Protein–RNA interactions for Protein: O60508

CDC40, Pre-mRNA-processing factor 17, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 579 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CDC40O60508 PTPRN2-201ENST00000389413 4723 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.018e-7■■■■□ 26.7
CDC40O60508 PTPRN2-202ENST00000389416 4692 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.43□□□□□ -0.428e-7■■■■□ 26.7
CDC40O60508 PTPRN2-203ENST00000389418 4706 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.438e-7■■■■□ 26.7
CDC40O60508 AL121845.3-201ENST00000490623 3119 ntTSL 5 BASIC14.83□□□□□ -0.041e-6■■■■□ 26.7
CDC40O60508 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.841e-6■■■■□ 26.6
CDC40O60508 GNG4-205ENST00000484517 684 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.62□□□□□ -0.071e-6■■■■□ 26.6
CDC40O60508 GNG4-202ENST00000366598 1721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.361e-6■■■■□ 26.6
CDC40O60508 GNG4-201ENST00000366597 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.01□□□□□ -0.491e-6■■■■□ 26.6
CDC40O60508 GNG4-204ENST00000450593 4978 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC11.93□□□□□ -0.51e-6■■■■□ 26.6
CDC40O60508 SRC-204ENST00000373578 4630 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.28□□□□□ -0.448e-7■■■■□ 26.4
CDC40O60508 MACF1-216ENST00000476350 5304 ntTSL 28.04□□□□□ -1.127e-7■■■■□ 26.4
CDC40O60508 AHCY-201ENST00000217426 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.113e-10■■■■□ 26.4
CDC40O60508 AHCY-204ENST00000480653 2211 ntTSL 213.89□□□□□ -0.193e-10■■■■□ 26.4
CDC40O60508 AHCY-205ENST00000538132 2366 ntTSL 2 BASIC12.6□□□□□ -0.393e-10■■■■□ 26.4
CDC40O60508 LIMK2-206ENST00000462625 1042 ntTSL 221.34■■□□□ 1.014e-7■■■■□ 26.3
CDC40O60508 SLC38A10-201ENST00000288439 2708 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.314e-7■■■■□ 26.3
CDC40O60508 RPL6-208ENST00000550566 1014 ntTSL 315.86■□□□□ 0.134e-7■■■■□ 26.3
CDC40O60508 SLC38A10-202ENST00000374759 4300 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.16□□□□□ -0.144e-7■■■■□ 26.3
CDC40O60508 LIMK2-203ENST00000340552 2789 ntTSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.24e-7■■■■□ 26.3
CDC40O60508 LIMK2-204ENST00000406516 2657 ntTSL 5 BASIC13.66□□□□□ -0.224e-7■■■■□ 26.3
CDC40O60508 SLC38A10-207ENST00000542075 2903 ntTSL 212.91□□□□□ -0.344e-7■■■■□ 26.3
CDC40O60508 RPL6-211ENST00000552455 781 ntTSL 210.81□□□□□ -0.684e-7■■■■□ 26.3
CDC40O60508 LIMK2-202ENST00000333611 3462 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC10.64□□□□□ -0.714e-7■■■■□ 26.3
CDC40O60508 RPL6-209ENST00000551041 1082 ntTSL 29.83□□□□□ -0.844e-7■■■■□ 26.3
CDC40O60508 RPL6-206ENST00000549847 588 ntTSL 29.58□□□□□ -0.884e-7■■■■□ 26.3
CDC40O60508 RPL6-203ENST00000546368 2008 ntTSL 58.34□□□□□ -1.074e-7■■■■□ 26.3
CDC40O60508 LIMK2-201ENST00000331728 3670 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC7.99□□□□□ -1.134e-7■■■■□ 26.3
CDC40O60508 RPL6-213ENST00000553213 438 ntTSL 57.73□□□□□ -1.174e-7■■■■□ 26.3
CDC40O60508 RPL6-207ENST00000550238 338 ntTSL 56.3□□□□□ -1.44e-7■■■■□ 26.3
CDC40O60508 RFC1-201ENST00000349703 4859 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC6.16□□□□□ -1.424e-7■■■■□ 26.3
