Protein–RNA interactions for Protein: P0DPA3

SNHG28, Putative uncharacterized protein SNHG28, humanhuman

Predictions only

Length 235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SNHG28P0DPA3 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.3■■■□□ 2.44
SNHG28P0DPA3 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
SNHG28P0DPA3 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC30.28■■■□□ 2.44
SNHG28P0DPA3 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC30.28■■■□□ 2.44
SNHG28P0DPA3 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC30.28■■■□□ 2.44
SNHG28P0DPA3 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.28■■■□□ 2.44
SNHG28P0DPA3 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.27■■■□□ 2.44
SNHG28P0DPA3 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
SNHG28P0DPA3 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC30.26■■■□□ 2.44
SNHG28P0DPA3 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC30.26■■■□□ 2.43
SNHG28P0DPA3 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC30.25■■■□□ 2.43
SNHG28P0DPA3 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC30.25■■■□□ 2.43
SNHG28P0DPA3 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC30.24■■■□□ 2.43
SNHG28P0DPA3 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC30.24■■■□□ 2.43
SNHG28P0DPA3 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.23■■■□□ 2.43
SNHG28P0DPA3 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC30.23■■■□□ 2.43
SNHG28P0DPA3 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.22■■■□□ 2.43
SNHG28P0DPA3 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC30.22■■■□□ 2.43
SNHG28P0DPA3 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
SNHG28P0DPA3 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
SNHG28P0DPA3 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC30.21■■■□□ 2.43
SNHG28P0DPA3 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
SNHG28P0DPA3 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.43
SNHG28P0DPA3 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.43
SNHG28P0DPA3 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.43
SNHG28P0DPA3 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC30.2■■■□□ 2.43
SNHG28P0DPA3 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
SNHG28P0DPA3 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC30.19■■■□□ 2.42
SNHG28P0DPA3 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC30.19■■■□□ 2.42
SNHG28P0DPA3 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
SNHG28P0DPA3 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.18■■■□□ 2.42
SNHG28P0DPA3 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
SNHG28P0DPA3 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC30.17■■■□□ 2.42
SNHG28P0DPA3 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC30.17■■■□□ 2.42
SNHG28P0DPA3 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC30.17■■■□□ 2.42
SNHG28P0DPA3 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC30.17■■■□□ 2.42
SNHG28P0DPA3 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC30.17■■■□□ 2.42
SNHG28P0DPA3 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
SNHG28P0DPA3 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC30.16■■■□□ 2.42
SNHG28P0DPA3 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC30.15■■■□□ 2.42
SNHG28P0DPA3 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
SNHG28P0DPA3 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC30.15■■■□□ 2.42
SNHG28P0DPA3 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC30.15■■■□□ 2.42
SNHG28P0DPA3 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC30.15■■■□□ 2.42
SNHG28P0DPA3 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC30.15■■■□□ 2.42
SNHG28P0DPA3 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC30.15■■■□□ 2.42
SNHG28P0DPA3 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC30.15■■■□□ 2.42
SNHG28P0DPA3 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC30.15■■■□□ 2.42
SNHG28P0DPA3 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC30.15■■■□□ 2.42
SNHG28P0DPA3 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC30.15■■■□□ 2.42
SNHG28P0DPA3 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC30.15■■■□□ 2.42
SNHG28P0DPA3 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC30.15■■■□□ 2.42
SNHG28P0DPA3 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC30.15■■■□□ 2.42
SNHG28P0DPA3 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC30.15■■■□□ 2.42
SNHG28P0DPA3 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC30.14■■■□□ 2.42
SNHG28P0DPA3 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.42
SNHG28P0DPA3 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC30.14■■■□□ 2.42
SNHG28P0DPA3 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.42
SNHG28P0DPA3 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.41
SNHG28P0DPA3 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.41
SNHG28P0DPA3 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
SNHG28P0DPA3 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
SNHG28P0DPA3 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC30.12■■■□□ 2.41
SNHG28P0DPA3 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC30.12■■■□□ 2.41
SNHG28P0DPA3 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
SNHG28P0DPA3 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.11■■■□□ 2.41
SNHG28P0DPA3 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC30.11■■■□□ 2.41
SNHG28P0DPA3 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.1■■■□□ 2.41
SNHG28P0DPA3 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.1■■■□□ 2.41
SNHG28P0DPA3 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
SNHG28P0DPA3 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
SNHG28P0DPA3 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC30.1■■■□□ 2.41
SNHG28P0DPA3 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.1■■■□□ 2.41
SNHG28P0DPA3 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC30.1■■■□□ 2.41
SNHG28P0DPA3 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
SNHG28P0DPA3 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
SNHG28P0DPA3 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC30.09■■■□□ 2.41
SNHG28P0DPA3 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
SNHG28P0DPA3 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
SNHG28P0DPA3 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC30.08■■■□□ 2.41
SNHG28P0DPA3 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC30.07■■■□□ 2.4
SNHG28P0DPA3 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.07■■■□□ 2.4
SNHG28P0DPA3 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
SNHG28P0DPA3 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
SNHG28P0DPA3 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
SNHG28P0DPA3 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC30.06■■■□□ 2.4
SNHG28P0DPA3 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
SNHG28P0DPA3 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
SNHG28P0DPA3 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
SNHG28P0DPA3 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC30.06■■■□□ 2.4
SNHG28P0DPA3 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.05■■■□□ 2.4
SNHG28P0DPA3 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
SNHG28P0DPA3 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC30.03■■■□□ 2.4
SNHG28P0DPA3 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
SNHG28P0DPA3 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
SNHG28P0DPA3 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
SNHG28P0DPA3 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30■■■□□ 2.39
SNHG28P0DPA3 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC30■■■□□ 2.39
SNHG28P0DPA3 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC30■■■□□ 2.39
SNHG28P0DPA3 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 305.7 ms