RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000449058.6

TOM1-210, Transcript of target of myb1 membrane trafficking protein, human

APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC

Gene TOM1, Length 2,389 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TOM1-210	ENST00000449058	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		25.03	■■□□□ 1.6
TOM1-210	ENST00000449058	LRRC9	Q6ZRR7	1453 aa		25.02	■■□□□ 1.6
TOM1-210	ENST00000449058	WDR97	A6NE52	1622 aa		25.02	■■□□□ 1.6
TOM1-210	ENST00000449058	CENPB	P07199	599 aa	Predicted RBP	25	■■□□□ 1.59
TOM1-210	ENST00000449058	PCF11	O94913	1555 aa	Known RBP	24.99	■■□□□ 1.59
TOM1-210	ENST00000449058	CTTNBP2	Q8WZ74	1663 aa		24.98	■■□□□ 1.59
TOM1-210	ENST00000449058	EFCAB5	A4FU69	1503 aa		24.98	■■□□□ 1.59
TOM1-210	ENST00000449058	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	24.96	■■□□□ 1.59
TOM1-210	ENST00000449058	FYCO1	Q9BQS8	1478 aa		24.9	■■□□□ 1.58
TOM1-210	ENST00000449058	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	24.9	■■□□□ 1.58	3e-6	■■■□□ 15.4
TOM1-210	ENST00000449058	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		24.89	■■□□□ 1.58
TOM1-210	ENST00000449058	PHLDB1	Q86UU1	1377 aa		24.89	■■□□□ 1.57
TOM1-210	ENST00000449058	FHOD3	Q2V2M9	1422 aa		24.88	■■□□□ 1.57
TOM1-210	ENST00000449058	MIER1	Q8N108	512 aa		24.86	■■□□□ 1.57
TOM1-210	ENST00000449058	CASKIN1	Q8WXD9	1431 aa		24.86	■■□□□ 1.57
TOM1-210	ENST00000449058	RAB3GAP2	Q9H2M9	1393 aa		24.84	■■□□□ 1.57
TOM1-210	ENST00000449058	P3H3	Q8IVL6	736 aa		24.84	■■□□□ 1.57
TOM1-210	ENST00000449058	ITGAE	P38570	1179 aa		24.82	■■□□□ 1.56
TOM1-210	ENST00000449058	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		24.81	■■□□□ 1.56
TOM1-210	ENST00000449058	SETD5	Q9C0A6	1442 aa		24.79	■■□□□ 1.56
TOM1-210	ENST00000449058	MAPKBP1	O60336	1514 aa		24.78	■■□□□ 1.56
TOM1-210	ENST00000449058	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		24.78	■■□□□ 1.56
TOM1-210	ENST00000449058	SAMD9	Q5K651	1589 aa		24.77	■■□□□ 1.56
TOM1-210	ENST00000449058	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		24.77	■■□□□ 1.56
TOM1-210	ENST00000449058	FMN1	Q68DA7	1419 aa		24.76	■■□□□ 1.55
TOM1-210	ENST00000449058	GTF3C3	Q9Y5Q9	886 aa		24.75	■■□□□ 1.55
TOM1-210	ENST00000449058	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		24.75	■■□□□ 1.55
TOM1-210	ENST00000449058	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	24.75	■■□□□ 1.55
TOM1-210	ENST00000449058	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		24.73	■■□□□ 1.55
