Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC35.36■■■■□ 3.25
NPHP3Q7Z494 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.35■■■■□ 3.25
NPHP3Q7Z494 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.35■■■■□ 3.25
NPHP3Q7Z494 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.34■■■■□ 3.25
NPHP3Q7Z494 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.33■■■■□ 3.25
NPHP3Q7Z494 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.33■■■■□ 3.25
NPHP3Q7Z494 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC35.33■■■■□ 3.25
NPHP3Q7Z494 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.32■■■■□ 3.25
NPHP3Q7Z494 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC35.32■■■■□ 3.24
NPHP3Q7Z494 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.32■■■■□ 3.24
NPHP3Q7Z494 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC35.32■■■■□ 3.24
NPHP3Q7Z494 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC35.32■■■■□ 3.24
NPHP3Q7Z494 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.31■■■■□ 3.24
NPHP3Q7Z494 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC35.29■■■■□ 3.24
NPHP3Q7Z494 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.28■■■■□ 3.24
NPHP3Q7Z494 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.28■■■■□ 3.24
NPHP3Q7Z494 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.28■■■■□ 3.24
NPHP3Q7Z494 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.28■■■■□ 3.24
NPHP3Q7Z494 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC35.28■■■■□ 3.24
NPHP3Q7Z494 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.27■■■■□ 3.24
NPHP3Q7Z494 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC35.27■■■■□ 3.24
NPHP3Q7Z494 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.25■■■■□ 3.23
NPHP3Q7Z494 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.25■■■■□ 3.23
NPHP3Q7Z494 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC35.25■■■■□ 3.23
NPHP3Q7Z494 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.24■■■■□ 3.23
NPHP3Q7Z494 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.24■■■■□ 3.23
NPHP3Q7Z494 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC35.24■■■■□ 3.23
NPHP3Q7Z494 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC35.24■■■■□ 3.23
NPHP3Q7Z494 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.24■■■■□ 3.23
NPHP3Q7Z494 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.23■■■■□ 3.23
NPHP3Q7Z494 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.23■■■■□ 3.23
NPHP3Q7Z494 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC35.23■■■■□ 3.23
NPHP3Q7Z494 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC35.23■■■■□ 3.23
NPHP3Q7Z494 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC35.23■■■■□ 3.23
NPHP3Q7Z494 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC35.23■■■■□ 3.23
NPHP3Q7Z494 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC35.23■■■■□ 3.23
NPHP3Q7Z494 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC35.22■■■■□ 3.23
NPHP3Q7Z494 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC35.22■■■■□ 3.23
NPHP3Q7Z494 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.21■■■■□ 3.23
NPHP3Q7Z494 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.21■■■■□ 3.23
NPHP3Q7Z494 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC35.21■■■■□ 3.23
NPHP3Q7Z494 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC35.21■■■■□ 3.23
NPHP3Q7Z494 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC35.21■■■■□ 3.23
NPHP3Q7Z494 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC35.2■■■■□ 3.23
NPHP3Q7Z494 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC35.19■■■■□ 3.22
NPHP3Q7Z494 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC35.19■■■■□ 3.22
NPHP3Q7Z494 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.18■■■■□ 3.22
NPHP3Q7Z494 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC35.18■■■■□ 3.22
NPHP3Q7Z494 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC35.18■■■■□ 3.22
NPHP3Q7Z494 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC35.18■■■■□ 3.22
NPHP3Q7Z494 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC35.18■■■■□ 3.22
NPHP3Q7Z494 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC35.18■■■■□ 3.22
NPHP3Q7Z494 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.17■■■■□ 3.22
NPHP3Q7Z494 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC35.17■■■■□ 3.22
NPHP3Q7Z494 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.16■■■■□ 3.22
NPHP3Q7Z494 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC35.16■■■■□ 3.22
NPHP3Q7Z494 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.16■■■■□ 3.22
NPHP3Q7Z494 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC35.15■■■■□ 3.22
NPHP3Q7Z494 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC35.15■■■■□ 3.22
NPHP3Q7Z494 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.15■■■■□ 3.22
NPHP3Q7Z494 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.14■■■■□ 3.22
NPHP3Q7Z494 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC35.14■■■■□ 3.22
NPHP3Q7Z494 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC35.13■■■■□ 3.21
NPHP3Q7Z494 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.13■■■■□ 3.21
NPHP3Q7Z494 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC35.13■■■■□ 3.21
NPHP3Q7Z494 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.12■■■■□ 3.21
NPHP3Q7Z494 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC35.11■■■■□ 3.21
NPHP3Q7Z494 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.11■■■■□ 3.21
NPHP3Q7Z494 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.11■■■■□ 3.21
NPHP3Q7Z494 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.11■■■■□ 3.21
NPHP3Q7Z494 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC35.1■■■■□ 3.21
NPHP3Q7Z494 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC35.1■■■■□ 3.21
NPHP3Q7Z494 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC35.09■■■■□ 3.21
NPHP3Q7Z494 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC35.09■■■■□ 3.21
NPHP3Q7Z494 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.09■■■■□ 3.21
NPHP3Q7Z494 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.08■■■■□ 3.21
NPHP3Q7Z494 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC35.08■■■■□ 3.21
NPHP3Q7Z494 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.08■■■■□ 3.21
NPHP3Q7Z494 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC35.08■■■■□ 3.21
NPHP3Q7Z494 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC35.07■■■■□ 3.21
NPHP3Q7Z494 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC35.06■■■■□ 3.2
NPHP3Q7Z494 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC35.06■■■■□ 3.2
NPHP3Q7Z494 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC35.06■■■■□ 3.2
NPHP3Q7Z494 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC35.06■■■■□ 3.2
NPHP3Q7Z494 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC35.06■■■■□ 3.2
NPHP3Q7Z494 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.05■■■■□ 3.2
NPHP3Q7Z494 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC35.05■■■■□ 3.2
NPHP3Q7Z494 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC35.05■■■■□ 3.2
NPHP3Q7Z494 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC35.05■■■■□ 3.2
NPHP3Q7Z494 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC35.05■■■■□ 3.2
NPHP3Q7Z494 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.05■■■■□ 3.2
NPHP3Q7Z494 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC35.04■■■■□ 3.2
NPHP3Q7Z494 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.03■■■■□ 3.2
NPHP3Q7Z494 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC35.03■■■■□ 3.2
NPHP3Q7Z494 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.03■■■■□ 3.2
NPHP3Q7Z494 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.03■■■■□ 3.2
NPHP3Q7Z494 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC35.03■■■■□ 3.2
NPHP3Q7Z494 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC35.03■■■■□ 3.2
NPHP3Q7Z494 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.02■■■■□ 3.2
NPHP3Q7Z494 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC35.02■■■■□ 3.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 118.4 ms