Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC35.5■■■■□ 3.27
USP54Q70EL1 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC35.49■■■■□ 3.27
USP54Q70EL1 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.48■■■■□ 3.27
USP54Q70EL1 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.48■■■■□ 3.27
USP54Q70EL1 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.48■■■■□ 3.27
USP54Q70EL1 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.48■■■■□ 3.27
USP54Q70EL1 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.47■■■■□ 3.27
USP54Q70EL1 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.47■■■■□ 3.27
USP54Q70EL1 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.46■■■■□ 3.27
USP54Q70EL1 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.46■■■■□ 3.27
USP54Q70EL1 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC35.46■■■■□ 3.27
USP54Q70EL1 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC35.46■■■■□ 3.27
USP54Q70EL1 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC35.45■■■■□ 3.27
USP54Q70EL1 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC35.44■■■■□ 3.26
USP54Q70EL1 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC35.43■■■■□ 3.26
USP54Q70EL1 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.41■■■■□ 3.26
USP54Q70EL1 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC35.41■■■■□ 3.26
USP54Q70EL1 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC35.41■■■■□ 3.26
USP54Q70EL1 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC35.41■■■■□ 3.26
USP54Q70EL1 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC35.4■■■■□ 3.26
USP54Q70EL1 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC35.4■■■■□ 3.26
USP54Q70EL1 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC35.4■■■■□ 3.26
USP54Q70EL1 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC35.4■■■■□ 3.26
USP54Q70EL1 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.39■■■■□ 3.26
USP54Q70EL1 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.38■■■■□ 3.25
USP54Q70EL1 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC35.37■■■■□ 3.25
USP54Q70EL1 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC35.37■■■■□ 3.25
USP54Q70EL1 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC35.37■■■■□ 3.25
USP54Q70EL1 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC35.37■■■■□ 3.25
USP54Q70EL1 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC35.37■■■■□ 3.25
USP54Q70EL1 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC35.37■■■■□ 3.25
USP54Q70EL1 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC35.37■■■■□ 3.25
USP54Q70EL1 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.37■■■■□ 3.25
USP54Q70EL1 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.37■■■■□ 3.25
USP54Q70EL1 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.37■■■■□ 3.25
USP54Q70EL1 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC35.36■■■■□ 3.25
USP54Q70EL1 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.36■■■■□ 3.25
USP54Q70EL1 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.33■■■■□ 3.25
USP54Q70EL1 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.33■■■■□ 3.25
USP54Q70EL1 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC35.33■■■■□ 3.25
USP54Q70EL1 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC35.33■■■■□ 3.25
USP54Q70EL1 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC35.32■■■■□ 3.24
USP54Q70EL1 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC35.32■■■■□ 3.24
USP54Q70EL1 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.32■■■■□ 3.24
USP54Q70EL1 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC35.31■■■■□ 3.24
USP54Q70EL1 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.3■■■■□ 3.24
USP54Q70EL1 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC35.3■■■■□ 3.24
USP54Q70EL1 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.3■■■■□ 3.24
USP54Q70EL1 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC35.29■■■■□ 3.24
USP54Q70EL1 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC35.27■■■■□ 3.24
USP54Q70EL1 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC35.27■■■■□ 3.24
USP54Q70EL1 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC35.27■■■■□ 3.24
USP54Q70EL1 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC35.26■■■■□ 3.24
USP54Q70EL1 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.26■■■■□ 3.24
USP54Q70EL1 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC35.26■■■■□ 3.23
USP54Q70EL1 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC35.25■■■■□ 3.23
USP54Q70EL1 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.25■■■■□ 3.23
USP54Q70EL1 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.25■■■■□ 3.23
USP54Q70EL1 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC35.24■■■■□ 3.23
USP54Q70EL1 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC35.24■■■■□ 3.23
USP54Q70EL1 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC35.23■■■■□ 3.23
USP54Q70EL1 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.23■■■■□ 3.23
USP54Q70EL1 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC35.22■■■■□ 3.23
USP54Q70EL1 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.22■■■■□ 3.23
USP54Q70EL1 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.22■■■■□ 3.23
USP54Q70EL1 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC35.22■■■■□ 3.23
USP54Q70EL1 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC35.2■■■■□ 3.23
USP54Q70EL1 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.19■■■■□ 3.22
USP54Q70EL1 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.19■■■■□ 3.22
USP54Q70EL1 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.18■■■■□ 3.22
USP54Q70EL1 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.18■■■■□ 3.22
USP54Q70EL1 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.17■■■■□ 3.22
USP54Q70EL1 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC35.17■■■■□ 3.22
USP54Q70EL1 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.15■■■■□ 3.22
USP54Q70EL1 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC35.14■■■■□ 3.22
USP54Q70EL1 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC35.14■■■■□ 3.22
USP54Q70EL1 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.14■■■■□ 3.22
USP54Q70EL1 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.14■■■■□ 3.22
USP54Q70EL1 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC35.14■■■■□ 3.22
USP54Q70EL1 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC35.14■■■■□ 3.22
USP54Q70EL1 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC35.14■■■■□ 3.22
USP54Q70EL1 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC35.14■■■■□ 3.22
USP54Q70EL1 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.12■■■■□ 3.21
USP54Q70EL1 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.11■■■■□ 3.21
USP54Q70EL1 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC35.11■■■■□ 3.21
USP54Q70EL1 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC35.11■■■■□ 3.21
USP54Q70EL1 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC35.1■■■■□ 3.21
USP54Q70EL1 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.1■■■■□ 3.21
USP54Q70EL1 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC35.08■■■■□ 3.21
USP54Q70EL1 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC35.08■■■■□ 3.21
USP54Q70EL1 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC35.08■■■■□ 3.21
USP54Q70EL1 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.07■■■■□ 3.21
USP54Q70EL1 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC35.07■■■■□ 3.2
USP54Q70EL1 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.07■■■■□ 3.2
USP54Q70EL1 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC35.07■■■■□ 3.2
USP54Q70EL1 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.06■■■■□ 3.2
USP54Q70EL1 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC35.05■■■■□ 3.2
USP54Q70EL1 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC35.05■■■■□ 3.2
USP54Q70EL1 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC35.05■■■■□ 3.2
USP54Q70EL1 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.04■■■■□ 3.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 748.6 ms