Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z6J8

UBE3D, E3 ubiquitin-protein ligase E3D, humanhuman

Predictions only

Length 389 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UBE3DQ7Z6J8 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
UBE3DQ7Z6J8 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
UBE3DQ7Z6J8 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC24.45■■□□□ 1.51
UBE3DQ7Z6J8 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
UBE3DQ7Z6J8 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
UBE3DQ7Z6J8 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
UBE3DQ7Z6J8 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
UBE3DQ7Z6J8 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
UBE3DQ7Z6J8 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
UBE3DQ7Z6J8 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC24.44■■□□□ 1.5
UBE3DQ7Z6J8 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
UBE3DQ7Z6J8 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC24.44■■□□□ 1.5
UBE3DQ7Z6J8 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
UBE3DQ7Z6J8 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
UBE3DQ7Z6J8 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
UBE3DQ7Z6J8 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
UBE3DQ7Z6J8 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
UBE3DQ7Z6J8 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
UBE3DQ7Z6J8 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
UBE3DQ7Z6J8 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
UBE3DQ7Z6J8 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
UBE3DQ7Z6J8 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
UBE3DQ7Z6J8 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
UBE3DQ7Z6J8 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
UBE3DQ7Z6J8 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
UBE3DQ7Z6J8 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
UBE3DQ7Z6J8 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
UBE3DQ7Z6J8 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
UBE3DQ7Z6J8 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
UBE3DQ7Z6J8 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
UBE3DQ7Z6J8 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
UBE3DQ7Z6J8 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
UBE3DQ7Z6J8 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
UBE3DQ7Z6J8 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
UBE3DQ7Z6J8 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
UBE3DQ7Z6J8 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
UBE3DQ7Z6J8 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
UBE3DQ7Z6J8 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
UBE3DQ7Z6J8 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
UBE3DQ7Z6J8 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
UBE3DQ7Z6J8 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
UBE3DQ7Z6J8 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
UBE3DQ7Z6J8 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
UBE3DQ7Z6J8 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
UBE3DQ7Z6J8 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
UBE3DQ7Z6J8 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
UBE3DQ7Z6J8 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
UBE3DQ7Z6J8 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
UBE3DQ7Z6J8 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
UBE3DQ7Z6J8 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
UBE3DQ7Z6J8 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
UBE3DQ7Z6J8 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
UBE3DQ7Z6J8 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
UBE3DQ7Z6J8 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
UBE3DQ7Z6J8 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
UBE3DQ7Z6J8 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
UBE3DQ7Z6J8 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
UBE3DQ7Z6J8 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
UBE3DQ7Z6J8 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
UBE3DQ7Z6J8 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
UBE3DQ7Z6J8 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
UBE3DQ7Z6J8 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
UBE3DQ7Z6J8 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
UBE3DQ7Z6J8 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
UBE3DQ7Z6J8 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
UBE3DQ7Z6J8 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
UBE3DQ7Z6J8 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
UBE3DQ7Z6J8 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
UBE3DQ7Z6J8 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
UBE3DQ7Z6J8 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
UBE3DQ7Z6J8 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
UBE3DQ7Z6J8 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
UBE3DQ7Z6J8 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
UBE3DQ7Z6J8 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
UBE3DQ7Z6J8 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
UBE3DQ7Z6J8 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
UBE3DQ7Z6J8 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
UBE3DQ7Z6J8 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
UBE3DQ7Z6J8 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
UBE3DQ7Z6J8 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
UBE3DQ7Z6J8 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
UBE3DQ7Z6J8 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
UBE3DQ7Z6J8 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
UBE3DQ7Z6J8 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
UBE3DQ7Z6J8 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
UBE3DQ7Z6J8 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
UBE3DQ7Z6J8 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
UBE3DQ7Z6J8 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
UBE3DQ7Z6J8 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC24.26■■□□□ 1.47
UBE3DQ7Z6J8 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
UBE3DQ7Z6J8 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC24.26■■□□□ 1.47
UBE3DQ7Z6J8 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
UBE3DQ7Z6J8 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
UBE3DQ7Z6J8 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
UBE3DQ7Z6J8 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
UBE3DQ7Z6J8 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
UBE3DQ7Z6J8 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
UBE3DQ7Z6J8 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
UBE3DQ7Z6J8 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
UBE3DQ7Z6J8 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.8 ms