CDC40O60508 RPL6-202ENST00000424576 1074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.94□□□□□ -1.464e-7■■■■□ 26.3
CDC40O60508 RPL6-210ENST00000551291 700 ntTSL 35.84□□□□□ -1.474e-7■■■■□ 26.3
CDC40O60508 RFC1-202ENST00000381897 4886 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.73□□□□□ -1.494e-7■■■■□ 26.3
CDC40O60508 RPL6-201ENST00000202773 947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.49□□□□□ -1.534e-7■■■■□ 26.3
CDC40O60508 RPL6-205ENST00000549562 583 ntTSL 25.01□□□□□ -1.614e-7■■■■□ 26.3
CDC40O60508 RNU6-32P-201ENST00000383948 107 ntBASIC-1.91□□□□□ -2.724e-7■■■■□ 26.3
CDC40O60508 VAV2-204ENST00000472905 506 ntTSL 315.28■□□□□ 0.045e-7■■■■□ 26.3
CDC40O60508 CEP170B-202ENST00000414716 6705 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.011e-7■■■■□ 26.1
CDC40O60508 CEP170B-203ENST00000453495 6813 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.98□□□□□ -0.011e-7■■■■□ 26.1
CDC40O60508 CEP170B-204ENST00000556508 6683 ntTSL 5 BASIC14.72□□□□□ -0.051e-7■■■■□ 26.1
CDC40O60508 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.631e-6■■■■□ 26.1
CDC40O60508 MACROD1-208ENST00000545464 899 ntTSL 323.02■■□□□ 1.281e-6■■■■□ 26.1
CDC40O60508 MACROD1-206ENST00000542359 459 ntTSL 314.42□□□□□ -0.11e-6■■■■□ 26.1
CDC40O60508 ARHGEF16-202ENST00000378373 2211 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.011e-6■■■■□ 26
CDC40O60508 ARHGEF16-201ENST00000378371 2219 ntTSL 1 (best) BASIC13.87□□□□□ -0.191e-6■■■■□ 26
CDC40O60508 ARHGEF16-203ENST00000378378 3061 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.221e-6■■■■□ 26
CDC40O60508 SHANK3-202ENST00000414786 7394 ntTSL 518.79■□□□□ 0.65e-8■■■■□ 25.9
CDC40O60508 SHANK3-203ENST00000445220 5175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.545e-8■■■■□ 25.9
CDC40O60508 SHANK3-201ENST00000262795 7091 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.135e-8■■■■□ 25.9
CDC40O60508 GALM-205ENST00000444351 834 ntTSL 513.96□□□□□ -0.172e-8■■■■□ 25.8
CDC40O60508 GALM-202ENST00000410063 1023 ntTSL 3 BASIC11.39□□□□□ -0.592e-8■■■■□ 25.8
CDC40O60508 GALM-201ENST00000272252 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.66□□□□□ -0.862e-8■■■■□ 25.8
CDC40O60508 GALM-204ENST00000434934 724 ntTSL 33.59□□□□□ -1.832e-8■■■■□ 25.8
CDC40O60508 NKD1-203ENST00000566396 748 ntTSL 312.89□□□□□ -0.353e-7■■■■□ 25.8
CDC40O60508 RHOQ-202ENST00000432183 714 ntTSL 528.34■■■□□ 2.135e-7■■■■□ 25.8
CDC40O60508 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.125e-7■■■■□ 25.8
CDC40O60508 RHOQ-205ENST00000482449 674 ntTSL 215.97■□□□□ 0.155e-7■■■■□ 25.8
CDC40O60508 RHOQ-207ENST00000489471 869 ntTSL 58.28□□□□□ -1.085e-7■■■■□ 25.8
CDC40O60508 RHOQ-203ENST00000465198 318 ntTSL 38.01□□□□□ -1.135e-7■■■■□ 25.8
CDC40O60508 RHOQ-204ENST00000473428 757 ntTSL 35.06□□□□□ -1.65e-7■■■■□ 25.8
CDC40O60508 AC111170.2-201ENST00000585369 768 ntTSL 3 BASIC14.36□□□□□ -0.111e-7■■■■□ 25.7
CDC40O60508 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.295e-7■■■■□ 25.7
CDC40O60508 C9orf3-215ENST00000478473 895 ntTSL 321.53■■□□□ 1.044e-7■■■■□ 25.7
CDC40O60508 C9orf3-213ENST00000471978 478 ntTSL 220.94■□□□□ 0.944e-7■■■■□ 25.7
CDC40O60508 C9orf3-206ENST00000428313 2288 ntTSL 1 (best)14.62□□□□□ -0.074e-7■■■■□ 25.7
CDC40O60508 C9orf3-202ENST00000297979 2820 ntTSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.334e-7■■■■□ 25.7
