Protein–RNA interactions for Protein: P53618

COPB1, Coatomer subunit beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 953 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COPB1P53618 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
COPB1P53618 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
COPB1P53618 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COPB1P53618 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
COPB1P53618 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COPB1P53618 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
COPB1P53618 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COPB1P53618 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COPB1P53618 CORO1B-202ENST00000393893 1931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
COPB1P53618 HPS6-201ENST00000299238 2649 ntAPPRIS P1 BASIC22.46■■□□□ 1.19
COPB1P53618 ILF3-217ENST00000589998 2622 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
COPB1P53618 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COPB1P53618 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
COPB1P53618 POLDIP2-202ENST00000618887 1524 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
COPB1P53618 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
COPB1P53618 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COPB1P53618 MON1A-203ENST00000455683 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COPB1P53618 DTX3-208ENST00000551632 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.19
COPB1P53618 CRTAC1-203ENST00000370597 2890 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
COPB1P53618 FAM120A-201ENST00000277165 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
COPB1P53618 PCDHB12-202ENST00000622978 2093 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
COPB1P53618 RTN4RL2-201ENST00000335099 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
COPB1P53618 RASGRP2-211ENST00000394432 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
COPB1P53618 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
COPB1P53618 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
COPB1P53618 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
COPB1P53618 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
COPB1P53618 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
COPB1P53618 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
COPB1P53618 ANKRD16-203ENST00000380094 2738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
COPB1P53618 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
COPB1P53618 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
COPB1P53618 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
COPB1P53618 BID-204ENST00000399767 2129 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
COPB1P53618 KCTD1-202ENST00000408011 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
COPB1P53618 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC22.44■■□□□ 1.18
COPB1P53618 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
COPB1P53618 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
COPB1P53618 RTBDN-207ENST00000589272 2076 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
COPB1P53618 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
COPB1P53618 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
COPB1P53618 MGEA5-205ENST00000439817 5043 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
COPB1P53618 LRIG1-201ENST00000273261 5273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
COPB1P53618 PATZ1-201ENST00000215919 2516 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
COPB1P53618 SOX2-201ENST00000325404 2513 ntAPPRIS P1 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COPB1P53618 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
COPB1P53618 PARP2-202ENST00000429687 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
COPB1P53618 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
COPB1P53618 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COPB1P53618 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
COPB1P53618 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COPB1P53618 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COPB1P53618 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COPB1P53618 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
COPB1P53618 LINC00304-201ENST00000321214 2243 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COPB1P53618 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COPB1P53618 PKMYT1-204ENST00000440027 2061 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COPB1P53618 CRLF3-201ENST00000324238 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
COPB1P53618 CDCA4-201ENST00000336219 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COPB1P53618 GORAB-201ENST00000367762 1699 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COPB1P53618 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COPB1P53618 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COPB1P53618 WIPF1-203ENST00000392546 2180 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COPB1P53618 ASAP2-202ENST00000315273 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COPB1P53618 DISC1-215ENST00000602281 2761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COPB1P53618 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COPB1P53618 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
COPB1P53618 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COPB1P53618 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
COPB1P53618 INSM1-201ENST00000310227 2829 ntAPPRIS P1 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COPB1P53618 POLD2-202ENST00000406581 2158 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COPB1P53618 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COPB1P53618 STAU2-229ENST00000524300 3065 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COPB1P53618 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COPB1P53618 TCF7-201ENST00000342854 3045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COPB1P53618 B4GALNT1-208ENST00000550764 1967 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COPB1P53618 GALNS-201ENST00000268695 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COPB1P53618 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COPB1P53618 CYP2A7-201ENST00000291764 2128 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COPB1P53618 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COPB1P53618 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COPB1P53618 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COPB1P53618 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
COPB1P53618 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COPB1P53618 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COPB1P53618 NRP2-206ENST00000417189 2386 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COPB1P53618 CDO1-201ENST00000250535 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COPB1P53618 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COPB1P53618 WEE1-202ENST00000450114 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COPB1P53618 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COPB1P53618 UBAP1-204ENST00000625521 2029 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COPB1P53618 ZNF852-201ENST00000436261 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COPB1P53618 RPS6KA2-201ENST00000265678 5824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COPB1P53618 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COPB1P53618 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COPB1P53618 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COPB1P53618 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
COPB1P53618 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
COPB1P53618 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COPB1P53618 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 125.9 ms