Protein–RNA interactions for Protein: Q96A99

PTX4, Pentraxin-4, humanhuman

Predictions only

Length 478 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTX4Q96A99 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
PTX4Q96A99 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
PTX4Q96A99 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
PTX4Q96A99 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
PTX4Q96A99 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
PTX4Q96A99 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
PTX4Q96A99 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
PTX4Q96A99 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
PTX4Q96A99 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
PTX4Q96A99 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
PTX4Q96A99 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
PTX4Q96A99 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
PTX4Q96A99 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
PTX4Q96A99 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
PTX4Q96A99 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
PTX4Q96A99 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
PTX4Q96A99 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
PTX4Q96A99 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
PTX4Q96A99 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
PTX4Q96A99 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
PTX4Q96A99 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC22.11■■□□□ 1.13
PTX4Q96A99 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
PTX4Q96A99 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
PTX4Q96A99 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
PTX4Q96A99 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
PTX4Q96A99 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
PTX4Q96A99 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
PTX4Q96A99 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
PTX4Q96A99 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
PTX4Q96A99 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PTX4Q96A99 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PTX4Q96A99 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PTX4Q96A99 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
PTX4Q96A99 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PTX4Q96A99 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PTX4Q96A99 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
PTX4Q96A99 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PTX4Q96A99 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
PTX4Q96A99 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PTX4Q96A99 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
PTX4Q96A99 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
PTX4Q96A99 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
PTX4Q96A99 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
PTX4Q96A99 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
PTX4Q96A99 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
PTX4Q96A99 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
PTX4Q96A99 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
PTX4Q96A99 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
PTX4Q96A99 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
PTX4Q96A99 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC22.03■■□□□ 1.12
PTX4Q96A99 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
PTX4Q96A99 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
PTX4Q96A99 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
PTX4Q96A99 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
PTX4Q96A99 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
PTX4Q96A99 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
PTX4Q96A99 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
PTX4Q96A99 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
PTX4Q96A99 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
PTX4Q96A99 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
PTX4Q96A99 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
PTX4Q96A99 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.11
PTX4Q96A99 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
PTX4Q96A99 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
PTX4Q96A99 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
PTX4Q96A99 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
PTX4Q96A99 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
PTX4Q96A99 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
PTX4Q96A99 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC22■■□□□ 1.11
PTX4Q96A99 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
PTX4Q96A99 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
PTX4Q96A99 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
PTX4Q96A99 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
PTX4Q96A99 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
PTX4Q96A99 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
PTX4Q96A99 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
PTX4Q96A99 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
PTX4Q96A99 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
PTX4Q96A99 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
PTX4Q96A99 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
PTX4Q96A99 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
PTX4Q96A99 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
PTX4Q96A99 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
PTX4Q96A99 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
PTX4Q96A99 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
PTX4Q96A99 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
PTX4Q96A99 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
PTX4Q96A99 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
PTX4Q96A99 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
PTX4Q96A99 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
PTX4Q96A99 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
PTX4Q96A99 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
PTX4Q96A99 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
PTX4Q96A99 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
PTX4Q96A99 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
PTX4Q96A99 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
PTX4Q96A99 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
PTX4Q96A99 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
PTX4Q96A99 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
PTX4Q96A99 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.4 ms