Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC22.67■■□□□ 1.22
USF3Q68DE3 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
USF3Q68DE3 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
USF3Q68DE3 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
USF3Q68DE3 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
USF3Q68DE3 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
USF3Q68DE3 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
USF3Q68DE3 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
USF3Q68DE3 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
USF3Q68DE3 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
USF3Q68DE3 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
USF3Q68DE3 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
USF3Q68DE3 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
USF3Q68DE3 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
USF3Q68DE3 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
USF3Q68DE3 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
USF3Q68DE3 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC22.62■■□□□ 1.21
USF3Q68DE3 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
USF3Q68DE3 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC22.62■■□□□ 1.21
USF3Q68DE3 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
USF3Q68DE3 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
USF3Q68DE3 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
USF3Q68DE3 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
USF3Q68DE3 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
USF3Q68DE3 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
USF3Q68DE3 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
USF3Q68DE3 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USF3Q68DE3 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
USF3Q68DE3 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USF3Q68DE3 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
USF3Q68DE3 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC22.58■■□□□ 1.21
USF3Q68DE3 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
USF3Q68DE3 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
USF3Q68DE3 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
USF3Q68DE3 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
USF3Q68DE3 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
USF3Q68DE3 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
USF3Q68DE3 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
USF3Q68DE3 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
USF3Q68DE3 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
USF3Q68DE3 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
USF3Q68DE3 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
USF3Q68DE3 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
USF3Q68DE3 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
USF3Q68DE3 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
USF3Q68DE3 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
USF3Q68DE3 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
USF3Q68DE3 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
USF3Q68DE3 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
USF3Q68DE3 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
USF3Q68DE3 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USF3Q68DE3 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
USF3Q68DE3 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
USF3Q68DE3 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC22.52■■□□□ 1.2
USF3Q68DE3 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
USF3Q68DE3 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
USF3Q68DE3 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC22.52■■□□□ 1.2
USF3Q68DE3 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
USF3Q68DE3 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
USF3Q68DE3 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
USF3Q68DE3 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USF3Q68DE3 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USF3Q68DE3 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USF3Q68DE3 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USF3Q68DE3 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
USF3Q68DE3 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USF3Q68DE3 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USF3Q68DE3 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USF3Q68DE3 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USF3Q68DE3 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USF3Q68DE3 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USF3Q68DE3 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USF3Q68DE3 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USF3Q68DE3 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USF3Q68DE3 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USF3Q68DE3 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
USF3Q68DE3 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
USF3Q68DE3 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
USF3Q68DE3 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
USF3Q68DE3 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
USF3Q68DE3 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
USF3Q68DE3 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
USF3Q68DE3 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
USF3Q68DE3 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
USF3Q68DE3 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
USF3Q68DE3 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
USF3Q68DE3 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC22.44■■□□□ 1.18
USF3Q68DE3 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
USF3Q68DE3 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USF3Q68DE3 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USF3Q68DE3 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USF3Q68DE3 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USF3Q68DE3 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USF3Q68DE3 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
USF3Q68DE3 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USF3Q68DE3 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USF3Q68DE3 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USF3Q68DE3 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USF3Q68DE3 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USF3Q68DE3 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.3 ms