TOM1-210	ENST00000449058	DROSHA	Q9NRR4	1374 aa	Known RBP eCLIP	24.73	■■□□□ 1.55
TOM1-210	ENST00000449058	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	24.7	■■□□□ 1.55
TOM1-210	ENST00000449058	ATP1B4	Q9UN42	357 aa	Predicted RBP	24.69	■■□□□ 1.54
TOM1-210	ENST00000449058	FAM50A	Q14320	339 aa	Known RBP	24.68	■■□□□ 1.54
TOM1-210	ENST00000449058	LRRIQ1	Q96JM4	1722 aa		24.66	■■□□□ 1.54
TOM1-210	ENST00000449058	YTHDC1	Q96MU7	727 aa	Known RBP	24.65	■■□□□ 1.54
TOM1-210	ENST00000449058	PELP1	Q8IZL8	1130 aa	Known RBP	24.63	■■□□□ 1.53
TOM1-210	ENST00000449058	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	24.63	■■□□□ 1.53
TOM1-210	ENST00000449058	GRIN2B	Q13224	1484 aa		24.61	■■□□□ 1.53
TOM1-210	ENST00000449058	FGD6	Q6ZV73	1430 aa		24.6	■■□□□ 1.53
TOM1-210	ENST00000449058	PBRM1	Q86U86	1689 aa		24.58	■■□□□ 1.53
TOM1-210	ENST00000449058	MTUS2	Q5JR59	1369 aa		24.55	■■□□□ 1.52
TOM1-210	ENST00000449058	SUPT6H	Q7KZ85	1726 aa	Known RBP	24.51	■■□□□ 1.51
TOM1-210	ENST00000449058	EHBP1L1	Q8N3D4	1523 aa		24.5	■■□□□ 1.51
TOM1-210	ENST00000449058	NCOA2	Q15596	1464 aa		24.49	■■□□□ 1.51
TOM1-210	ENST00000449058	ADAMTS12	P58397	1594 aa		24.48	■■□□□ 1.51
TOM1-210	ENST00000449058	TIMELESS	Q9UNS1	1208 aa		24.47	■■□□□ 1.51
TOM1-210	ENST00000449058	MYOM3	Q5VTT5	1437 aa		24.47	■■□□□ 1.51
TOM1-210	ENST00000449058	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		24.46	■■□□□ 1.51
TOM1-210	ENST00000449058	ARHGEF11	O15085	1522 aa		24.45	■■□□□ 1.5
TOM1-210	ENST00000449058	IQGAP2	Q13576	1575 aa		24.45	■■□□□ 1.5
TOM1-210	ENST00000449058	SIN3A	Q96ST3	1273 aa		24.44	■■□□□ 1.5
TOM1-210	ENST00000449058	HFM1	A2PYH4	1435 aa		24.44	■■□□□ 1.5
TOM1-210	ENST00000449058	CCDC18	Q5T9S5	1454 aa		24.44	■■□□□ 1.5
TOM1-210	ENST00000449058	PTPRK	Q15262	1439 aa		24.43	■■□□□ 1.5
TOM1-210	ENST00000449058	UGGT2	Q9NYU1	1516 aa		24.43	■■□□□ 1.5
TOM1-210	ENST00000449058	PTPN23	Q9H3S7	1636 aa		24.43	■■□□□ 1.5
TOM1-210	ENST00000449058	MAGI3	Q5TCQ9	1506 aa		24.41	■■□□□ 1.5
TOM1-210	ENST00000449058	HECW1	Q76N89	1606 aa		24.41	■■□□□ 1.5
TOM1-210	ENST00000449058	UACA	Q9BZF9	1416 aa		24.36	■■□□□ 1.49
TOM1-210	ENST00000449058	NAIP	Q13075	1403 aa		24.35	■■□□□ 1.49
TOM1-210	ENST00000449058	TCOF1	Q13428	1488 aa	Known RBP	24.33	■■□□□ 1.48
TOM1-210	ENST00000449058	EPRS	P07814	1512 aa	Known RBP	24.32	■■□□□ 1.48
TOM1-210	ENST00000449058	IFT140	Q96RY7	1462 aa		24.32	■■□□□ 1.48
TOM1-210	ENST00000449058	WDR62	O43379	1518 aa		24.31	■■□□□ 1.48
TOM1-210	ENST00000449058	PPP1R15A	O75807	674 aa	Predicted RBP	24.3	■■□□□ 1.48
