Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

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Length 462 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
SHHQ15465 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
SHHQ15465 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
SHHQ15465 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
SHHQ15465 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
SHHQ15465 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
SHHQ15465 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
SHHQ15465 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
SHHQ15465 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
SHHQ15465 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
SHHQ15465 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
SHHQ15465 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
SHHQ15465 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
SHHQ15465 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
SHHQ15465 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
SHHQ15465 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
SHHQ15465 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
SHHQ15465 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
SHHQ15465 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
SHHQ15465 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
SHHQ15465 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
SHHQ15465 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
SHHQ15465 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC27.95■■■□□ 2.06
SHHQ15465 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
SHHQ15465 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC27.94■■■□□ 2.06
SHHQ15465 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC27.94■■■□□ 2.06
SHHQ15465 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
SHHQ15465 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
SHHQ15465 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC27.92■■■□□ 2.06
SHHQ15465 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC27.92■■■□□ 2.06
SHHQ15465 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
SHHQ15465 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
SHHQ15465 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
SHHQ15465 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
SHHQ15465 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
SHHQ15465 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
SHHQ15465 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC27.91■■■□□ 2.06
SHHQ15465 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
SHHQ15465 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
SHHQ15465 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC27.91■■■□□ 2.06
SHHQ15465 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
SHHQ15465 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
SHHQ15465 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
SHHQ15465 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
SHHQ15465 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.9■■■□□ 2.06
SHHQ15465 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC27.9■■■□□ 2.06
SHHQ15465 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
SHHQ15465 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
SHHQ15465 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
SHHQ15465 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
SHHQ15465 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC27.89■■■□□ 2.05
SHHQ15465 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
SHHQ15465 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
SHHQ15465 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
SHHQ15465 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC27.87■■■□□ 2.05
SHHQ15465 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
SHHQ15465 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
SHHQ15465 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
SHHQ15465 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC27.86■■■□□ 2.05
SHHQ15465 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
SHHQ15465 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC27.86■■■□□ 2.05
SHHQ15465 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
SHHQ15465 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC27.86■■■□□ 2.05
SHHQ15465 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
SHHQ15465 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC27.85■■■□□ 2.05
SHHQ15465 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC27.85■■■□□ 2.05
SHHQ15465 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
SHHQ15465 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC27.84■■■□□ 2.05
SHHQ15465 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
SHHQ15465 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
SHHQ15465 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC27.82■■■□□ 2.04
SHHQ15465 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC27.82■■■□□ 2.04
SHHQ15465 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
SHHQ15465 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
SHHQ15465 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
SHHQ15465 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC27.8■■■□□ 2.04
SHHQ15465 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC27.8■■■□□ 2.04
SHHQ15465 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC27.8■■■□□ 2.04
SHHQ15465 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC27.8■■■□□ 2.04
SHHQ15465 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
SHHQ15465 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.79■■■□□ 2.04
SHHQ15465 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC27.79■■■□□ 2.04
SHHQ15465 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
SHHQ15465 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC27.79■■■□□ 2.04
SHHQ15465 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
SHHQ15465 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC27.79■■■□□ 2.04
SHHQ15465 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC27.79■■■□□ 2.04
SHHQ15465 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC27.78■■■□□ 2.04
SHHQ15465 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
SHHQ15465 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC27.78■■■□□ 2.04
SHHQ15465 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.78■■■□□ 2.04
SHHQ15465 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC27.77■■■□□ 2.04
SHHQ15465 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
SHHQ15465 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
SHHQ15465 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC27.76■■■□□ 2.03
SHHQ15465 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
SHHQ15465 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
SHHQ15465 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
SHHQ15465 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
SHHQ15465 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
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