Protein–RNA interactions for Protein: Q9NNX9

VCX3A, Variable charge X-linked protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 186 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VCX3AQ9NNX9 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
VCX3AQ9NNX9 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
VCX3AQ9NNX9 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
VCX3AQ9NNX9 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
VCX3AQ9NNX9 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
VCX3AQ9NNX9 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
VCX3AQ9NNX9 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VCX3AQ9NNX9 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
VCX3AQ9NNX9 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VCX3AQ9NNX9 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
VCX3AQ9NNX9 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
VCX3AQ9NNX9 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
VCX3AQ9NNX9 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
VCX3AQ9NNX9 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
VCX3AQ9NNX9 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
VCX3AQ9NNX9 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
VCX3AQ9NNX9 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
VCX3AQ9NNX9 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
VCX3AQ9NNX9 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
VCX3AQ9NNX9 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
VCX3AQ9NNX9 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
VCX3AQ9NNX9 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VCX3AQ9NNX9 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VCX3AQ9NNX9 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VCX3AQ9NNX9 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VCX3AQ9NNX9 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
VCX3AQ9NNX9 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VCX3AQ9NNX9 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
VCX3AQ9NNX9 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VCX3AQ9NNX9 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
VCX3AQ9NNX9 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
VCX3AQ9NNX9 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
VCX3AQ9NNX9 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
VCX3AQ9NNX9 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
VCX3AQ9NNX9 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
VCX3AQ9NNX9 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
VCX3AQ9NNX9 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
VCX3AQ9NNX9 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
VCX3AQ9NNX9 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
VCX3AQ9NNX9 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
VCX3AQ9NNX9 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
VCX3AQ9NNX9 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC24.1■■□□□ 1.45
VCX3AQ9NNX9 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
VCX3AQ9NNX9 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
VCX3AQ9NNX9 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
VCX3AQ9NNX9 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
VCX3AQ9NNX9 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
VCX3AQ9NNX9 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
VCX3AQ9NNX9 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
VCX3AQ9NNX9 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
VCX3AQ9NNX9 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
VCX3AQ9NNX9 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
VCX3AQ9NNX9 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
VCX3AQ9NNX9 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
VCX3AQ9NNX9 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
VCX3AQ9NNX9 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
VCX3AQ9NNX9 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
VCX3AQ9NNX9 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
VCX3AQ9NNX9 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
VCX3AQ9NNX9 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
VCX3AQ9NNX9 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
VCX3AQ9NNX9 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
VCX3AQ9NNX9 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
VCX3AQ9NNX9 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
VCX3AQ9NNX9 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
VCX3AQ9NNX9 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
VCX3AQ9NNX9 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
VCX3AQ9NNX9 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
VCX3AQ9NNX9 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VCX3AQ9NNX9 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
VCX3AQ9NNX9 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
VCX3AQ9NNX9 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
VCX3AQ9NNX9 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
VCX3AQ9NNX9 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
VCX3AQ9NNX9 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
VCX3AQ9NNX9 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
VCX3AQ9NNX9 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
VCX3AQ9NNX9 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
VCX3AQ9NNX9 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
VCX3AQ9NNX9 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
VCX3AQ9NNX9 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
VCX3AQ9NNX9 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
VCX3AQ9NNX9 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
VCX3AQ9NNX9 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
VCX3AQ9NNX9 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
VCX3AQ9NNX9 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
VCX3AQ9NNX9 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
VCX3AQ9NNX9 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
VCX3AQ9NNX9 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC23.95■■□□□ 1.42
VCX3AQ9NNX9 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
VCX3AQ9NNX9 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
VCX3AQ9NNX9 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
VCX3AQ9NNX9 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
VCX3AQ9NNX9 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC23.94■■□□□ 1.42
VCX3AQ9NNX9 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
VCX3AQ9NNX9 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
VCX3AQ9NNX9 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
VCX3AQ9NNX9 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
VCX3AQ9NNX9 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
VCX3AQ9NNX9 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17 ms