CDC40O60508 C9orf3-211ENST00000463372 919 ntTSL 312.72□□□□□ -0.374e-7■■■■□ 25.7
CDC40O60508 C9orf3-212ENST00000468164 849 ntTSL 512.52□□□□□ -0.414e-7■■■■□ 25.7
CDC40O60508 C9orf3-203ENST00000375315 3136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.91□□□□□ -0.664e-7■■■■□ 25.7
CDC40O60508 CTDSP1-213ENST00000496785 460 ntTSL 517.65■□□□□ 0.423e-7■■■■□ 25.6
CDC40O60508 CTDSP1-203ENST00000431127 586 ntTSL 315.93■□□□□ 0.143e-7■■■■□ 25.6
CDC40O60508 CTDSP1-202ENST00000428361 842 ntTSL 514.37□□□□□ -0.113e-7■■■■□ 25.6
CDC40O60508 EIF4G1-233ENST00000475721 1271 ntTSL 218.45■□□□□ 0.541e-10■■■■□ 25.5
CDC40O60508 EIF4G1-230ENST00000460829 1804 ntTSL 218.22■□□□□ 0.511e-10■■■■□ 25.5
CDC40O60508 STAT5B-203ENST00000468312 1799 ntTSL 1 (best)20.95■□□□□ 0.947e-7■■■■□ 25.2
CDC40O60508 EPS8L2-211ENST00000527832 1597 ntTSL 219.29■□□□□ 0.687e-7■■■■□ 25.2
CDC40O60508 CARD10-204ENST00000433485 578 ntTSL 418.15■□□□□ 0.57e-7■■■■□ 25.2
CDC40O60508 EPS8L2-230ENST00000610855 1633 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.487e-7■■■■□ 25.2
CDC40O60508 EPS8L2-220ENST00000531393 2304 ntTSL 1 (best)17.39■□□□□ 0.387e-7■■■■□ 25.2
CDC40O60508 STAT5B-201ENST00000293328 5103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.057e-7■■■■□ 25.2
CDC40O60508 DIP2C-205ENST00000634311 4961 ntTSL 5 BASIC11.79□□□□□ -0.527e-7■■■■□ 25.2
CDC40O60508 DIP2C-201ENST00000280886 7888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.07□□□□□ -0.87e-7■■■■□ 25.2
CDC40O60508 WNK2-206ENST00000448039 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best)19.56■□□□□ 0.721e-6■■■■□ 25.1
CDC40O60508 WNK2-204ENST00000427277 6108 ntTSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.571e-6■■■■□ 25.1
CDC40O60508 WNK2-202ENST00000395477 6834 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.431e-6■■■■□ 25.1
CDC40O60508 WNK2-201ENST00000297954 7138 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.311e-6■■■■□ 25.1
CDC40O60508 WNK2-205ENST00000432730 7792 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best)16.44■□□□□ 0.221e-6■■■■□ 25.1
CDC40O60508 CPSF1-202ENST00000527827 619 ntTSL 221.99■■□□□ 1.112e-9■■■■□ 25.1
CDC40O60508 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.852e-9■■■■□ 25.1
CDC40O60508 ASAP2-202ENST00000315273 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.752e-9■■■■□ 25.1
CDC40O60508 WDR6-214ENST00000488572 610 ntTSL 418.75■□□□□ 0.592e-9■■■■□ 25.1
CDC40O60508 WDR6-213ENST00000473238 568 ntTSL 317.62■□□□□ 0.412e-9■■■■□ 25.1
CDC40O60508 WDR6-223ENST00000627177 207 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.272e-9■■■■□ 25.1
CDC40O60508 WDR6-206ENST00000438660 852 ntTSL 516.68■□□□□ 0.262e-9■■■■□ 25.1
CDC40O60508 WDR6-205ENST00000429900 563 ntTSL 515.51■□□□□ 0.072e-9■■■■□ 25.1
CDC40O60508 WDR6-212ENST00000472878 556 ntTSL 515.39■□□□□ 0.052e-9■■■■□ 25.1
CDC40O60508 CPSF1-205ENST00000531042 580 ntTSL 514.65□□□□□ -0.062e-9■■■■□ 25.1
CDC40O60508 CPSF1-213ENST00000620219 4462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.072e-9■■■■□ 25.1
CDC40O60508 WDR6-210ENST00000462064 589 ntTSL 514.56□□□□□ -0.082e-9■■■■□ 25.1
CDC40O60508 WDR6-209ENST00000461687 555 ntTSL 414.08□□□□□ -0.162e-9■■■■□ 25.1
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