Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC32.51■■■□□ 2.79
CHMP3Q9Y3E7 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.51■■■□□ 2.79
CHMP3Q9Y3E7 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.5■■■□□ 2.79
CHMP3Q9Y3E7 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC32.5■■■□□ 2.79
CHMP3Q9Y3E7 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC32.5■■■□□ 2.79
CHMP3Q9Y3E7 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC32.5■■■□□ 2.79
CHMP3Q9Y3E7 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC32.5■■■□□ 2.79
CHMP3Q9Y3E7 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC32.5■■■□□ 2.79
CHMP3Q9Y3E7 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.49■■■□□ 2.79
CHMP3Q9Y3E7 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC32.49■■■□□ 2.79
CHMP3Q9Y3E7 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.48■■■□□ 2.79
CHMP3Q9Y3E7 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC32.48■■■□□ 2.79
CHMP3Q9Y3E7 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC32.47■■■□□ 2.79
CHMP3Q9Y3E7 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC32.47■■■□□ 2.79
CHMP3Q9Y3E7 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.46■■■□□ 2.79
CHMP3Q9Y3E7 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.46■■■□□ 2.79
CHMP3Q9Y3E7 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.46■■■□□ 2.79
CHMP3Q9Y3E7 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC32.46■■■□□ 2.79
CHMP3Q9Y3E7 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC32.46■■■□□ 2.79
CHMP3Q9Y3E7 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC32.46■■■□□ 2.79
CHMP3Q9Y3E7 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC32.45■■■□□ 2.79
CHMP3Q9Y3E7 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC32.45■■■□□ 2.79
CHMP3Q9Y3E7 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.45■■■□□ 2.78
CHMP3Q9Y3E7 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC32.44■■■□□ 2.78
CHMP3Q9Y3E7 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC32.44■■■□□ 2.78
CHMP3Q9Y3E7 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.43■■■□□ 2.78
CHMP3Q9Y3E7 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC32.43■■■□□ 2.78
CHMP3Q9Y3E7 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.43■■■□□ 2.78
CHMP3Q9Y3E7 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC32.43■■■□□ 2.78
CHMP3Q9Y3E7 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC32.43■■■□□ 2.78
CHMP3Q9Y3E7 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC32.42■■■□□ 2.78
CHMP3Q9Y3E7 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC32.42■■■□□ 2.78
CHMP3Q9Y3E7 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.41■■■□□ 2.78
CHMP3Q9Y3E7 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.41■■■□□ 2.78
CHMP3Q9Y3E7 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC32.41■■■□□ 2.78
CHMP3Q9Y3E7 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.4■■■□□ 2.78
CHMP3Q9Y3E7 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.4■■■□□ 2.78
CHMP3Q9Y3E7 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC32.4■■■□□ 2.78
CHMP3Q9Y3E7 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC32.4■■■□□ 2.78
CHMP3Q9Y3E7 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC32.4■■■□□ 2.78
CHMP3Q9Y3E7 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC32.4■■■□□ 2.78
CHMP3Q9Y3E7 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC32.4■■■□□ 2.78
CHMP3Q9Y3E7 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC32.4■■■□□ 2.78
CHMP3Q9Y3E7 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC32.4■■■□□ 2.78
CHMP3Q9Y3E7 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC32.4■■■□□ 2.78
CHMP3Q9Y3E7 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC32.4■■■□□ 2.78
CHMP3Q9Y3E7 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.4■■■□□ 2.78
CHMP3Q9Y3E7 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC32.39■■■□□ 2.78
CHMP3Q9Y3E7 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.39■■■□□ 2.78
CHMP3Q9Y3E7 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.39■■■□□ 2.78
CHMP3Q9Y3E7 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC32.38■■■□□ 2.77
CHMP3Q9Y3E7 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.38■■■□□ 2.77
CHMP3Q9Y3E7 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.37■■■□□ 2.77
CHMP3Q9Y3E7 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.37■■■□□ 2.77
CHMP3Q9Y3E7 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC32.36■■■□□ 2.77
CHMP3Q9Y3E7 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC32.36■■■□□ 2.77
CHMP3Q9Y3E7 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.36■■■□□ 2.77
CHMP3Q9Y3E7 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.36■■■□□ 2.77
CHMP3Q9Y3E7 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC32.36■■■□□ 2.77
CHMP3Q9Y3E7 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC32.35■■■□□ 2.77
CHMP3Q9Y3E7 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC32.34■■■□□ 2.77
CHMP3Q9Y3E7 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.34■■■□□ 2.77
CHMP3Q9Y3E7 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.34■■■□□ 2.77
CHMP3Q9Y3E7 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.33■■■□□ 2.77
CHMP3Q9Y3E7 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.76
CHMP3Q9Y3E7 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.76
CHMP3Q9Y3E7 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.31■■■□□ 2.76
CHMP3Q9Y3E7 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC32.31■■■□□ 2.76
CHMP3Q9Y3E7 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC32.31■■■□□ 2.76
CHMP3Q9Y3E7 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC32.31■■■□□ 2.76
CHMP3Q9Y3E7 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.3■■■□□ 2.76
CHMP3Q9Y3E7 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
CHMP3Q9Y3E7 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
CHMP3Q9Y3E7 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.29■■■□□ 2.76
CHMP3Q9Y3E7 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC32.29■■■□□ 2.76
CHMP3Q9Y3E7 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC32.28■■■□□ 2.76
CHMP3Q9Y3E7 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.28■■■□□ 2.76
CHMP3Q9Y3E7 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC32.28■■■□□ 2.76
CHMP3Q9Y3E7 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.28■■■□□ 2.76
CHMP3Q9Y3E7 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.27■■■□□ 2.76
CHMP3Q9Y3E7 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.26■■■□□ 2.76
CHMP3Q9Y3E7 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC32.26■■■□□ 2.75
CHMP3Q9Y3E7 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.26■■■□□ 2.75
CHMP3Q9Y3E7 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC32.25■■■□□ 2.75
CHMP3Q9Y3E7 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC32.25■■■□□ 2.75
CHMP3Q9Y3E7 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC32.25■■■□□ 2.75
CHMP3Q9Y3E7 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.24■■■□□ 2.75
CHMP3Q9Y3E7 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC32.24■■■□□ 2.75
CHMP3Q9Y3E7 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.23■■■□□ 2.75
CHMP3Q9Y3E7 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC32.23■■■□□ 2.75
CHMP3Q9Y3E7 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.23■■■□□ 2.75
CHMP3Q9Y3E7 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.22■■■□□ 2.75
CHMP3Q9Y3E7 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.22■■■□□ 2.75
CHMP3Q9Y3E7 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC32.22■■■□□ 2.75
CHMP3Q9Y3E7 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.21■■■□□ 2.75
CHMP3Q9Y3E7 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC32.21■■■□□ 2.75
CHMP3Q9Y3E7 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.2■■■□□ 2.74
CHMP3Q9Y3E7 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC32.2■■■□□ 2.74
CHMP3Q9Y3E7 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.18■■■□□ 2.74
CHMP3Q9Y3E7 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC32.18■■■□□ 2.74
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.6 ms