aa		31.64	■■■□□ 2.66
CLN3-240	ENST00000631023	NCOA1	Q15788	1441 aa		31.63	■■■□□ 2.65
CLN3-240	ENST00000631023	C3	P01024	1663 aa		31.63	■■■□□ 2.65

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 926.2 ms