Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXA4Q00056 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXA4Q00056 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXA4Q00056 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXA4Q00056 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXA4Q00056 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
HOXA4Q00056 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
HOXA4Q00056 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
HOXA4Q00056 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
HOXA4Q00056 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.03
HOXA4Q00056 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.03
HOXA4Q00056 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXA4Q00056 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXA4Q00056 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXA4Q00056 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXA4Q00056 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
HOXA4Q00056 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
HOXA4Q00056 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
HOXA4Q00056 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
HOXA4Q00056 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
HOXA4Q00056 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
HOXA4Q00056 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
HOXA4Q00056 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
HOXA4Q00056 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
HOXA4Q00056 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
HOXA4Q00056 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
HOXA4Q00056 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
HOXA4Q00056 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
HOXA4Q00056 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
HOXA4Q00056 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
HOXA4Q00056 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
HOXA4Q00056 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
HOXA4Q00056 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
HOXA4Q00056 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
HOXA4Q00056 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXA4Q00056 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXA4Q00056 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXA4Q00056 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXA4Q00056 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXA4Q00056 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXA4Q00056 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXA4Q00056 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXA4Q00056 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXA4Q00056 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXA4Q00056 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXA4Q00056 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXA4Q00056 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXA4Q00056 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXA4Q00056 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXA4Q00056 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXA4Q00056 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXA4Q00056 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXA4Q00056 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXA4Q00056 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXA4Q00056 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXA4Q00056 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXA4Q00056 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXA4Q00056 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXA4Q00056 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXA4Q00056 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXA4Q00056 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
HOXA4Q00056 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
HOXA4Q00056 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
HOXA4Q00056 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXA4Q00056 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXA4Q00056 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXA4Q00056 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXA4Q00056 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXA4Q00056 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXA4Q00056 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXA4Q00056 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXA4Q00056 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXA4Q00056 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXA4Q00056 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
HOXA4Q00056 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
HOXA4Q00056 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
HOXA4Q00056 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC21.4■■□□□ 1.02
HOXA4Q00056 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
HOXA4Q00056 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
HOXA4Q00056 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
HOXA4Q00056 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXA4Q00056 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXA4Q00056 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXA4Q00056 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXA4Q00056 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXA4Q00056 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXA4Q00056 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXA4Q00056 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXA4Q00056 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXA4Q00056 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXA4Q00056 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXA4Q00056 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXA4Q00056 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXA4Q00056 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXA4Q00056 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXA4Q00056 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXA4Q00056 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXA4Q00056 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXA4Q00056 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXA4Q00056 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.4 ms