TOM1-210	ENST00000449058	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	24.26	■■□□□ 1.47
TOM1-210	ENST00000449058	GCC2	Q8IWJ2	1684 aa		24.26	■■□□□ 1.47
TOM1-210	ENST00000449058	CDK13	Q14004	1512 aa	Known RBP	24.24	■■□□□ 1.47
TOM1-210	ENST00000449058	AKNA	Q7Z591	1439 aa		24.21	■■□□□ 1.47
TOM1-210	ENST00000449058	MIA2	Q96PC5	1412 aa		24.21	■■□□□ 1.47
TOM1-210	ENST00000449058	KIAA0586	Q9BVV6	1533 aa		24.21	■■□□□ 1.47
TOM1-210	ENST00000449058	KIAA0556	O60303	1618 aa		24.19	■■□□□ 1.46
TOM1-210	ENST00000449058	TONSL	Q96HA7	1378 aa		24.19	■■□□□ 1.46
TOM1-210	ENST00000449058	DISP1	Q96F81	1524 aa		24.17	■■□□□ 1.46
TOM1-210	ENST00000449058	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	24.16	■■□□□ 1.46
TOM1-210	ENST00000449058	DDX10	Q13206	875 aa	Known RBP	24.14	■■□□□ 1.46
TOM1-210	ENST00000449058	GRIN2A	Q12879	1464 aa		24.14	■■□□□ 1.45
TOM1-210	ENST00000449058	KDM5B	Q9UGL1	1544 aa		24.13	■■□□□ 1.45
TOM1-210	ENST00000449058	KDM6B	O15054	1643 aa		24.1	■■□□□ 1.45
TOM1-210	ENST00000449058	DENND4B	O75064	1496 aa	Predicted RBP	24.1	■■□□□ 1.45
TOM1-210	ENST00000449058	RAPGEF6	Q8TEU7	1601 aa		24.09	■■□□□ 1.45
TOM1-210	ENST00000449058	RRP7BP	Q9NSQ0	103 aa		24.09	■■□□□ 1.45
TOM1-210	ENST00000449058	NUP153	P49790	1475 aa	Known RBP	24.08	■■□□□ 1.45
TOM1-210	ENST00000449058	KCNH8	Q96L42	1107 aa		24.08	■■□□□ 1.45
TOM1-210	ENST00000449058	CHIC2	Q9UKJ5	165 aa		24.06	■■□□□ 1.44
TOM1-210	ENST00000449058	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	24.04	■■□□□ 1.44
TOM1-210	ENST00000449058	HIRIP3	Q9BW71	556 aa	Predicted RBP	24.03	■■□□□ 1.44
TOM1-210	ENST00000449058	DNMT1	P26358	1616 aa	Known RBP	24.03	■■□□□ 1.44
TOM1-210	ENST00000449058	ROCK1	Q13464	1354 aa		24.01	■■□□□ 1.43
TOM1-210	ENST00000449058	ARID3C	A6NKF2	412 aa		24.01	■■□□□ 1.43
TOM1-210	ENST00000449058	DAPK1	P53355	1430 aa		24	■■□□□ 1.43
TOM1-210	ENST00000449058	CEP170	Q5SW79	1584 aa		23.99	■■□□□ 1.43
TOM1-210	ENST00000449058	ERCC6	Q03468	1493 aa		23.97	■■□□□ 1.43
TOM1-210	ENST00000449058	SYNJ2	O15056	1496 aa		23.97	■■□□□ 1.43
TOM1-210	ENST00000449058	CCER2	I3L3R5	266 aa		23.96	■■□□□ 1.43
TOM1-210	ENST00000449058	SUPT16H	Q9Y5B9	1047 aa	Known RBP	23.96	■■□□□ 1.43
TOM1-210	ENST00000449058	ABCC5	O15440	1437 aa		23.96	■■□□□ 1.43
TOM1-210	ENST00000449058	TRIM52	Q96A61	297 aa		23.95	■■□□□ 1.43
TOM1-210	ENST00000449058	MPHOSPH9	Q99550	1183 aa		23.94	■■□□□ 1.42
TOM1-210	ENST00000449058	CDK11A	Q9UQ88	783 aa	Predicted RBP	23.93	■■□□□ 1.42

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 63.9 ms