Protein–RNA interactions for Protein: P34897

SHMT2, Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial, humanhuman

Predictions only

Length 504 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT2P34897 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
SHMT2P34897 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC24.84■■□□□ 1.57
SHMT2P34897 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC24.84■■□□□ 1.57
SHMT2P34897 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
SHMT2P34897 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
SHMT2P34897 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC24.83■■□□□ 1.57
SHMT2P34897 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
SHMT2P34897 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
SHMT2P34897 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
SHMT2P34897 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SHMT2P34897 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SHMT2P34897 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
SHMT2P34897 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
SHMT2P34897 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SHMT2P34897 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
SHMT2P34897 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SHMT2P34897 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SHMT2P34897 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SHMT2P34897 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SHMT2P34897 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SHMT2P34897 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SHMT2P34897 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SHMT2P34897 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SHMT2P34897 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SHMT2P34897 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SHMT2P34897 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SHMT2P34897 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SHMT2P34897 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SHMT2P34897 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SHMT2P34897 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SHMT2P34897 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SHMT2P34897 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SHMT2P34897 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SHMT2P34897 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SHMT2P34897 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SHMT2P34897 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SHMT2P34897 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SHMT2P34897 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SHMT2P34897 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SHMT2P34897 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
SHMT2P34897 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SHMT2P34897 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SHMT2P34897 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
SHMT2P34897 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SHMT2P34897 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SHMT2P34897 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SHMT2P34897 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SHMT2P34897 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SHMT2P34897 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
SHMT2P34897 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SHMT2P34897 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SHMT2P34897 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SHMT2P34897 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.55
SHMT2P34897 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SHMT2P34897 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SHMT2P34897 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SHMT2P34897 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SHMT2P34897 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SHMT2P34897 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SHMT2P34897 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
SHMT2P34897 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
SHMT2P34897 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
SHMT2P34897 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
SHMT2P34897 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
SHMT2P34897 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
SHMT2P34897 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SHMT2P34897 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SHMT2P34897 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SHMT2P34897 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SHMT2P34897 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC24.66■■□□□ 1.54
SHMT2P34897 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
SHMT2P34897 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
SHMT2P34897 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SHMT2P34897 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SHMT2P34897 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SHMT2P34897 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
SHMT2P34897 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
SHMT2P34897 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
SHMT2P34897 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
SHMT2P34897 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
SHMT2P34897 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SHMT2P34897 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SHMT2P34897 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
SHMT2P34897 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
SHMT2P34897 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SHMT2P34897 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SHMT2P34897 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
SHMT2P34897 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SHMT2P34897 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SHMT2P34897 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SHMT2P34897 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SHMT2P34897 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SHMT2P34897 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SHMT2P34897 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SHMT2P34897 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SHMT2P34897 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SHMT2P34897 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SHMT2P34897 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SHMT2P34897 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SHMT2P34897 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.1 ms