Protein–RNA interactions for Protein: P53618

COPB1, Coatomer subunit beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 953 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COPB1P53618 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
COPB1P53618 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
COPB1P53618 AVPR2-202ENST00000358927 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
COPB1P53618 NEU4-202ENST00000391969 2526 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
COPB1P53618 AC092835.1-201ENST00000425953 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
COPB1P53618 FAM46B-201ENST00000289166 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
COPB1P53618 MAP3K14-AS1-203ENST00000585780 2475 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
COPB1P53618 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
COPB1P53618 EDC4-201ENST00000358933 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
COPB1P53618 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
COPB1P53618 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
COPB1P53618 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
COPB1P53618 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
COPB1P53618 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
COPB1P53618 TPST2-202ENST00000398110 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
COPB1P53618 CHD1L-201ENST00000361293 2484 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
COPB1P53618 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
COPB1P53618 MRFAP1-201ENST00000320912 2049 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
COPB1P53618 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
COPB1P53618 AC007249.2-201ENST00000553181 1737 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
COPB1P53618 MYL5-206ENST00000506838 2956 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
COPB1P53618 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
COPB1P53618 DTX2-212ENST00000446820 1770 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
COPB1P53618 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
COPB1P53618 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
COPB1P53618 TTBK1-202ENST00000304139 2449 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
COPB1P53618 AFG3L1P-217ENST00000557444 2447 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
COPB1P53618 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
COPB1P53618 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
COPB1P53618 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
COPB1P53618 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
COPB1P53618 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
COPB1P53618 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
COPB1P53618 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
COPB1P53618 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
COPB1P53618 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
COPB1P53618 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
COPB1P53618 GTF2IRD2B-208ENST00000619142 1932 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
COPB1P53618 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
COPB1P53618 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
COPB1P53618 IDH1-205ENST00000446179 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
COPB1P53618 SLC39A5-209ENST00000454355 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
COPB1P53618 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
COPB1P53618 AC112907.3-201ENST00000577781 2400 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
COPB1P53618 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
COPB1P53618 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
COPB1P53618 CDV3-201ENST00000264993 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
COPB1P53618 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
COPB1P53618 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
COPB1P53618 LHX6-201ENST00000340587 3457 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
COPB1P53618 ADRA1B-201ENST00000306675 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
COPB1P53618 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
COPB1P53618 HDHD5-201ENST00000155674 1735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
COPB1P53618 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
COPB1P53618 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
COPB1P53618 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
COPB1P53618 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
COPB1P53618 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
COPB1P53618 MAPK15-201ENST00000338033 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
COPB1P53618 CNTNAP3B-202ENST00000341990 2666 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
COPB1P53618 COPS7A-222ENST00000626119 1768 ntTSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
COPB1P53618 CRHR1-214ENST00000619154 2370 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
COPB1P53618 ZNF511-201ENST00000359035 2004 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
COPB1P53618 ZNF282-204ENST00000610704 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
COPB1P53618 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
COPB1P53618 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
COPB1P53618 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
COPB1P53618 ACHE-207ENST00000428317 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
COPB1P53618 ING1-201ENST00000333219 5119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
COPB1P53618 GPAA1-201ENST00000355091 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
COPB1P53618 C18orf25-204ENST00000615553 2329 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
COPB1P53618 VGF-201ENST00000249330 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
COPB1P53618 FAM213A-202ENST00000372185 1723 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
COPB1P53618 ASB16-201ENST00000293414 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
COPB1P53618 FAM189B-201ENST00000350210 2379 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
COPB1P53618 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
COPB1P53618 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
COPB1P53618 AC099778.1-201ENST00000568593 1911 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
COPB1P53618 PGAM5-203ENST00000498926 2834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
COPB1P53618 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
COPB1P53618 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
COPB1P53618 BRSK2-201ENST00000308219 4089 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
COPB1P53618 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
COPB1P53618 C7orf43-206ENST00000456769 2046 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
COPB1P53618 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
COPB1P53618 RBM45-207ENST00000616198 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
COPB1P53618 METRNL-203ENST00000571814 1900 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
COPB1P53618 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
COPB1P53618 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
COPB1P53618 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
COPB1P53618 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
COPB1P53618 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
COPB1P53618 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
COPB1P53618 EEF1A2-202ENST00000298049 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
COPB1P53618 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
COPB1P53618 LBX2-203ENST00000460508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
COPB1P53618 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
COPB1P53618 ZNF771-201ENST00000319296 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
COPB1P53618 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
COPB1P53618 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.7 ms