Protein–RNA interactions for Protein: P55347

PKNOX1, Homeobox protein PKNOX1, humanhuman

Predictions only

Length 436 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PKNOX1P55347 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
PKNOX1P55347 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
PKNOX1P55347 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
PKNOX1P55347 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
PKNOX1P55347 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
PKNOX1P55347 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.6
PKNOX1P55347 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
PKNOX1P55347 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
PKNOX1P55347 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
PKNOX1P55347 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
PKNOX1P55347 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
PKNOX1P55347 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
PKNOX1P55347 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
PKNOX1P55347 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
PKNOX1P55347 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
PKNOX1P55347 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC24.99■■□□□ 1.59
PKNOX1P55347 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
PKNOX1P55347 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
PKNOX1P55347 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
PKNOX1P55347 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
PKNOX1P55347 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
PKNOX1P55347 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
PKNOX1P55347 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
PKNOX1P55347 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
PKNOX1P55347 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
PKNOX1P55347 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
PKNOX1P55347 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.59
PKNOX1P55347 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
PKNOX1P55347 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
PKNOX1P55347 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
PKNOX1P55347 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
PKNOX1P55347 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
PKNOX1P55347 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
PKNOX1P55347 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC24.94■■□□□ 1.58
PKNOX1P55347 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC24.94■■□□□ 1.58
PKNOX1P55347 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC24.93■■□□□ 1.58
PKNOX1P55347 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC24.93■■□□□ 1.58
PKNOX1P55347 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
PKNOX1P55347 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
PKNOX1P55347 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
PKNOX1P55347 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
PKNOX1P55347 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
PKNOX1P55347 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
PKNOX1P55347 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
PKNOX1P55347 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
PKNOX1P55347 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
PKNOX1P55347 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
PKNOX1P55347 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
PKNOX1P55347 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC24.9■■□□□ 1.58
PKNOX1P55347 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
PKNOX1P55347 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
PKNOX1P55347 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
PKNOX1P55347 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
PKNOX1P55347 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
PKNOX1P55347 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
PKNOX1P55347 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
PKNOX1P55347 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
PKNOX1P55347 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
PKNOX1P55347 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
PKNOX1P55347 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
PKNOX1P55347 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
PKNOX1P55347 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
PKNOX1P55347 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
PKNOX1P55347 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
PKNOX1P55347 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
PKNOX1P55347 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
PKNOX1P55347 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
PKNOX1P55347 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
PKNOX1P55347 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
PKNOX1P55347 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
PKNOX1P55347 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
PKNOX1P55347 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
PKNOX1P55347 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
PKNOX1P55347 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
PKNOX1P55347 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
PKNOX1P55347 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
PKNOX1P55347 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
PKNOX1P55347 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
PKNOX1P55347 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
PKNOX1P55347 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
PKNOX1P55347 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC24.83■■□□□ 1.57
PKNOX1P55347 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
PKNOX1P55347 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC24.83■■□□□ 1.57
PKNOX1P55347 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
PKNOX1P55347 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
PKNOX1P55347 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
PKNOX1P55347 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
PKNOX1P55347 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
PKNOX1P55347 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
PKNOX1P55347 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
PKNOX1P55347 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
PKNOX1P55347 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
PKNOX1P55347 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
PKNOX1P55347 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
PKNOX1P55347 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
PKNOX1P55347 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
PKNOX1P55347 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
PKNOX1P55347 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
PKNOX1P55347 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
PKNOX1P55347 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.8 ms