Protein–RNA interactions for Protein: P34897

SHMT2, Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial, humanhuman

Predictions only

Length 504 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT2P34897 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SHMT2P34897 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SHMT2P34897 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
SHMT2P34897 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
SHMT2P34897 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
SHMT2P34897 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SHMT2P34897 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SHMT2P34897 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC25.04■■□□□ 1.6
SHMT2P34897 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SHMT2P34897 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SHMT2P34897 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SHMT2P34897 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SHMT2P34897 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SHMT2P34897 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SHMT2P34897 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
SHMT2P34897 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SHMT2P34897 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
SHMT2P34897 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
SHMT2P34897 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
SHMT2P34897 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
SHMT2P34897 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
SHMT2P34897 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
SHMT2P34897 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC24.99■■□□□ 1.59
SHMT2P34897 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
SHMT2P34897 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
SHMT2P34897 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
SHMT2P34897 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
SHMT2P34897 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SHMT2P34897 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SHMT2P34897 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SHMT2P34897 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SHMT2P34897 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SHMT2P34897 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SHMT2P34897 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SHMT2P34897 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
SHMT2P34897 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SHMT2P34897 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SHMT2P34897 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SHMT2P34897 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SHMT2P34897 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SHMT2P34897 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SHMT2P34897 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
SHMT2P34897 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SHMT2P34897 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
SHMT2P34897 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.59
SHMT2P34897 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
SHMT2P34897 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
SHMT2P34897 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
SHMT2P34897 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
SHMT2P34897 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
SHMT2P34897 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
SHMT2P34897 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC24.94■■□□□ 1.58
SHMT2P34897 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SHMT2P34897 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SHMT2P34897 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
SHMT2P34897 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC24.93■■□□□ 1.58
SHMT2P34897 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
SHMT2P34897 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
SHMT2P34897 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
SHMT2P34897 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
SHMT2P34897 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC24.9■■□□□ 1.58
SHMT2P34897 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
SHMT2P34897 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
SHMT2P34897 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
SHMT2P34897 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
SHMT2P34897 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
SHMT2P34897 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
SHMT2P34897 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
SHMT2P34897 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
SHMT2P34897 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
SHMT2P34897 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
SHMT2P34897 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
SHMT2P34897 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
SHMT2P34897 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
SHMT2P34897 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
SHMT2P34897 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
SHMT2P34897 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC24.89■■□□□ 1.57
SHMT2P34897 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
SHMT2P34897 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
SHMT2P34897 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
SHMT2P34897 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC24.87■■□□□ 1.57
SHMT2P34897 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
SHMT2P34897 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
SHMT2P34897 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
SHMT2P34897 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
SHMT2P34897 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
SHMT2P34897 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
SHMT2P34897 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
SHMT2P34897 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
SHMT2P34897 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
SHMT2P34897 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
SHMT2P34897 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
SHMT2P34897 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
SHMT2P34897 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
SHMT2P34897 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
SHMT2P34897 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
SHMT2P34897 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC24.85■■□□□ 1.57
SHMT2P34897 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
SHMT2P34897 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
SHMT2P34897 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.2 ms